Die von-Wattenwyl-Gespräche dienen den Parteispitzen als wichtige Möglichkeit des Austausches. In der Regel trifft sich eine Delegation des Bundesrates mit den Partei- und Fraktionspräsidenten der Regierungsparteien, um zentrale Geschäfte und Anliegen im Vorfeld der Sessionen zu diskutieren und zu koordinieren. Im Gegensatz zu 2015 war die BDP nach dem Ausscheiden von Eveline Widmer-Schlumpf nicht mehr an die Gespräche eingeladen.
Die Themen blieben bei den ersten Gesprächen Anfang Februar allerdings dieselben wie schon 2015: Die Legislatur- und Finanzplanung sowie die Umsetzungsarbeiten zum Verfassungsartikel 121a (Steuerung der Zuwanderung) und die Flüchtlingssituation in Europa und der Schweiz.
Zu den zweiten Gesprächen im Mai 2016 traten die Parteien mit drei neuen Präsidien an. Bei der FDP hatte Petra Gössi das Zepter übernommen, die CVP wurde neu von Gerhard Pfister präsidiert und bei der SVP war Albert Rösti neu an die Parteispitze gewählt worden. Gegenstand der Diskussionen war der Sprachenstreit, der durch die Diskussionen um den Frühsprachenunterricht in den Kantonen angeheizt worden war. Im Bereich der internationalen Finanzpolitik wurde die Vermeidung eines möglichen Reputationsschadens für die Schweiz durch die Übernahme internationaler Regulierungen diskutiert. Schliesslich informierte der Bundesrat über die Weiterentwicklung der Armee.
Im August wurde auf Anregung von Bundeskanzler Thurnherr entschieden, die von-Wattenwyl-Gespräche des dritten Quartals künftig in Form einer Klausur durchzuführen. An der nach wie vor freien und informellen Diskussion über wichtige politische Anliegen soll neu der Gesamtbundesrat teilnehmen. Damit soll den Gesprächen ein höherer Stellenwert zugemessen werden. Der früher substanzielle Austausch, der als Zeichen der funktionierenden Konkordanz bewertet wurde – die NZZ sprach von einem eigentlichen Schmiermittel der Konkordanz –, laufe immer mehr Gefahr, ein Leerlauf zu werden oder zu reinen Alibi-Gesprächen zu verkommen. Die einzige Möglichkeit für ein Treffen zwischen Regierung und Bundesratsparteien sei aber wichtig, um Möglichkeiten und Strategien auszuloten. Fix auf der Agenda soll eine Diskussion über die Jahresziele des Folgejahres stehen.
Erstmals trat die Exekutive also am 2. September 2016 in corpore zu den Gesprächen an. Neben den Jahreszielen 2017 des Bundesrates, die Schwerpunkte in der Finanzpolitik, im Infrastrukturbereich, der Bildung und der Europapolitik vorsehen, wurden die Lage im Asylwesen und die durch den Brexit schwieriger gewordenen Verhandlungen mit der EU diskutiert.
Bei den letzten Gesprächen des Jahres Mitte November nahm dann wieder nur eine Delegation des Bundesrates teil. Ueli Maurer informierte über die finanzpolitische Lage und plädierte für eine Annahme des Stabilisierungsprogramms 2017-2019. Im Rahmen der Europapolitik wurde auch über die im Dezember anstehende Entscheidung zur Umsetzung der Masseneinwanderungsinitiative, die Rasa-Initiative und den Brexit diskutiert.

Im Ständerat erfolgte die Beratung einer Motion der SVP-Fraktion, die die Schaffung eines Trennbankensystems forderte, zeitgleich mit einem Vorstoss der sozialdemokratischen Fraktion, der das gleiche Anliegen zum Inhalt hatte. Wie Ständerat Schmid (fdp, GR), Sprecher der zuständigen WAK-SR, zu Beginn der Debatte erläuterte, erachtete die Kommission den eingeschlagenen Weg der Bekämpfung des "too-big-to-fail"-Problems, der auf höhere Eigenkapitalquoten, strengere Liquiditätsvorschriften und auf durch die Banken zu erstellende Notfallpläne setzte, jedoch auf harte organisatorische Massnahmen wie beispielsweise ein Verbot gewisser Geschäftsfelder verzichtete, als richtig. Die Schaffung eines Trennbankensystems würde dieser Vorgehensweise jedoch zuwiderlaufen, weshalb die Kommission den Vorstoss zur Ablehnung empfahl. Betreffend der Forderung nach einer Leverage Ratio von 6% rief der Kommissionssprecher in Erinnerung, dass diese im Rahmen der neuen "too-big-to-fail"-Gesetzgebung bereits weitgehend umgesetzt sei. Sogar Ständerat Levrat (sp, FR), von dessen Fraktion eine der zur Debatte stehenden Motionen eingereicht worden war, gestand ein, dass die Forderung nach einem Trennbankensystem nicht mehr zeitgemäss war und keinen Beitrag zur Lösung des "too-big-to-fail"-Problems leisten konnte. Einzig Ständerat Minder (parteilos, SH) versuchte, seine Kollegen von der Notwendigkeit der vorliegenden Motionen zu überzeugen, indem er diverse Skandale und Verfehlungen aufzählte, in die sich UBS und CS in den letzten Jahren verstrickt hatten und die gemäss Minder aufzeigten, dass diese Grossbanken zu gross seien, "um seriös überwacht und kontrolliert zu sein". Die kleine Kammer liess sich von dieser Argumentation jedoch nicht überzeugen, folgte dem Bundesrat und seiner vorberatenden Kommission und sprach sich mit 28 zu 6 Stimmen bei 7 Enthaltungen dafür aus, die beiden Motionen abzulehnen.

