Die Bestimmung der Kommissionszusammensetzung nach eidgenössischen Wahlen ist ein für die Politikgestaltung in der Legislatur ziemlich entscheidendes, aber in den Medien selten ausführlich beleuchtetes Ereignis. Die je elf Kommissionen in beiden Kammern werden mit je 13 (Ständerat) bzw. je 25 (Nationalrat) Parlamentarierinnen und Parlamentariern besetzt. Wie viele Sitze die Parteien in diesen Kommissionen erhalten, ist erstens abhängig von den Mandaten. Bei der Verteilung der total 143 Mandate im Ständerat und der 275 Mandate im Nationalrat kommt es zweitens allerdings zu Restmandaten, die vom Büro-NR bzw. dem Büro-SR verteilt werden. Wie diese Verteilung aussieht, kann für die Politik der Kommissionen entscheidend sein. Dies war für die 50. Legislaturperiode insbesondere auch deshalb der Fall, weil die SVP und die FDP aufgrund ihrer Wahlgewinne in mehreren Kommissionen zusammen die Mehrheit haben werden. Ein provisorischer Verteilschlüssel wurde Mitte November vorgelegt. Welche Parlamentarierinnen und Parlamentarier Einsitz in welchen Kommissionen nehmen, bestimmen dann die Fraktionen selber. Die Kommissionspräsidien werden alle zwei Jahre neu besetzt. Die Wahl aller Präsidien und aller Kommissionsmitglieder fand dann am 10. Dezember statt.
In der Tat waren die SVP und die FDP in sechs (WAK-NR, SPK-NR, KVF-NR, SiK-NR, RK-NR, FK-NR) der elf Nationalratskommissionen in der Mehrheit und konnten so politischen Geschäften von Beginn weg ihren Stempel aufdrücken. Insbesondere die WAK, in der als Schnittstelle Geschäfte aus allen Bereichen behandelt werden, wird als wichtig erachtet.
Die SVP wird für die nächsten beiden Jahre die KVF-NR, die SPK-NR, die GPK-NR, die APK-NR und die WBK-NR präsidieren. Die SiK-NR und die SGK-NR werden von der FDP und die Urek-NR von der CVP geleitet. Die SP wird der WAK-NR, der FK-NR und der RK-NR vorstehen. Dies war für Susanne Leutenegger Oberholzer (BL) wichtig, da sie mit dem zu erwartenden Präsidiumssitz in der WAK auch ihren persönlichen Wahlkampf befeuert hatte.
Die Zuteilung der einzelnen Parlamentarierinnen und Parlamentarier zu den Kommissionen sei eine der undankbarsten Aufgaben eines Fraktionschefs, zitierte die BaZ SP-Sprecher Michael Sorg. Normalerweise müssen neu gewählte Parlamentsmitglieder warten, bis sie in ihre Wunsch-Kommission einsitzen können. Dies war nicht der Fall für Roger Köppel (svp, ZH), der in die APK gewählt wurde, und auch nicht für Magdalena Martullo-Blocher (svp, GR), die auf Anhieb in der prestigeträchtigen WAK sitzen wird. Auch Neo-Nationalrat Tim Guldimann (sp, ZH) durfte in seiner Wunschkommission, der APK, Einsitz nehmen.

Der im Kanton Genf starke MCG, der bei den nationalen Wahlen im Herbst 2011 überraschend einen Genfer Nationalratssitz gewinnen konnte, war auf nationaler Ebene auf verlorenem Posten. Mauro Poggia konnte sich als einziger Vertreter keiner Fraktion anschliessen und war deshalb auch in keiner Kommission vertreten. Der MCG hatte sich – dort wesentlich stärker als die UDC (SVP) – in Genf mit der SVP überworfen, was mit ein Grund sein dürfte, weshalb die SVP-Fraktion zwar die Lega, nicht aber den MCG in ihre Fraktion aufnahm. Den Vorstössen, die Poggia bereits in grosser Zahl eingereicht hatte, wurden im Parlament bisher kaum Beachtung geschenkt.

Eine Verschärfung der Kontrollinstrumente forderte eine parlamentarische Initiative der SVP-Fraktion, die verlangte, dass über einen bis zum Ende der ersten Sessionswoche eingereichten Vorstoss zur Einsetzung einer PUK zwingend in der gleichen Session entschieden werden müsse. Die staatspolitische Kommission des Nationalrats hatte der Initiative zuerst zugestimmt, nach dem wuchtigen Nein der Schwesterkommission aus der kleinen Kammer dann aber umgeschwenkt. Die ständerätliche Kommission hatte begründet, dass eine PUK keine Eile verlange, sondern geduldige Analyse und dass die kurze Frist das bikamerale System vor zeitliche Probleme stellen würde. Der Nationalrat folgte diesen Argumenten und gab der Initiative mit 52 zu 110 Stimmen keine Folge.

Auf Antrag seiner Staatspolitischen Kommission lehnte der Nationalrat mit 106 zu 56 Stimmen eine parlamentarische Initiative der SVP ab, welche die Veröffentlichung der Sitzungsprotokolle der vorberatenden Kommissionen verlangte. Während Mörgeli (svp, ZH) argumentierte, dass die Bürgerinnen und Bürger damit das Verhalten der von ihnen Gewählten besser kontrollieren könnten, befürchtete eine Mehrheit der SPK davon negative Auswirkungen auf die Parlamentsarbeit. Insbesondere würde damit der Spielraum der Parlamentsmitglieder eingeschränkt und die Suche nach mehrheitsfähigen Kompromissen erschwert.

Anfang Dezember kam es in der SVP zu einem innerparteilichen Konflikt, als die Fraktion den links von der Parteilinie politisierenden Bündner Nationalratsmitgliedern Gadient und Hassler deren Sitze in wichtigen Kommissionen entzog. Die Bündner Kantonalpartei protestierte gegen dieses Vorgehen und verlangte eine Aussprache. Hassler erhielt schliesslich einen Sitz in der Wirtschaftspolitischen Kommission.