Mit Verweis auf ihren 2017 veröffentlichten Bericht zum Lohnsystem des Bundes lehnte die Regierung die Motion der SVP-Fraktion für eine Überarbeitung und Vereinfachung des Systems der Leistungslöhne für das Bundespersonal ab. Der Bericht habe gezeigt, dass das System gut funktioniere und keine Auswüchse zeige. Die Motionärin war hier freilich anderer Meinung. In ihrer Begründung schrieb die SVP von «wild wuchernde[n] Zuschläge[n]», die ohne Leistungsbeurteilung ausbezahlt würden. Zudem erhielten praktisch alle Bundesangestellten die Beurteilungsstufe 3 («gut»). Dies sei nicht fair, da das Prinzip «gleicher Lohn für gleiche Leistung» nicht berücksichtigt werde.
In der Ratsdebatte führte Franz Grüter (svp, LU) als Sprecher der Fraktion ein paar Beispiele für Zuschläge an, die Zeichen für ein willkürliches Vergütungssystem seien: «Ortszuschläge, Treueprämien, Funktionszulagen, Sonderzulagen, Leistungsprämien, Spontanprämien, Arbeitsmarktzulagen, Familienzulagen und ergänzende Leistungen, Zulagen für die Verwandtschaftsunterstützung und Auslagen für die familienergänzende Kinderbetreuung».
Finanzminister Ueli Maurer betonte, dass der Bund über sehr fähige Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter verfüge, die aber eben in sehr unterschiedlichen Funktionen arbeiteten und deshalb auch unterschiedlich und mit unterschiedlichen Zuschlagssystemen entlohnt würden. Auch bei einer Überarbeitung des Lohnsystems käme man wohl nicht ohne Spezialregelungen aus, um der Vielfalt gerecht zu werden, argumentierte Maurer weiter. Die Bundesverwaltung sei eben nicht ein Unternehmen, sondern die rund 37'000 Angestellten seien in 80 verschiedenen Bundesämtern, in über hundert Ländern der Welt und in unterschiedlichsten Funktionen «vom einfachen Handwerker bis zum hohen Diplomaten» angestellt. Er fände das Anliegen geringerer Lohnausgaben ja durchaus sympathisch, so der SVP-Bundesrat weiter, aber man müsse aufpassen, dass man nicht noch tiefere Löhne als in der Privatwirtschaft ausbezahle. Zudem würden einzelne Anpassungen laufend überprüft und kleine Schritte würden wahrscheinlich eher zum Ziel führen, als eine grosse Revision. Maurer gab zu bedenken, dass eine Vereinheitlichung des Lohnsystems wohl eher zu einer Nivellierung der Löhne nach oben und folglich zu Mehrausgaben führen würde. Die bundesrätlichen Argumente verfingen im Rat nur teilweise. Die 78 Stimmen der Ratslinken und der grossen Mehrheit der CVP-Fraktion reichten als Unterstützung für die Haltung des Finanzministers letztlich nicht aus. Mit 115 Stimmen der geschlossenen SVP-, FDP-, GLP- und BDP-Fraktionen wurde die Motion an den Ständerat überwiesen.

In der Woche nach der Schlussabstimmung in den eidgenössischen Räten über das revidierte BÜPF stellte sich – wie von SVP-Nationalrat und Komitee-Chef Franz Grüter (svp, LU) bereits seit längerem angekündigt – das Referendumskomitee „Stop BÜPF“ vor. Ihm gehörten neben der Piratenpartei, der Alternativen Liste und der Partei der Arbeit auch die Jungfreisinnigen, die Jungen Grünliberalen, die Junge SVP sowie die Juso an. Dazu kamen sieben zivilgesellschaftliche Organisationen, namentlich die Digitale Gesellschaft, der Verein Grundrechte, Operation Libero, die Internet Society Schweiz, der Chaos Computer Club Schweiz, die Stiftung pEp und Wilhelm Tux. Diese ungewöhnliche Allianz von Jungparteien von links bis rechts deutete darauf hin, dass in dieser Frage weniger ein parteiideologischer als vielmehr ein Generationenkonflikt vorlag. Mitte April präsentierte das Komitee seine Argumente. Im Zentrum der Kritik stand einerseits die als „unverhältnismässig“ angesehene Vorratsdatenspeicherung, bei der zwar die Frist zur Aufbewahrung der Daten nicht verlängert, aber der Kreis der Anbieter, die Daten für die Behörden bereithalten müssen, ausgeweitet wurde. Andererseits störten sich die BÜPF-Gegner an den Staatstrojanern, die fortan in fremde Computersysteme eindringen und so verschlüsselte Kommunikation abhören können. Besonders stossend sei hierbei, dass die Staatstrojaner bestehende Sicherheitslücken ausnutzen sollen, wodurch ein „legaler Schwarzmarkt von Sicherheitslücken“ geschaffen werde, so Norbert Bollow, Präsident der Digitalen Gesellschaft. Zum Abhören verschlüsselter Kommunikation gebe es auch andere Mittel, betonte JGLP-Co-Präsident Pascal Vuichard und verwies auf die Firma Skype, welche auf Gerichtsbeschluss hin mit den Behörden kooperiere. Vonseiten der IT-Anbieter kritisierte Jean-Marc Hensch, Geschäftsführer des Branchenverbandes Swico, die „überrissenen Mitwirkungspflichten“, da auch kleinere Anbieter einen automatischen Zugriff der Behörden auf ihre Systeme einrichten müssten. Im Grundsatz war sich das Komitee einig, dass die Privatsphäre nicht auf Vorrat eingeschränkt werden solle – mit den Worten von Juso-Präsident Fabian Molina: „Im Zweifel für die Freiheit.“ Ebenfalls im April trat die SP nach einem entsprechenden, äusserst knappen Beschluss der Delegiertenversammlung dem Referendumskomitee bei, allerdings gegen den Widerstand ihres Parteipräsidenten Christian Levrat (sp, FR) und entgegen der Mehrheit der Bundeshausfraktion, die das BÜPF im Parlament gutgeheissen hatte.
