Au Conseil national, une fraction de l'UDC a recommandé le renvoi du projet de loi au Conseil fédéral afin que ce dernier établisse toutes les répercussions d'une taxe énergétique sur l'économie suisse. Les députés ont toutefois suivi la majorité de la Ceate en acceptant l'entrée en matière par 113 voix contre 50. La majorité de la Ceate a souhaité étendre le champ d'application de la loi sur le C02 aux émissions de CH4 (méthane) et de N20 (protoxyde d'azote). Les parlementaires n'ont pas suivi cette proposition, ils ont préféré se rallier au Conseil des Etats. Moritz Leuenberger a précisé que la taxation des émissions de méthane et de protoxyde d'azote serait traitée dans le cadre de la loi sur l'agriculture. Une proposition, réclamant une diminution des émissions de C02 de 20% au minimum, fut rejetée. Enfin, la question de la compétence pour l'introduction de la taxe fut le point central des débats. La majorité de la commission était d'avis de la donner au parlement. Les socialistes et les écologistes ont combattu cette proposition, donnant leur préférence au Conseil fédéral. L'UDC souhaitait accorder la compétence au parlement et proposa d'y ajouter le référendum facultatif. Finalement, les députés ont décidé, par 95 voix contre 75, que la compétence irait à l'Assemblée fédérale, mais ils ont renoncé au référendum facultatif. Deux propositions furent rejetées par le plénum: l'une souhaitait ajouter à la taxe les énergies non renouvelables, l'autre demandait que la taxe soit utilisée pour diminuer les charges salariales. Dans la votation finale, le Conseil national a approuvé la nouvelle loi sur la réduction des émissions de C02 par 61 voix contre 29, avec 48 abstentions.

Conformément à ce qu'il avait annoncé en 1995, le Conseil fédéral a mis en consultation un nouvel avant-projet de loi sur la réduction des émissions de CO2 dont l'objectif est de parvenir, d'ici à l'an 2010, à une diminution de 10% des rejets de dioxyde de carbone dans l'atmosphère par rapport à 1990. Pour ce faire, le gouvernement table sur les efforts volontaires des entreprises et des particuliers ainsi que sur certaines mesures déjà en vigueur ou prévues dans le cadre de la politique de l'énergie (programme Energie 2000 et loi sur l'énergie), de la politique des transports (redevance poids lourds liée aux prestations) et de la politique des finances (augmentation de 10 centimes du litre d'essence pour le financement des NLFA). La taxe sur le CO2 qui avait été vivement combattue en 1994 n'y figure qu'à titre subsidiaire, puisque son prélèvement effectif n'interviendra qu'en 2004 et ce seulement si les mesures décrites ci-dessus ne suffisaient pas à atteindre les objectifs fixés. Pour des raisons de transparence, les montants maximum de la taxe ont néanmoins déjà été inscrits dans le projet du gouvernement: ceux-ci devraient s'élever à CHF 201 par tonne de CO2 pour les carburants et à CHF 30 par tonne de gaz carbonique pour les combustibles. D'un montant global de quelque CHF 3 milliards par année dès 2010, le produit de la taxe sera intégralement redistribué à la population et aux milieux économiques, soit par le biais de chèques aux particuliers, soit sous la forme d'une réduction des cotisations AVS payées par les entreprises à leurs employés.
Cette nouvelle version de loi sur la réduction des émissions de dioxyde de carbone a été, dans l'ensemble, favorablement accueillie par les organismes consultés: ainsi, le Vorort et les partis bourgeois – qui avaient exprimé les plus fortes réticences à l'encontre du projet de taxe sur le CO2 de 1994 – ont salué la volonté du gouvernement de n'introduire plus qu'à titre subsidiaire cet instrument incitatif; l'association faîtière de l'économie a néanmoins réitéré son opposition à l'adoption d'un tel impôt en solitaire, alors que le PRD et l'UDC ont pour leur part souhaité que la compétence de lever la taxe soit transférée du Conseil fédéral au parlement. L'accueil réservé au projet par le parti socialiste et les milieux écologistes a été davantage mitigé: qualifiant les propositions du gouvernement de premier pas dans la bonne direction, le PS a regretté que le Conseil fédéral ait renoncé à l'instauration obligatoire de la taxe et s'est par ailleurs prononcé en faveur d'une réduction des émissions de CO2 de 20% par rapport à 1990. De leur côté, les verts ont souhaité que le seuil de 10% retenu par le gouvernement soit porté à 15%, mesure complétée par l'introduction d'une taxe sur l'énergie et d'une réforme fiscale écologique. Quant aux cantons, ils ont globalement apporté leur soutien au nouveau projet qui n'a été véritablement rejeté que par les organisations de transport routier.

Pour des raisons de compétitivité internationale, le Vorort, l'UDC et le PDC ont déploré la volonté du gouvernement d'introduire en solitaire la taxe sur le CO2. Les démocrates-chrétiens ont, en outre, souhaité que seuls 15% du produit de la taxe soient attribués à des mesures de politique énergétique. Si le PRD s'est déclaré favorable à ce que la Suisse devance l'UE en la matière, il a en revanche contesté la répartition du produit de la taxe prévue par le Conseil fédéral qui, selon lui, introduirait des désavantages concurrentiels pour les entreprises suisses. Cette répartition a aussi soulevé des critiques au sein de l'UDC qui a exigé que le principe de neutralité budgétaire de la taxe soit respecté, à l'instar du Vorort qui s'est prononcé pour un remaniement en profondeur du projet. Jugeant pour sa part que les effets de l'introduction en solitaire de la taxe sur le CO2 ne porteraient qu'un préjudice limité à l'économie suisse, le PS a soutenu le projet du gouvernement, tout en se prononçant en faveur de l'instauration d'une taxe sur l'ensemble des agents énergétiques. Quant au parti écologiste, aux associations de protection de l'environnement et à la majorité des syndicats, ils se sont réjouis de l'étape franchie par le Conseil fédéral, étape qui, à leurs yeux, ne constitue cependant qu'un minimum. Seize cantons se sont enfin déclarés en faveur de l'introduction du projet des autorités fédérales. Fort de ce soutien, le Conseil fédéral a réitéré sa volonté d'introduire la taxe incitative.