Da der Ständerat der Initiative für Ernährungssicherheit einen Gegenentwurf gegenübergestellt hatte und die Behandlungsfrist im Januar 2017 abgelaufen wäre, wurde von beiden Räten eine Fristverlängerung um ein Jahr gutgeheissen.
Im Frühjahr 2017 behandelte der Nationalrat im Differenzbereinigungsverfahren den vom Ständerat vorgeschlagenen Gegenentwurf zur Volksinitiative des Bauernverbandes. Die Mehrheit der WAK-NR (20 zu 1 Stimmen, 3 Enthaltungen) zeigte sich mit dem Vorschlag des Ständerats einverstanden und plädierte dafür, diesen dem originalen Initiativtext vorzuziehen. Zwar wurde von allen Seiten bestätigt, dass auch der neue Verfassungstext keine Gesetzesänderung und keinen neuen Subventionstatbestand mit sich bringen würde, aber man begrüsste, dass bei einer Annahme des Gegenentwurfs der Begriff der „Ernährungssicherheit” in der Verfassung festgehalten und umschrieben würde und dass der Begriff, im Vergleich zum ursprünglichen Initiativtext, in einem globaleren Kontext verstanden würde. Zudem habe der Entwurf des Ständerats einige formale Mängel des ursprünglichen Initiativtextes aus dem Weg geräumt.
Auch wurde von Kommissionssprecher Beat Jans (sp, BS) darauf hingewiesen, dass in der Formulierung des Gegenentwurfs zwei Begehren der Fair-Food-Initiative aufgegriffen wurden. So steht in einem Abschnitt, dass grenzüberschreitende Handelsbeziehungen, die zur nachhaltigen Land- und Ernährungswirtschaft beitragen, gefördert werden sollen. Ein anderer hält einen ressourcenschonenden Umgang mit Lebensmitteln fest, was als Einbezug der Food-Waste-Thematik verstanden wurde.
In der nationalrätlichen Debatte gab es zwei Minderheitsanträge von Seiten der SVP und einen aus der FDP-Fraktion. Thomas Aeschi (svp, ZG) forderte im neuen Artikel zur Ernährungssicherheit die „wortgetreue Umsetzung von Artikel 121a der Bundesverfassung” festzuhalten; Marcel Dettling (svp, SZ) schlug in einem Einzelantrag vor, den Text mehr auf die inländische Produktion auszurichten. Der dritte Anpassungsvorschlag, eingereicht von Christian Wasserfallen (fdp, BE), beinhaltete die Forderung den „ressourcenschonenden Umgang mit Lebensmitteln” aus der Vorlage zu streichen. Alle Anliegen blieben im Nationalrat chancenlos.
Die grosse Kammer entschied mit 173 zu 7 Stimmen (11 Enthaltungen), dem direkten Gegenentwurf zur Volksinitiative „Für Ernährungssicherheit” zuzustimmen. Die Vorlage wurde von allen Fraktionen unterstützt, die 7 Gegenstimmen stammten aus den Fraktionen der FDP und der SVP.

Volksinitiative "Für Ernährungssicherheit" (BRG 15.050)
Dossier: Volksinitiativen zur Förderung ökologischer Bedingungen in der Landwirtschaft