Nach ihrem Sieg bei den Nationalratswahlen (+2,2 Prozentpunkte Wähleranteil, 7 Sitze mehr im Nationalrat) zeigte sich die SVP eher zurückhaltend. Parteipräsident Maurer sagte, die Partei stehe hinter der Konkordanz. Die SVP signalisierte Interesse am frei werdenden Bundeskanzlerposten und forderte, ihre Bundesräte müssten wichtigere Departemente erhalten.

Der Parteitag im Oktober in Freiburg bekräftigte und verschärfte die Wahlplattform der SVP von 2003 für die eidgenössischen Wahlen 2007. Unter dem Slogan „Mein Zuhause – unsere Schweiz“ wurden neben dem Eintreten für die „Freiheit“ und „Unabhängigkeit“ eines möglichst schlanken Staates – niedrigere Steuern und Abgaben, Senkung der Staatsquote auf das Niveau von 1990 – die Kriminalitätsbekämpfung und der Ausbau des Strassennetzes als wichtige Ziele formuliert. Wie Präsident Ueli Maurer und der Zürcher Nationalrat Mörgeli bezeichnete Bundesrat Blocher den Asylmissbrauch und die illegale Einwanderung als wesentliche Probleme der Schweiz. Gemäss der SVP sollen neue Einwanderer einen dreijährigen Verzicht auf Sozialhilfe geloben bzw. ihre Unabhängigkeit von staatlichen Mitteln nachweisen müssen. SVP-Präsident Maurer formulierte die Zahl von 100'000 neuen SVP-Wählern als das ehrgeizige Ziel der Partei für die Nationalratswahlen vom Herbst 2007.

In den eidgenössischen Wahlen gelang es der SVP, 11 zusätzliche Nationalratsmandate und einen zusätzlichen Ständeratssitz zu erobern. Am Abend des Wahlsonntags überraschte SVP-Parteipräsident Ueli Maurer die Präsidenten der anderen Parteien vor laufender Fernsehkamera mit der ultimativ vorgetragenen Forderung, dass bei der Gesamterneuerungswahl des Bundesrates vom Dezember Christoph Blocher (ZH) zu wählen sei, ansonsten die SVP aus der Regierung austreten werde. Gegen dieses Ultimatum regte sich parteiinterner Widerstand. So forderte die Berner SVP eine allfällige Urabstimmung, sollte sich die SVP Schweiz aus der Regierungsverantwortung zurückziehen. An einer ausserordentlichen Delegiertenversammlung in Sempach (LU) bekräftigten die Mitglieder der SVP das Partei-Ultimatum für die Bundesratswahl mit 449:7 Stimmen bei 57 Enthaltungen. Kritische Voten gegen das Vorgehen wurden mit für die SVP ungewohnt viel Respekt aufgenommen, der Vorbehalt von Bundesrat Samuel Schmid, er wolle über sein Verbleiben in der Regierung frei entscheiden, respektiert. In einem Zusatzbeschluss stützten die Delegierten auf Antrag welscher SVP-Mitglieder auch die Variante, dass Blocher in der sechsten Wahlrunde den Sitz von SP-Bundesrätin Micheline Calmy-Rey angreifen solle, falls die SVP zuvor keinen Sitz der CVP erobern könne; auf den frei werdenden Sitz der Freisinnigen erhob die SVP hingegen keinen Anspruch. Am 10. Dezember wählte die Vereinigte Bundesversammlung Christoph Blocher in den Bundesrat; erstmals seit 131 Jahren wurde mit Ruth Metzler (cvp) ein Regierungsmitglied nicht bestätigt. Tags darauf kündigte die SVP in Inseraten mit dem Titel „SVP: Wählerauftrag verpflichtet – auch im Bundesrat“ an, auch als gestärkte Regierungspartei ihrem Programm treu zu bleiben und ihre Doppelrolle als Regierungs- und Oppositionspartei nicht aufgeben zu wollen. Bei der Departementsverteilung wurde Christoph Blocher mit der Leitung des EJPD betraut; damit ist er mit der Asyl- und der Ausländerpolitik für jene Bereiche zuständig, in denen seine Partei bis anhin besonders deutlich in Opposition zum Bundesrat stand. – Bei den kantonalen Parlamentswahlen eroberte die SVP 14 zusätzliche Sitze, bei den Regierungsratswahlen errang sie in Appenzell Ausserrhoden ein zweites Mandat.