In der Herbstsession 2021 beugte sich der Nationalrat über eine Motion der SVP-Fraktion vom September 2019, bei welcher der Titel Programm war: «Stopp der Ausbreitung des radikalen Islams in der Schweiz!». Damit forderte die SVP-Fraktion unter anderem ein Verbot von direkten oder indirekten Zahlungen aus dem Ausland an islamische Organisationen, Gebetshäuser und weitere Institutionen mit denen die Förderung des Islams in der Schweiz finanziert würde. Ausserdem solle der Informationsaustausch zwischen den Behörden auf allen Ebenen ausgebaut werden und genügend Spezialistinnen und Spezialisten zur Überwachung von Moscheen und Imamen zur Verfügung gestellt werden. Zusammen mit weiteren Massnahmen solle damit die Schweizer Rechtsordnung bewahrt und die Schweiz weiter vor terroristischen Anschlägen geschützt werden, wie Walter Wobmann (svp, SO) das Anliegen seiner Fraktion erklärte. Bundesrätin Karin Keller-Sutter sprach sich gegen die Annahme der Motion aus. Auch wenn von extremistischen islamistischen Gemeinschaften durchaus Gefahr ausgehe, seien die geforderten Massnahmen unverhältnismässig und würden die Grundrechte der muslimischen Gemeinschaft verletzen. Dies sei diskriminierend und verfassungswidrig, wie die Justizministerin ausführte.
Der Nationalrat lehnte die Motion in der Folge mit 136 zu 54 Stimmen ab. Die befürwortenden Stimmen stammten aus der geschlossen stimmenden SVP-Fraktion sowie von einer Person aus der FDP.Liberalen-Fraktion.
Bereits kurz vor Einreichung dieser Motion hatte der Nationalrat in der Herbstsession 2019 eine exakt gleichlautende Motion der SVP-Fraktion abgelehnt, welche ebenfalls von Walter Wobmann vertreten worden war. Damals wurde sie per Stichentscheid durch die damalige Präsidentin Marina Carobbio (sp, TI) allerdings noch äusserst knapp abgelehnt.

A l'occasion de la grève féministe et des femmes* du 14 juin 2019, la présidente du Conseil national Marina Carobbio Guscetti (ps, TI) a souhaité marquer le coup. Elle a proposé au bureau du Parlement de faire une grève éclair de 15 minutes, à 11h, le 14 juin. Sa proposition a été acceptée tacitement à l'unanimité par les membres du bureau, mais combattue par une motion d'ordre Glarner (udc, AG). Ce dernier a profité de son temps de tribune pour traiter les grévistes de «femmes frustrées qui n'ont pas eu ce qu'elles voulaient dans la vie». Sa véhémente tirade n'a convaincu que 53 membres (2 ont voté contre et 2 se sont abstenu) de son parti et deux élus PLR. L'UDC s'est montrée dès le départ opposée à la grève. Sa section féminine romande a toutefois prévu une action, controversée, pour ce jour-là. Les femmes UDC organisent en effet un banquet dont les bénéfices seront reversés à des associations anti-avortement.

