Mit einer parlamentarischen Initiative forderte die SVP die Einsetzung einer Parlamentarischen Untersuchungskommission (PUK) zwecks Untersuchung der „massiven Fehlinformationen“ im Rahmen der Volksabstimmung über die Abkommen von Schengen und Dublin vom 5. Juni 2005. Die Kosten für den Beitritt zum Schengen-Raum wurden im Bundesbüchlein mit jährlich CHF 7,4 Mio. veranschlagt. Ein Bericht des Justizdepartements hatte 2011 jedoch aufgezeigt, dass seither rund CHF 43 Mio. pro Jahr aufgewendet worden waren. Brisant war, dass Christoph Blocher (svp, ZH) damals dem EJPD vorstand, aber vehement abstritt, für die Zahl verantwortlich gewesen zu sein. Er unterstellte ehemaligen Kollegen gar eine bewusste Falschangabe. Mit ihrer Forderung nach einer PUK wollte die SVP nicht nur ihre Kritik am Schengen-Vertrag äussern, sondern auch abklären lassen, wie falsche Zahlen und irreführende Aussagen durch Behörden im Rahmen von eidgenössischen Abstimmungen künftig verhindert werden können. Das Büro des Nationalrats lehnte die Forderung der SVP ab. Eine PUK dürfe nur bei Vorkommnissen besonderer Tragweite eingesetzt werden. Zwar seien die zu tief eingeschätzten Kosten tatsächlich ein Ärgernis, der Bundesrat habe aber zu diesem Problem im Rahmen verschiedener Vorstösse bereits ausführlich Stellung genommen und es sei an der GPK zu entscheiden, ob weitere Untersuchungen nötig seien. Auch der Nationalrat sah eine PUK als unnötig an und sprach sich mit 125 zu 45 Stimmen aus der geschlossenen SVP-Fraktion gegen Folgegeben der Initiative aus.

Die Staatspolitische Kommission des Nationalrats legte ihren in Form einer parlamentarischen Initiative gehaltenen Entwurf für einen indirekten Gegenvorschlag zur Volksinitiative „Volkssouveränität statt Behördenpropaganda“ vor (VI: 05.054). Diese gilt als Umsetzung der parlamentarischen Initiative Burkhalter (fdp, NE). Im Wesentlichen geht es dabei um die Aufnahme der bereits heute in Leitlinien festgelegten Grundsätze der Behördeninformation bei Volksabstimmungen in das Gesetz über die politischen Rechte. Diese Informationen sollen sachlich, transparent und verhältnismässig sein. Als Besonderheit soll der Bundesrat verpflichtet werden, umfassend zu eidgenössischen Volksabstimmungen zu informieren und dabei – das wäre eine Neuerung – immer den Standpunkt des Parlaments zu vertreten. Der Bundesrat sah weiterhin keinen Anlass, die bisher praktizierten Regeln von Leitlinien- auf Gesetzesstufe zu befördern und sprach sich dezidiert dagegen aus, dass die Regierung in jedem Fall die Haltung des Parlaments vertreten müsse. Der Nationalrat befasste sich in der Dezembersession mit diesen Vorschlägen. Gegen die Anträge der SVP, welche ihre eigene Volksinitiative bevorzugt, und des Bundesrates beschloss er Eintreten. In der Frage, ob der Bundesrat auch dann den Standpunkt der Bundesversammlung vertreten müsse, wenn er damit nicht einverstanden ist, beschloss der Rat auf Antrag Müller (fdp, AG) eine weniger rigide Lösung, indem er ihm untersagte, in diesem Fall eine abweichende Empfehlung abzugeben. Dieser Beschluss stützte sich auf ein Gutachten des EJPD, welches der Regierung die Propagierung einer vom Parlamentsentscheid abweichenden Parole untersagt, ihr aber erlaubt, sich in diesem Falle zurückzuhalten. Des weiteren verlängerte das Parlament die Behandlungsfrist für die Volksinitiative um ein Jahr.