Am 12. August 2016 reichte die SVP die nötige Anzahl Unterschriften für ihre Volksinitiative «Schweizer Recht statt fremde Richter (Selbstbestimmungsinitiative)» bei der Bundeskanzlei ein – diese beglaubigte ein paar Wochen später 116'428 Unterschriften – und nutzte die Übergabe der Unterschriftenbogen zugleich für einen erneuten Medienauftritt. Weil das Parlament, die Regierung, die Verwaltung und die Justiz «in unheimlichem Zusammenspiel» (zitiert aus der NZZ) das Volk als obersten Gesetzgeber entmachte, müsse die direkte Demokratie gestärkt werden. Die Umsetzung von Initiativen – die SVP verwies auf ihre eigene Ausschaffungsinitiative, auf die Masseneinwanderungsinitiative und die Verwahrungsinitiative – werde mit Verweis auf internationales Recht immer häufiger verhindert, obwohl Volk und Stände den Begehren zugestimmt hätten, so die Initianten. Der direkten Demokratie werde also nur wieder Gehör verschafft, wenn im Falle eines Widerspruchs zwischen Bundesverfassung und völkerrechtlichen Bestimmungen Erstere den Vorrang erhalte, indem Letztere entweder angepasst oder gekündigt würden. Massgeblich sollten zudem nur noch jene völkerrechtlichen Verträge sein, die direktdemokratisch legitimiert, also dem fakultativen Referendum unterstanden hätten.

Gegen das Volksbegehren hatte sich schon früh Widerstand geregt. Bereits im Juni 2016 hatte die Organisation «Schutzfaktor M» zu einer Medienveranstaltung eingeladen, an der vor der Selbstbestimmungsinitiative gewarnt worden war. Die Möglichkeit, Staatsverträge durch Volksinitiativen ausser Kraft zu setzen, komme einer Verabsolutierung der Demokratie gleich, was gefährlich sei, gab etwa Heinrich Koller, der ehemalige Direktor des Bundesamtes für Justiz, zu Protokoll. Alt-Bundesrichter Niccolò Raselli (sp) warnte vor einer «Anti-Menschenrechts-Initiative», da die Gefahr einer Kündigung der Europäischen Menschenrechtskonvention bestehe. Hans-Ueli Vogt (svp, ZH) – der mittlerweile in den Nationalrat gewählte Kopf hinter der Initiative – wehrte sich gegen den Vorwurf, dass die SVP gegen die Menschenrechte sei; sie stosse sich lediglich an den immer häufiger auftretenden Eingriffen des Menschenrechtsgerichtshofes in Strassburg in das Schweizer Recht.

Die im Vorjahr durch einen Zeitungsbericht des Tages-Anzeigers ausgelöste „Affäre Mörgeli“ erhielt auch im Berichtjahr viel neuen Zündstoff. Nationalrat Christoph Mörgeli (ZH) war 2012 von seinem Posten als Konservator des Medizinhistorischen Instituts an der Universität Zürich aufgrund ungenügender fachlicher Leistungen freigestellt worden. Ende März strahlte die Fernsehsendung „Rundschau“ einen Bericht aus, in dem Mörgeli vorgeworfen wird, ungenügende Doktorarbeiten abgenommen zu haben. Mörgeli sah sich nicht nur in seinem Urteil bestätigt, dass er von der Universität gemobbt werde, da diese interne und vertrauliche Gutachten herausgebe, sondern er plante auch rechtliche Schritte gegen die Rundschau und die Sendung „10 vor 10“, die das Thema ebenfalls aufgenommen hatte. Wegen „versuchten Rufmords“ reichte Mörgeli bei der Ombudsstelle Beschwerde ein, die Anfang Dezember allerdings abgewiesen wurde. Anfang Oktober kam ein Bericht einer externen Expertenkommission zum Schluss, dass Mörgeli einen Teil seiner Doktoranden schlecht betreut habe. Mörgeli wehrte sich in einer Stellungnahme gegen den Bericht; er stritt insbesondere ab, dass es in den von ihm betreuten rund 60 Dissertationen unkommentierte Text-Transkripte gegeben habe. Mörgeli griff zudem seine Nationalratskollegin und Mitglied des Universitätsrates Kathy Riklin (cvp, ZH) an. Er reichte Strafanzeige wegen Amtsgeheimnisverletzung ein, weil Riklin Ende Herbstsession in der Wandelhalle angeblich Internas aus dem damals noch nicht veröffentlichten Expertenbericht ausgeplaudert habe. Im Herbst wurde die Kritik an der Universitätsführung lauter, die in der Zwischenzeit auch die stellvertretende Institutsdirektorin Iris Ritzmann entlassen hatte, was in Universitätskreisen geharnischte Proteste hervorgerufen hatte. Der Universitätsleitung wurde Führungsschwäche vorgeworfen. Sie habe zudem der ermittelnden Staatsanwaltschaft willfährig E-Mails zahlreicher Mitarbeiter ausgehändigt. Die Kritiken kulminierten im vorzeitigen und sofortigen Rücktritt des Rektors Andreas Fischer Anfang November, worauf sich eine kantonalparlamentarische Oberaufsicht einschaltete, die die Vorfälle überprüfen will. Um eine Episode reicher wurde die Affäre Ende Berichtjahr, als der Anwalt von Christoph Mörgeli Strafanzeige gegen den ehemaligen Chef des Bundesamtes für Justiz, Heinrich Koller, einreichte, der von der Universität Zürich eingesetzt worden war, um die Entlassung von Iris Ritzmann zu untersuchen. Mörgelis Anwalt machte herabsetzende Äusserungen und Verletzung des Amtsgeheimnisses geltend.

Für die Ausarbeitung eines Ausführungsgesetzes zur Ausschaffungsinitiative setzte die neue Justizministerin Simonetta Sommaruga eine Arbeitsgruppe ein, in welche sie auch zwei Mitglieder aus dem Initiativkomitee einbinden wollte. Das Gremium, welches vom ehemaligen Direktor des Bundesamts für Justiz, Rechtsprofessor Heinrich Koller, geleitet wird, muss Lösungen aufzeigen, wie mögliche Konflikte mit der Verfassung und internationalen Abkommen gemildert oder verhindert werden können. Die SVP forderte die Justizministerin auf, das Mandat der Arbeitsgruppe anzupassen. Sie störte sich daran, dass das Gremium alle Entscheidungen im Konsens treffen müsse und kritisierte auch, dass die Beratungen vertraulich sein sollten und nur das Justizdepartement die Öffentlichkeit hätte informieren dürfen. Nachdem die Justizministerin diesen Forderungen der SVP entsprochen hatte, schickte die Partei die zwei Juristen Gregor Rutz (ZH) und Manuel Brandenberg (ZG) in die Arbeitsgruppe.