Die beiden Motionen der SVP-Fraktion, die die Abschaffung der Stempelsteuer zum Inhalt hatten und 2013 vom Nationalrat angenommen worden waren, gelangten im Dezember 2015 zur Beratung in den Ständerat. Mit Verweis auf eine parlamentarische Initiative der FDP, die exakt das gleiche Begehren aufnahm wie die vorliegenden Motionen und bis zur Beratung der Unternehmenssteuerreform III sistiert war, lehnte die kleine Kammer die beiden SVP-Motionen ab.

In der Herbstsession war die „Too big to fail”-Problematik auch Verhandlungsgegenstand im Nationalrat. Drei bereits im Jahr 2013 eingereichte Motionen nahmen sich des Themas an. Die SVP-Fraktion forderte in ihrem Begehren die Schaffung eines Trennbankensystems, also die Abtrennung und separate Weiterführung des Eigenhandels von den übrigen Geschäften der Bank, und die Erhöhung der Leverage Ratio, der nicht risikogewichteten Eigenkapitalquote, auf 6%. Auch die SP brachte mit zwei Motionen diese Anliegen in den parlamentarischen Prozess ein.
Der Bundesrat hatte sich gegenüber dem Vorstoss der SVP in seiner Stellungnahme ablehnend gezeigt und ihn dem Parlament zur Ablehnung empfohlen. Er hatte dabei auf die 2011 ergriffenen Massnahmen verwiesen, die den Banken verschärfte Anforderungen im Bereich Eigenmittel und Organisationsstruktur auferlegt hatten. Im Zuge dieser Debatte sei auch über die Einführung eines Trennbankensystems diskutiert, ein solches aufgrund mangelnder Zielführung jedoch nicht umgesetzt worden. Zudem hatte die Regierung dafür plädiert, den im Frühling 2015 erscheinenden Evaluationsbericht zur „Too big to fail“-Vorlage abzuwarten und auf ein "vorschnelles" Vorgehen zu verzichten. Die SVP-Fraktion und ihr Sprecher Aeschi (ZG) beharrten in der Ratsdebatte auf ihrer Forderung nach einem Trennbankensystem und einer Leverage Ratio von 6%. Strengere Vorgaben in diesem Bereich erhöhten die Sicherheit des Bankensystems und damit der gesamten Volkswirtschaft. Eine Leverage Ratio von 10% hingegen, wie von der SP gefordert, verursachte gemäss der Volkspartei den Banken unverhältnismässig hohe Kosten und sei deshalb zu streng.
Gegen den Willen von Bundesrat und den Mitteparteien wurde der Vorstoss mit 94 zu 64 Stimmen angenommen. Damit konnte sich eine unheilige Allianz aus SVP und SP im Nationalrat durchsetzen.

Die Motion Leutenegger Oberholzer (sp, BL), welche für systemrelevante Banken eine Eigenkapitalquote von mindestens 10 Prozent der nichtrisikogewichteten Aktiven forderte, war in der Herbstsession 2015 Verhandlungsgegenstand im Nationalrat. Die Beratung erfolgte zusammen mit zwei weiteren Motionen der SP- (Mo. 13.3743) und der SVP-Fraktion (Mo. 13.3740), welche beide mit den Forderungen nach einem Trennbankensystem ebenfalls die «Too-big-to-fail»-Problematik tangierten. Leutenegger-Oberholzer stützte sich auf internationale wissenschaftliche Literatur und erachtete sowohl die gegenwärtige Eigenkapitalquote von 3.2 Prozent als auch die von der SVP bevorzugte Quote von 6 Prozent als ungenügend. Obschon die Motionärin hervorhob, dass sie eine ungewichtete Kapitalquote von 10 Prozent der Aktiven weiterhin als notwendig und erstrebenswert erachte, zog sie die Motion mit der Begründung zurück, dass sie durch diesen taktischen Rückzug negative Signale in dieser Debatte durch einen ablehnenden Entscheid verhindern wolle.

