Mitte Dezember 2017 gab der Bundesrat den Medien bekannt, dass er die Volksinitiative «Ja zum Verhüllungsverbot» ablehne, ihr aber mit einem indirekten Gegenvorschlag begegnen möchte. Die Initiative für ein nationales Verbot sei abzulehnen, weil die Kantone selber entscheiden können sollten, ob sie die Gesichtsverhüllung im öffentlichen Raum verbieten wollen oder nicht. So hätten die Kantone Tessin und St. Gallen ein solches Verbot befürwortet, während es in Zürich, Solothurn, Schwyz, Basel-Stadt und Glarus abgelehnt worden sei. Diesen unterschiedlichen Befindlichkeiten gelte es Rechnung zu tragen. Der Bundesrat anerkenne jedoch, dass die Gesichtsverhüllung problematisch sein könne, und zwar zum einen, wenn jemand zur Verhüllung gezwungen werde, und zum anderen im Kontakt mit den Behörden. Er wollte sich dieser Problematik daher mit einem indirekten Gegenvorschlag annehmen, der Regelungen auf Gesetzesebene vorsehe, ohne den Kompetenzbereich des Bundes zu überschreiten. Konkret solle es im Strafgesetzbuch ausdrücklich verboten werden, jemanden zur Verhüllung des Gesichts zu zwingen. Zudem solle der Kontakt mit Bundesbehörden und Bundesrecht vollziehenden Behörden unter Androhung von Strafe unverhüllt erfolgen müssen. Der Bundesrat beauftragte das EJPD mit der Ausarbeitung einer entsprechenden Vernehmlassungsvorlage bis Ende Juni 2018.
Bei den Initianten vermochte der Vorschlag des Bundesrats wenig Eindruck zu erwecken; er sei «schwammig» und entspreche nicht dem Anliegen der Initiative, so Walter Wobmann (svp, SO) gegenüber der Basler Zeitung. Das Komitee halte an der Initiative fest und blicke der Abstimmung nach wie vor zuversichtlich entgegen. Die SVP lehnte den bundesrätlichen Vorschlag ebenfalls als «wirkungslos» ab, wie in der Presse zu lesen war. Auf wenig Gegenliebe stiess der Vorschlag indes auch bei den Grünen. Nationalrat Balthasar Glättli (gp, ZH) bezeichnete ihn gegenüber der Basler Zeitung als «falsch und überflüssig», weil Nötigung ohnehin strafbar sei, und machte ihm in der Aargauer Zeitung den gleichen Vorwurf wie der Initiative selbst, nämlich zur «Stimmungsmache gegen Muslime in der Schweiz» beizutragen. Positiver äusserten sich die CVP und die SP zur Stossrichtung des Bundesrates, wenngleich sich die SP weiter auf ihren eigenen direkten Gegenentwurf zur Verbesserung der Gleichstellung der Frauen konzentrieren wollte. SP-Nationalrat Cédric Wermuth (sp, AG) bedauerte im Tages-Anzeiger, dass der Bundesrat sich nicht getraut habe, «die Debatte neu auszurichten», und dass der Gegenvorschlag «keine Antwort auf das Unbehagen» liefere, das hinter der Initiative stehe. Von verschiedenen Seiten wurde der bundesrätliche Vorschlag auch als nicht oder nur schwer umsetzbar kritisiert, da Frauen, die gezwungen werden, sich zu verschleiern, dies eher nicht bei der Polizei zur Anzeige bringen würden. Ständerat Andrea Caroni (fdp, AR), der bereits ein Gegenkomitee zur Initiative gegründet hatte, begrüsste dagegen den Vorschlag des Bundesrates. Er sei zwar nicht «das Ei des Kolumbus», eröffne aber die Möglichkeit für eine gezielte Debatte über die Probleme im Zusammenhang mit der Gesichtsverhüllung und über allfällige Lösungen, so Caroni gegenüber «Le Temps».

Sowohl die Gewährleistung der neuen Tessiner Kantonsverfassung, wodurch das Gesichtsverhüllungsverbot von Bundesrat und Parlament als bundesrechtskonform akzeptiert wurde, als auch das Urteil des EGMR vom Juli 2014, welches das Burkaverbot in Frankreich offiziell als EMRK-konform einstufte, verhalfen der Burka-Kontroverse in der Schweiz zu Aufwind. Anfang 2015 kündigte das Egerkinger Komitee um den Solothurner SVP-Nationalrat Walter Wobmann, das seinerzeit die Minarett-Initiative aus der Taufe gehoben hatte, denn auch an, auf nationaler Ebene eine Initiative für ein Verhüllungsverbot nach Tessiner Vorbild einzureichen, und zwar parallel zu Wobmanns parlamentarischer Initiative mit dem gleichen Anliegen. Obwohl die SPK-NR das Anliegen im April 2015 mit knapper Mehrheit unterstützt hatte, glaubte der Initiant nicht an den Erfolg über den parlamentarischen Weg. Deshalb und nicht zuletzt auch aus wahltaktischen Gründen – im Hinblick auf die bevorstehenden eidgenössischen Wahlen im Oktober 2015 erhoffte sich die SVP einen positiven Effekt von der Initiative, wie der Walliser SVP-Nationalrat Oskar Freysinger unumwunden zugab – trat das Egerkinger Komitee am 29. September 2015 vor die Medien, um die endgültige Lancierung der Volksinitiative «Ja zum Verhüllungsverbot» bekanntzumachen. Der Initiativtext sei bei der Bundeskanzlei eingereicht worden und so bald als möglich wolle man mit der Unterschriftensammlung beginnen, liess das Komitee, dem neben Walter Wobmann weitere SVP-Exponentinnen und -Exponenten sowie Mitglieder der EDU, der Lega und der Schweizer Demokraten angehörten, in der Presse verlauten. Inhalt des Initiativtextes war erstens das Verbot, sein Gesicht im öffentlichen Raum oder an öffentlich zugänglichen Orten (ausgenommen Sakralstätten) zu verhüllen oder zu verbergen, sowie zweitens das Verbot, eine Person zu zwingen, ihr Gesicht aufgrund ihres Geschlechts zu verhüllen. Ausnahmen sollten aus gesundheitlichen, sicherheitsrelevanten und klimatischen Gründen sowie aus Gründen des einheimischen Brauchtums gestattet sein, um etwa Mundschutzmasken für Pflegepersonal, Motorradhelme, Kälteschutz beim Wintersport oder Fasnachtsmasken nicht unter Strafe zu stellen. In den Augen der Gegnerinnen und Gegner sollte die Initiative ein Problem lösen, das gar nicht existiere, sei doch die Wahrscheinlichkeit, in der Schweiz einer Burkaträgerin zu begegnen «nicht viel höher als auf dem Mars», wie «La Liberté» karikierend schrieb.