Das Bundesgesetz über den Schutz vor Gefährdungen durch nichtionisierende Strahlung und Schall (NISSG) hatte im Nationalrat etwas mehr Gegenwind als im Ständerat. Zwar beantragte die SGK mehrheitlich, auf die Vorlage einzutreten, eine Minderheit de Courten (svp, BL) wollte dies jedoch nicht und stemmte sich mit zwei Anträgen (Nichteintreten und Rückweisung) gegen die Vorlage. Falls auf das Gesetz eingetreten würde, sollte es zurückgewiesen werden mit dem Auftrag an den Bundesrat, lediglich bezüglich Laserpointern eine neue Regelung auszuarbeiten. Die Kommissionsmehrheit war indes der Meinung, dass das neue Gesetz angesichts der technologischen Entwicklungen gerechtfertigt sei, wie es Sprecherin Carobbio Guscetti (sp, TI) und Sprecher Hess (bdp, BE) ausführten. Diese beiden Anträge setzten den Rahmen für die Eintretensdebatte. SP, CVP, GLP und Grüne waren für Eintreten. Diese Parteien orteten einen Regulierungsbedarf und wollten den Weg über ein neues Gesetz gehen, besonders im Sinne des Schutzes der Gesundheit. Die FDP äusserte sich kritischer. Das Gesetz wurde als nicht nötig erachtet. Stattdessen sollten gesunder Menschenverstand und Eigenverantwortung gefördert werden, so Fraktionssprecherin Sauter (fdp, ZH). Überhaupt wehre sich die Fraktion gegen übermässige und in diesem Fall „unverhältnismässige” Regulierungen. Eintreten war indes in der FDP-Liberalen Fraktion nicht bestritten, jedoch werde sie sich für eine Entschlackung des Gesetzes einsetzen.
In der Eintretensabstimmung obsiegten die Anträge der Mehrheit. Der Nichteintretensantrag unterlag mit 107 zu 77 Stimmen. Die Rückweisung an den Bundesrat wurde mit 106 zu 77 ebenfalls verworfen (eine Enthaltung). Mit der Kommissionsminderheit unterlag auch die SVP-Fraktion, die in beiden Fragen das Minderheitsanliegen unterstützte.

Die Detailberatung war in der Folge geprägt von Minderheitsanträgen. Fast jeder der 15 Gesetzesartikel wurde angefochten. Die Debatte erstreckte sich also über längere Zeit und zahlreiche Abstimmungen, die allesamt recht knapp ausfielen und in denen in den meisten Fällen die Kommissionsmehrheit gestützt wurde. Mit vier Differenzen zum Ständerat wurde die Gesetzesvorlage schliesslich verabschiedet, dies durchaus im Sinne der Gegner des nunmehr etwas verschlankten Gesetzes. Dabei ging es um ein Verbot von gewerblichen und beruflichen Produkteverwendungen mit erheblichem Gefährdungspotential (Artikel 5 lit. b) sowie um die Grundlagenbeschaffung (Art. 6), beides wurde aus dem Gesetzesentwurf gestrichen. Der Nationalrat führte aber auch eine neue Bestimmung ein: Der Bundesrat muss dem Parlament 8 Jahre nach Inkrafttreten eine Evaluation des Gesetzes unterbreiten.
In der Gesamtabstimmung stimmten 97 Nationalrätinnen und Nationalräte für den überarbeiteten Entwurf, 93 waren dagegen. Damit ging die Vorlage zurück zum Ständerat, der sich in der ersten Lesung einstimmig für das Gesetz ausgesprochen hatte.

Zu einer ersten Klärung der Situation trugen die Parlamentswahlen bei. So zogen die Grünen aufgrund der Niederlage bei den Parlamentswahlen ihren Anspruch auf einen Bundesratssitz zurück und traten nicht bei den Erneuerungswahlen an, obwohl sie noch vor den Wahlen einen Regierungssitz für sich reklamiert hatten. Sie hatten dabei nicht nur mit ihrer Wählerstärke sondern auch mit der wachsenden Bedeutung und Berücksichtigung der Umweltpolitik argumentiert und eine Liste mit möglichen Kandidierenden (darunter die Regierungsräte Bernhard Pulver (BE) und Guy Morin (BS), der Genfer Ständerat Robert Cramer oder die Zürcher Stadträtin Ruth Genner) ins Gespräch gebracht. Die BDP hingegen sah dank ihres Erfolges bei den Wahlen keinen Anlass, ihre Bundesrätin zurückzuziehen. Eveline Widmer-Schlumpf gab Ende Oktober denn auch definitiv bekannt, sich für die Wiederwahl bereitzustellen. Die SVP ihrerseits, die bei den Wahlen Sitze einbüssen musste, schloss vorerst eine Kampfkandidatur gegen die FDP aus.

