Die von-Wattenwyl-Gespräche dienen den Parteispitzen als wichtige Möglichkeit des Austausches. In der Regel trifft sich eine Delegation des Bundesrates mit den Partei- und Fraktionspräsidenten der Regierungsparteien, um zentrale Geschäfte und Anliegen im Vorfeld der Sessionen zu diskutieren und zu koordinieren. Im Gegensatz zu 2015 war die BDP nach dem Ausscheiden von Eveline Widmer-Schlumpf nicht mehr an die Gespräche eingeladen.
Die Themen blieben bei den ersten Gesprächen Anfang Februar allerdings dieselben wie schon 2015: Die Legislatur- und Finanzplanung sowie die Umsetzungsarbeiten zum Verfassungsartikel 121a (Steuerung der Zuwanderung) und die Flüchtlingssituation in Europa und der Schweiz.
Zu den zweiten Gesprächen im Mai 2016 traten die Parteien mit drei neuen Präsidien an. Bei der FDP hatte Petra Gössi das Zepter übernommen, die CVP wurde neu von Gerhard Pfister präsidiert und bei der SVP war Albert Rösti neu an die Parteispitze gewählt worden. Gegenstand der Diskussionen war der Sprachenstreit, der durch die Diskussionen um den Frühsprachenunterricht in den Kantonen angeheizt worden war. Im Bereich der internationalen Finanzpolitik wurde die Vermeidung eines möglichen Reputationsschadens für die Schweiz durch die Übernahme internationaler Regulierungen diskutiert. Schliesslich informierte der Bundesrat über die Weiterentwicklung der Armee.
Im August wurde auf Anregung von Bundeskanzler Thurnherr entschieden, die von-Wattenwyl-Gespräche des dritten Quartals künftig in Form einer Klausur durchzuführen. An der nach wie vor freien und informellen Diskussion über wichtige politische Anliegen soll neu der Gesamtbundesrat teilnehmen. Damit soll den Gesprächen ein höherer Stellenwert zugemessen werden. Der früher substanzielle Austausch, der als Zeichen der funktionierenden Konkordanz bewertet wurde – die NZZ sprach von einem eigentlichen Schmiermittel der Konkordanz –, laufe immer mehr Gefahr, ein Leerlauf zu werden oder zu reinen Alibi-Gesprächen zu verkommen. Die einzige Möglichkeit für ein Treffen zwischen Regierung und Bundesratsparteien sei aber wichtig, um Möglichkeiten und Strategien auszuloten. Fix auf der Agenda soll eine Diskussion über die Jahresziele des Folgejahres stehen.
Erstmals trat die Exekutive also am 2. September 2016 in corpore zu den Gesprächen an. Neben den Jahreszielen 2017 des Bundesrates, die Schwerpunkte in der Finanzpolitik, im Infrastrukturbereich, der Bildung und der Europapolitik vorsehen, wurden die Lage im Asylwesen und die durch den Brexit schwieriger gewordenen Verhandlungen mit der EU diskutiert.
Bei den letzten Gesprächen des Jahres Mitte November nahm dann wieder nur eine Delegation des Bundesrates teil. Ueli Maurer informierte über die finanzpolitische Lage und plädierte für eine Annahme des Stabilisierungsprogramms 2017-2019. Im Rahmen der Europapolitik wurde auch über die im Dezember anstehende Entscheidung zur Umsetzung der Masseneinwanderungsinitiative, die Rasa-Initiative und den Brexit diskutiert.

Afin de trouver une solution pour la mise en œuvre de l’initiative de l’UDC « Pour le renvoi des étrangers criminels », le Conseil fédéral a proposé au parlement des modifications dans le code pénal et le code pénal militaire. La mise en œuvre de cette initiative représente un véritable numéro d’équilibriste pour le gouvernement. En effet, l’initiative de l’UDC, acceptée par le peuple en 2010, est en conflit avec les garanties constitutionnelles de l’Etat de droit, avec les dispositions non impératives des droits de l’homme ainsi qu’avec l’accord sur la libre circulation des personnes. Afin de respecter l’idée de renvoi « automatique » prônée par l’initiative, sans toutefois déroger ni au principe constitutionnel de proportionnalité, ni aux grands traités internationaux, le Conseil fédéral a donc proposé la mise en œuvre suivante: l’étranger condamné sera expulsé pour une durée déterminée, le catalogue des infractions menant à une expulsion sera élargi (notamment concernant la fraude à l’aide sociale), toute peine de prisons de plus de six mois mènera à l’expulsion, sauf si l’expulsion engendrerait une violation grave des droits de l’homme. En refusant d’appliquer le principe de renvoi automatique pour les peines de prison de moins de six mois, le Conseil fédéral a cherché à minimiser les incompatibilités avec le droit international. Malgré cette recherche de compromis, la proposition a attiré les foudres des deux côtés de l’échiquier politique. Alors que la gauche a critiqué le texte pour cause de violation du droit international, la droite a critiqué le non-respect de la volonté populaire. De plus, la proposition du Conseil fédéral s’inscrit dans un contexte politique particulier. En effet, frustrée de voir son initiative perdre de sa rigueur, l’UDC avait lancé une initiative populaire « pour le renvoi effectif des étrangers criminels (initiative de mise en œuvre) ». Déposée en 2012 à la chancellerie fédérale, cette initiative pourrait, en cas d’acceptation, supplanter les dispositions prises par le Conseil fédéral. Ce dernier a d’ailleurs proposé au parlement de rejeter ladite initiative. En effet, en se focalisant sur l’automatisme du renvoi, l’initiative exclut tout examen au cas par cas, alors que cet examen est nécessaire pour répondre au principe de proportionnalité. De plus, le Conseil fédéral a conseillé au parlement de déclarer cette initiative partiellement nulle, car elle utiliserait une définition trop restrictive des règles impératives du droit international. Cette proposition du Conseil fédéral, une première en son genre, a été qualifiée d’ « antidémocratique » par l’UDC. En octobre de l’année sous revue, la commission des institutions politiques du Conseil national (CIP-CN) a exprimé sa préférence pour la version de l’UDC. La majorité de la commission a en effet choisi de concrétiser la variante dure proposée par l’UDC par 14 voix contre 8 et 1 abstention.

Die Umsetzungsvorschläge zur Ausschaffungsinitiative, die nach der Annahme des Begehrens im November 2010 von einer Arbeitsgruppe im Auftrag des EJPD ausgearbeitet und Ende Juni in einem Schlussbericht vorgelegt wurden, stiessen bei der SVP auf grosse Kritik. Die Partei beanstandete insbesondere, dass bei den Vorschlägen eine Auflistung der Delikte fehle, die zu einem Landesverweis führen sollen. Zudem mangle es an einer expliziten Festhaltung, dass die Ausschaffung unabhängig vom Strafmass zu erfolgen habe. Um die ursprüngliche Idee durchzusetzen, plante die SVP eine erneute Initiative, mit der ihr Vorschlag zur Umsetzung der Ausschaffungsinitiative in der Verfassung festgeschrieben werden soll. An der Delegiertenversammlung in Gossau am 1. Oktober wurde die Lancierung dieser neuen Initiative beschlossen, der Start der Unterschriftensammlung aber auf 2012 verschoben.