Einen Monat vor Ablauf der Referendumsfrist am 7. Juli 2016 wurde bekannt, dass die Unterschriftensammlung bis anhin harzig verlaufen war und deshalb noch rund die Hälfte der benötigten 50'000 Unterschriften fehlten. Daraufhin erklärte Juso-Präsident Fabian Molina den Abbruch der offiziellen Unterschriftensammlung. Er zeigte sich enttäuscht über die schwache Sammelleistung der bürgerlichen Jungparteien und glaubte nicht mehr an den Erfolg des Referendums. Die Allianzpartner ihrerseits bezeichneten den Rückzug Molinas als feige und unzuverlässig und beklagten auch das mangelnde Engagement der Juso, welche das Unterschriften-Soll auch nicht erfüllt hätten. Dennoch wollten sie nicht aufgeben und setzten die Unterschriftensammlung auch ohne Beteiligung der Juso fort. Ende Juni sah es denn auch tatsächlich danach aus, dass sich der Einsatz im Schlussspurt gelohnt hätte: Das Komitee verkündete, 55'000 Unterschriften erhalten zu haben, die lediglich noch beglaubigt werden müssten. Nach dem Austritt der Juso habe sich ein „gewaltiger Alarmismus“ breitgemacht, der die Sammler zusätzlich anspornte, erklärte Hernani Marques vom Chaos Computer Club. Er zeigte sich zuversichtlich, dass mindestens 51'000 gültige Unterschriften beisammen seien und das Referendum damit zustande komme.
Wie sich am Tag des Ablaufs der Referendumsfrist herausstellte, hatte sich das Komitee jedoch verkalkuliert. Von den gut 55'000 gesammelten Unterschriften trafen nur rund 45'000 rechtzeitig beglaubigt ein, damit sie bei der Bundeskanzlei hätten eingereicht werden können. Damit war das Referendum im allerletzten Moment gescheitert. Für das Komitee sei es eine „gewaltige Enttäuschung“. Schuld daran seien aber weder die Sammlerinnen und Sammler noch die Gemeinden, sondern das Komitee selbst, das in der Anfangsphase zu viel Zeit verloren habe, gab es in einer Mitteilung bekannt. Damit wird das BÜPF wie von den eidgenössischen Räten verabschiedet in Kraft treten.

Für eine bessere Nutzung von Gesundheitsdaten für eine qualitativ hochstehende und effiziente Gesundheitsversorgung setzte sich Ruth Humbel (cvp, AG) mit einem Postulat ein, das sie Ende 2015 eingereicht hatte und das Mitte 2016 im Rat behandelt wurde. Damit knüpfte sie an bestehende Strukturen an: Bezüglich vieler Erkrankungen werden Register geführt, deren Einträge jedoch schlecht oder nicht geeignet sind, um verglichen zu werden. Eine bessere Datenvergleichbarkeit, die klare Zuordnung zu Personen, aber auch eine effektive Wahrung des Datenschutzes waren die Hauptanliegen, die im Postulat nachgefragt wurden. Als Begründung wurde ein hoher erwarteter Nutzen dieser Anpassungen angeführt. Die Krankheitsregister ermöglichen im Rahmen der Prävention, Früherkennung und Behandlung von Krankheiten bzw. deren Verläufe wertvolle Erkenntnisse und leisten einen Beitrag zur Qualitätssicherung. Wie die verschiedenen Register zu verknüpfen wären, sollte der Bundesrat deshalb in einem Bericht erörtern.
Die Regierung zeigte sich offen für das Anliegen und stellte in Aussicht, einen solchen Bericht zu erstellen. Es hätten sich bereits Fragen ergeben, als es beispielsweise um die Anwendung des Humanforschungsgesetzes in Abgrenzung zum Bundesstatistikgesetz ging. In dieser Hinsicht sei es angezeigt, die Anwendungsmöglichkeiten bezüglich Datenverknüpfung und Datenzugang darzulegen. Nachdem das Postulat zunächst noch von Franz Grüter (svp, LU) bekämpft wurde, verabschiedete das Ratsplenum den Vorstoss mit 125 zu 56 Stimmen bei drei Enthaltungen. Grüter brachte in der Debatte seine Bedenken bezüglich Datenschutz vor und zeichnete ein recht düsteres Bild von möglichem Datenmissbrauch, der, gerade durch die Personalisierung der Daten mittels Verknüpfung der AHV-Nummer, drohe. Er und die fast geschlossen stimmende SVP-Fraktion stellten sich jedoch vergeblich gegen den Antrag.