Ihren Schatten voraus warfen im Berichtsjahr 2014 zwei Motionen aus den Reihen der SP und der SVP. Beide forderten, die Eigenkapitalanforderungen für systemrelevante Banken zu erhöhen. Konkret schwebte den Genossen eine ungewichtete Eigenkapitalquote von mindestens 10 Prozent vor, während die Motion der SVP-Fraktion eine Höhe von 6 Prozent für systemrelevante Institute vorschlug. Beide Geschäfte wurden, obwohl sie bis zum Jahresende 2014 nicht in den Räten behandelt wurden, verschiedentlich von den Medien aufgegriffen, im Speziellen im Zusammenhang mit der Publikation des Expertenberichts der Gruppe „Brunetti II“ zur Finanzmarktstrategie (siehe unten, Finanzplatz und Bankgeheimnis).

Neben der parlamentarischen Initiative der FDP behandelte der Nationalrat in der Herbstsession zwei aus der SVP-Fraktion stammende Motionen, die ebenfalls die Abschaffung der Stempelsteuer forderten. Die erste Motion nahm das Begehren auf, wonach Sach- und Vermögensversicherungen von der Stempelsteuer befreit werden sollten und war damit äquivalent zum sich in der Subkommission befindlichen Teil der parlamentarischen Initiative der FDP. Die zweite Motion wollte rückkaufsfähige Lebensversicherungen, im Speziellen solche mit Einmaleinlage, von der Steuerpflicht befreien. Der Bundesrat setzte sich gegen beide Begehren ein. Er argumentierte, dass in der Steuerpolitik die Beseitigung der Heiratsstrafe und die Unternehmenssteuerreform III Priorität hätten und er deshalb von weiteren, nicht gegenfinanzierten Steuerabschaffungsabsichten absehen wolle. Sowohl die Ratslinke, als auch die GLP und grosse Teile der CVP folgten dieser Argumentation, konnten sich gegen SVP, FDP und BDP jedoch nicht durchsetzen. Die Motion betreffend Abschaffung der Stempelsteuer auf Sach- und Vermögensversicherungen passierte mit 93 zu 86 Stimmen, während die Motion zur Abschaffung der Stempelsteuer auf rückkaufsfähigen Lebensversicherungen mit 94 zu 86 Stimmen angenommen wurde.

Im März lancierten die Lega dei Ticinesi und die Tessiner Sektion der SVP eine Volksinitiative mit dem Titel „Verteidigen wir die Schweiz! Das Bankgeheimnis muss in die Bundesverfassung“. Die Initiative verlangt praktisch eine Festschreibung der alten Rechtslage in der Verfassung. So soll die Schweiz ausländischen Behörden weiterhin dann und nur dann Rechtshilfe mit Aufhebung des Bankgeheimnisses gewähren, wenn die Handlung auch in der Schweiz strafrechtlich verfolgt wird, was bei der Steuerhinterziehung weiterhin nicht der Fall ist. Ab August beteiligte sich auch die Junge SVP aktiv an der Unterschriftensammlung.

Aufsehen erregte im Februar ein vom SVP-Strategen Christoph Blocher vorgelegtes Konzept zur Neustrukturierung der Banken. Blocher schlug vor, dass die Banken ihre Aktivitäten im In- und Ausland in voneinander unabhängigen Tochtergesellschaften wahrnehmen sollen, die einander im Krisenfall nicht beistehen müssten. Zudem vertrat er die Ansicht, dass bei staatlich unterstützten Banken ein Salärsystem wie bei den bundesnahen Betrieben SBB und Post eingeführt werden und ein Bundesvertreter im Verwaltungsrat Einsitz nehmen sollte. Blocher begründete seine Vorschläge damit, dass der Staat in Not geratene Banken faktisch habe retten müssen, weshalb es auch gerechtfertigt sei, dass der Staat ein Mitspracherecht erhalte. Diese Ansicht stiess innerhalb der SVP auf Widerstand, etwa bei Nationalrat Hans Kaufmann (ZH). Die SVP hielt daraufhin eine „kontradiktorische Medienkonferenz“ ab, an der beide Seiten ihre Standpunkte darlegen konnten.

