Si, pour le Conseil fédéral, le projet d'accord-cadre avec l'UE est en grande partie favorable à la Suisse et conforme au mandat de négociation, il juge également prématuré de procéder à sa signature, et ce notamment en raison de questions relatives aux mesures d'accompagnement ou à la directive sur le droit des citoyens de l'UE qui demeurent sans réponse. L'exécutif national a donc annoncé, au début du mois de décembre 2018, son intention de soumettre le texte de l’accord institutionnel à consultation auprès d'acteurs politiques et économiques. Dans le contexte de la libre circulation des personnes, le Conseil fédéral estime en effet insuffisants les trois types de mesures d'accompagnement garantis par le texte de l'accord – délai d’annonce préalable fixé à quatre jours ouvrables dans les secteurs à risques, dépôt d’une garantie financière proportionnée pour les prestataires de service n’ayant pas respecté leurs obligations financières et demande de documents aux prestataires de services indépendants également basée sur les risques. Autre point de litige, la Suisse souhaite que l'accord mentionne de façon explicite l'exception à la reprise de la directive relative au droit des citoyens, alors que l'UE penche pour la reprise de ladite directive à l'échelle helvétique. Dans son communiqué de presse, la Direction des affaires européennes (DAE) précise que le champ d'application de l'accord négocié concerne les cinq accords d'accès au marché relatifs à la libre circulation des personnes, aux transports terrestres, au transport aérien, aux obstacles techniques au commerce (ARM) et à l’agriculture, ainsi que les futurs accords d’accès au marché, à l'exemple de l’accord sur l’électricité en discussion. Sous réserve de certaines exceptions, une reprise automatique du droit européen n'est pas envisagée. Tout développement du droit de l'UE fera ainsi «l’objet d’une décision indépendante de la Suisse dans le plein respect de ses procédures législatives». En ce qui concerne le règlement des différends, le texte soumis à consultation ne prévoit aucunement la mise en place d'une institution supranationale, mais envisage plutôt «un mécanisme de règlement des différends basé sur un tribunal arbitral paritaire».
«Berne joue la montre avec l'Union européenne», titre la Tribune de Genève au lendemain de l'annonce du Conseil fédéral, se demandant si la consultation en question ne s'apparente pas à un «exercice alibi», tant et si bien qu'en l'état, l'accord constitutionnel négocié avec l'UE ne recueille les faveurs ni du PS, ni de l'UDC. Selon le quotidien genevois, la décision du Conseil fédéral présente toutefois des points positifs: les nouvelles conseillères fédérales Karin Keller-Sutter et Viola Amherd prendront notamment part au verdict final, et si votation il devait y avoir, celle-ci se tiendrait après les élections fédérales d'automne 2019. La presse helvétique s'interroge également sur la réaction du voisin européen et des éventuelles représailles, à l'exemple de l'équivalence boursière que la Suisse pourrait ne pas obtenir. «Nous ne sommes pas sous pression!», a rétorqué le ministre des Finances Ueli Maurer en conférence de presse. Néanmoins, le Conseil fédéral a une fois de plus fait savoir que la Suisse remplit intégralement les conditions exigées pour la reconnaissance de l’équivalence boursière suisse selon MIFIR 23, tout en appelant à une avancée dans ce sens de la part de l'Union européenne.

Les modifications légales nécessaires pour le couplage des système d'échange de quota d'émission (SEQE) suisse et européen ont été mises en consultation, en même temps que la révision totale de la loi sur le CO2 et l'approbation de l'Accord de Paris. Des acteurs du secteur de l'énergie, des organisations de politiques énergétiques, des organisations des transports publics et privés, des organisations de protection de l'environnement et des associations faîtières de l'économie ont pris part à la consultation outre les entités cantonales, communales et les partis politiques.
Le projet de couplage a rencontré un large soutien - tous les cantons sauf Schwyz et Berne, les commissions et conférences communales, le PBD, le PCS, le PDC, les Vert'libéraux, le PLR, les associations faîtières de l'économie, les acteurs du secteur de l'énergie, quelques organisations des transports publics et privés et autres organisations l'ont approuvé. D'après les partisans, le couplage permettrait à l'économie suisse d'être sur un pied d'égalité avec ses concurrents directs dans l'UE et la Suisse aurait ainsi accès à un marché plus liquide des droits d'émission. Sur les 256 avis, 26 participants ont rejeté le projet. Il s'agit des cantons de Berne, de Schwyz, des Verts, des Jeunes Vert-e-s, de l'UDC, de la SES, des organisations des transports publics et privés, des organisations de protection de l'environnement et d'autres organisations. L'efficacité du système européen comme instrument de politique climatique a été mise en doute en raison des bas prix des droits d'émission. Plusieurs participants souhaitaient intégrer l'aviation dans le système d'échange afin que ce secteur réduise également ses émissions. Cette mesure était supportée par 15 cantons (FR, JU, AR, AI, GR, GL, ZG, ZH, UR, GE, SG, OW, LU, VS, NW), la Conférence gouvernementale des cantons alpins, la DTAP, l'EnDK, le PS, les Verts, les Jeunes Vert-e-s, le PDC, le PLR, la SES et les organisations de protection de l'environnement. Elle était refusée par le Centre Patronal, l'USAM, economiesuisse, l'UP, Aerosuisse et la SIAA. Le principal argument avancé était que l'Organisation de l'aviation civile internationale (OACI) avait déjà proposé des mesures dans ce domaine. Sur la question de l'intégration des centrales thermiques à combustibles fossiles dans le SEQE, 14 cantons (BL, ZH, UR, AR, AI, GR, GL, ZG, SG, OW, LU, VS, NW, FR) y étaient favorables. La Conférence gouvernementale des cantons alpins, la DTAP, l'EnDK, l'UP, Forum suisse de l'énergie, l'AES, la SES, Swisselectric, les organisations de protection de l'environnement ont également approuvé la proposition. Finalement, le Centre Patronal, l'USAM, Swissmem, l'USP et economiesuisse ont proposé que les entreprises puissent demander de sortir du SEQE ou à y être intégré.
Le Conseil fédéral a pris connaissance de ces résultats. Il présentera un message au Parlement pour l'approbation de l'accord sur le couplage des SEQE suisse et européen.