Die SP brachte mögliche Kandidaten für die Nachfolge von Micheline Calmy-Rey früh in Stellung und nutzte die Auswahlprozedur geschickt für zusätzliche Medienaufmerksamkeit im Wahlkampf. Die Partei bekräftigte, dass nur Kandidierende aus der lateinischen Schweiz in Frage kämen. Als Topfavoriten galten der Waadtländer Staatsrat Pierre-Yves Maillard und der Freiburger Ständerat Alain Berset. Kandidaturen reichten zudem Nationalrat Stéphane Rossini (VS) und die Tessiner Nationalrätin Marina Carobbio ein. Die SP-Fraktion präsentierte Ende November mit Alain Berset und Pierre-Yves Maillard ein Zweierticket. Die Nichtnomination von Marina Carobbio stiess insbesondere in der Südschweiz auf Enttäuschung, bedeutete dies doch, dass das Tessin seit 1996 (Rücktritt von Flavio Cotti) weiter auf eine Vertretung in der Landesregierung warten musste.

Obwohl die SVP sich schon sehr früh als Herausforderin profilierte, tat sie sich mit der Suche nach Kandidierenden schwer. Zwar brachte sich Jean-François Rime (FR) schon früh in Stellung. Die als Favoriten gehandelten Kandidaten sagten aber spätestens nach den Parlamentswahlen alle ab: So verzichteten etwa der nicht in den Ständerat gewählte Caspar Baader (BL) oder der neue Ständerat Roland Eberle (TG). Auch Nationalrat Adrian Amstutz (BE), der im November seine Wiederwahl in den Ständerat nicht geschafft hatte, verzichtete genauso auf eine Kandidatur wie der umworbene Nationalrat Peter Spuhler (TG) und Parteipräsident Toni Brunner (SG). Zum Problem der SVP wurde allgemein die Wählbarkeit der Kandidierenden: Während linientreue Hardliner vom Parlament als nicht wählbar betrachtet wurden, hatten es moderate SVP-Exponenten schwer, die Hürde der Fraktionsnominierung zu überspringen. Bis Ende November meldeten schliesslich Nationalrat Guy Parmelin (VD), Ständerat Hannes Germann (SH), und die Regierungsräte Jakob Stark (TG) und Heinz Tännler (ZG) ihre Ambitionen an. Eher überraschend kam die Kandidatur von Nationalrat und Gewerbeverbandspräsident Bruno Zuppiger (ZH), der als Schwergewicht betrachtet wurde und der angab, auf Bitte von Christoph Blocher (ZH) anzutreten. Zuppiger war jeweils schon bei den Bundesratswahlen 2003, 2007 und 2008 von der SP als valabler SVP-Kandidat ins Spiel gebracht worden. Er galt deshalb weit über das bürgerliche Lager hinaus als wählbar und wurde denn auch prompt neben Rime auf ein Zweierticket gehievt. Allerdings zwang ihn ein von der Weltwoche verbreiteter Vorwurf, bei einer Erbschaft unrechtmässig Geld abgezweigt zu haben, zum Rückzug seiner Kandidatur. Die Presse ging mit der SVP-Spitze, die offenbar von der Sache gewusst hatte und vorerst an Zuppiger festhielt, hart ins Gericht. In einer Nacht- und Nebelaktion stellte die SVP in der Folge nicht etwa einen der von den Kantonalsektionen nominierten Kandidaten, sondern Nationalrat Hansjörg Walter als Ersatzkandidaten auf. Dieser hatte sich im offiziellen Nominationsverfahren nicht zur Verfügung gestellt, weil er das Amt des Nationalratspräsidenten übernehmen wollte. Der Wechsel wurde in der Presse als unprofessionell, unglaubwürdig und peinlich bezeichnet und die Spitze der SVP musste Fehler bei der Beurteilung der Kandidaten einräumen. Walter selber, der noch 2008 aufgrund einer einzigen Stimme nicht zum Bundesrat und im Berichtjahr mit einem glänzenden Resultat zum Nationalratspräsidenten gewählt worden war, machte deutlich, dass er nur gegen den Sitz der BDP antreten würde.

Nach den Hearings gaben sowohl die Grünen als auch die SP bekannt, dass sie ihrer Fraktion die Wiederwahl von Eveline Widmer-Schlumpf empfehlen würden. Die CVP und die BDP diskutierten gleichzeitig über eine stärkere künftige Kooperation. Es zeichnete sich deshalb ab, dass die SVP höchstens auf Kosten der FDP einen zweiten Sitz erhalten würde.