Die sich häufende Kritik von ausländischen Regierungen an der fehlenden Auskunftspflicht der Banken gewisser Staaten, und darunter vor allem der Schweiz, bei Steuerhinterziehung führte in der Schweiz zu Gegenreaktionen. Nachdem sich Geheimdienstorgane Deutschlands auf illegale Weise Kundenlisten einer liechtensteinischen Bank beschafft hatten, reichten die SVP und die CVP je eine Motion für die Verschärfung der Strafbestimmungen bei Verletzung des schweizerischen Bankgeheimnisses ein. Auf Empfehlung des Bundesrates lehnte der Nationalrat diese Vorstösse mit 117 zu 56 resp. 95 zu 88 Stimmen ab. Die deutsche Bundeskanzlerin Merkel und ihr Finanzminister Steinbrück kündigten an, dass Deutschland das Ziel verfolge, bei Steuerhinterziehung von der Schweiz und anderen Staaten resp. ihren Banken volle Informationen einzufordern. An einem Kongress von Finanzministern aus einem Teil der OECD-Staaten wiederholte Steinbrück seine Angriffe auf die Schweiz als „Steuerparadies“ und „Hort für Steuerhinterziehung“.

Der Nationalrat sprach sich mit 112 zu 43 Stimmen gegen eine Verankerung des Bankkundengeheimnisses in der Bundesverfassung aus, wie dies die SVP-Fraktion mit einer parlamentarischen Initiative und die Kantone Aargau, Basel-Land, Genf, Tessin, Zug und Zürich mit Standesinitiativen gefordert hatten. Auch der Ständerat lehnte die sechs kantonalen Vorstösse ab. Noch Ende 2003 hatten die bürgerlichen Mehrheiten beider Parlamentskammern den SVP-Vorstoss unterstützt. Der Rat folgte mit dem jetzigen negativen Entscheid den Überlegungen der WAK beider Ratskammern, welche der Meinung waren, dass der rechtliche Schutz der Bankkunden vor Informationssammlern sowohl durch die Bundesverfassung (Art. 13, Schutz der Privatsphäre) als auch durch das Bankengesetz ausreichend gewährleistet sei. Wenn aus dem Ausland Forderungen nach der Aufhebung des Bankkundengeheimnisses laut würden, so hätten diese meist gar nichts mit diesem Prinzip an sich zu tun. Grund des Anstosses sei in der Regel vielmehr die schweizerische Steuergesetzgebung, welche einen strafrechtlichen Unterschied zwischen Steuerhinterziehung und -betrug macht und bei Hinterziehung keine internationale Rechtshilfe (welche auch in der Schweiz das Bankkundengeheimnis aufhebt) gewährt. Schliesslich sprachen gemäss der WAK auch politisch-taktische Gründe gegen den verlangten Verfassungsartikel: Die politische Auseinandersetzung anlässlich der obligatorischen Volksabstimmung wäre dem Ansehen des schweizerischen Finanzplatzes bei ausländischen Anlegern wenig förderlich.

Die im Vorjahr von der SVP-Nationalratsfraktion eingereichte parlamentarische Initiative für eine Verankerung des „Bankkundengeheimnisses“ in der Bundesverfassung wurde trotz Protesten und erfolglosen Ordnungsanträgen der SVP nicht vor den Parlamentswahlen, sondern erst in der Wintersession traktandiert: Der Antrag der WAK, der Initiative Folge zu geben und eine entsprechende Verfassungsvorlage auszuarbeiten, setzte sich gegen den Widerstand der SP und der GP durch. Die WAK war zwar nicht davon überzeugt gewesen, dass das auf Gesetzesebene definierte Bankgeheimnis durch eine Präzisierung von Art. 13 BV („Schutz der Privatsphäre“) explizit in den Verfassungsrang zu befördern sei. Angesichts der schwierigen Verhandlungen der Schweiz mit der EU im Rahmen der zweiten Bilateralen Abkommen hätte jedoch ihrer Ansicht nach eine Ablehnung der Initiative im Parlament ein falsches Zeichen nach Brüssel gesendet und die Verhandlungsposition des Bundesrates markant geschwächt. Mit demselben Argument gab der Ständerat vier analogen Standesinitiativen aus den Kantonen Aargau, Basel-Land, Genf und Tessin Folge.

Die Verhandlungsführung des Bundesrats wurde von den bürgerlichen Regierungsparteien voll unterstützt. Die SVP-Fraktion reichte im Nationalrat eine parlamentarische Initiative ein, um das „Bankkundengeheimnis“ in der Bundesverfassung zu verankern. Vor allem mit dem Argument, dem Bundesrat für seine Verhandlungen mit der EU den Rücken zu stärken, beschloss die WAK des Nationalrats, dem Plenum diesen Vorstoss zur Annahme zu empfehlen. Analoge Standesinitiativen, zu denen die SVP in den kantonalen Parlamenten den Anstoss gegeben hatte, deponierten die Kantone Aargau, Genf und Tessin. Die SP, welche das Bankgeheimnis seit langem bekämpft, stellte sich hinter die Forderungen der EU; Nationalrat Tillmanns (sp, VD) reichte dazu eine entsprechende Motion ein.