Die Alarmglocken schrillen liess die Initiative unterdessen in der Tourismusbranche, die sich – unter der Frankenstärke und Buchungsrückgängen aus dem Euroraum ächzend – gerade an der steigenden Anzahl zahlungskräftiger Gäste aus den Golfstaaten erfreute. Verböte die Schweiz die Burka, so die Befürchtung, würde diese Klientel zukünftig auf Reisen in die Schweiz verzichten und auch sonst könnte die Schweiz als bisher als offen und tolerant wahrgenommene Destination einen beträchtlichen Imageschaden erleiden und auch andere Touristen abschrecken. Eine prompte Reaktion auf das neuste Projekt des Egerkinger Komitees kam auch aus der Gemeinde Egerkingen (SO): Per Communiqué distanzierte sich der Gemeinderat in aller Form vom Egerkinger Komitee, das sich im Namen auf seinen Gründungsort beruft, und dessen «ideologisch verbrämter Gesinnung», wie der Tages-Anzeiger berichtete, und forderte das Komitee auf, den Namen Egerkingen nicht mehr zu verwenden.
Die Debatte um das Verhüllungsverbot loderte im Nachgang der Terroranschläge von Paris Mitte November 2015 noch einmal heiss auf. Während Kritiker des Burkaverbots befürchteten, durch die Einführung eines solchen könnte die Schweiz vermehrt in den Fokus von Dschihadisten rücken und in der Folge auch Ziel von zukünftigen Attentaten sein, zeigten sich die Initianten in den Medien wenig beeindruckt von den jüngsten Geschehnissen. Selbst durch Drohungen von Fundamentalisten wollten sie sich nicht einschüchtern lassen, denn nach den Anschlägen in Paris sei die Initiative «aktueller denn je»; es gehe letztlich darum, «unsere freiheitliche Gesellschaftsordnung zu schützen», so Wobmann gegenüber der «Schweiz am Sonntag».
Wie man das Burkaverbot schon vor dem offiziellen Inkrafttreten wirkungslos machen könnte, zeigte sich derweil im Kanton Tessin, dessen Regelung Pate für das nationale Verbot gestanden hatte: Der französisch-algerische Unternehmer Rachid Nekkaz kündigte im Dezember in Locarno (TI) medienwirksam an, alle Bussen für Burka- oder Nikabträgerinnen im Tessin – ungeachtet deren Höhe – zu übernehmen.

In der Sommersession 2015 nahm der Nationalrat die Beratung zur Volksinitiative „Für eine faire Verkehrsfinanzierung“ (Milchkuh-Initiative) auf. Wie schon in der kleinen Kammer gab es auch in der Volkskammer einen Rückweisungsantrag, der die Beratung der Initiative mit der Behandlung des NAF verknüpfen wollte. Der Rückweisungsantrag war von Nationalrat Français (fdp, VD) eingereicht und von rund einem Dutzend Mitgliedern der SVP-Fraktion mitunterzeichnet worden - auch von Mitgliedern des Initiativkomitees. Martin Candinas (cvp, GR) legte für die Kommissionsmehrheit dar, weshalb eine gemeinsame Behandlung von Volksinitiative und NAF nicht wünschenswert sei. Er warf dabei dem Initiativkomitee fehlende Kompromissbereitschaft vor, was von den Nationalräten und Mitgliedern des Initiativkomitees Rime (svp, FR), Binder (svp, ZH) und Amstutz (svp, BE) bestritten wurde. Als Roger Nordmann (sp, VD) für die Kommission sprach und der Initiative einen extremistischen Charakter bescheinigte, empörte sich die SVP-Fraktion. Ulrich Giezendanner (svp, AG), ebenfalls ein Mitglied des Initiativkomitees, forderte eine Entschuldigung für diese "Riesenfrechheit" – was Nordmann jedoch ausschlug. Der Rückweisungsantrag der Minderheit Français wurde äusserst knapp mit 93 zu 91 Stimmen bei 2 Enthaltungen abgelehnt. Für die Rückweisung stimmten die geschlossenen Fraktionen von SVP und FDP mit einzelnen Stimmen aus der CVP und der BDP. Die Fraktionen von SP, Grünen und GLP stimmten geschlossen dagegen. In der weiteren Debatte in der grossen Kammer argumentierten die Gegnerinnen der Vorlage mit den CHF 1.5 Mia., welche der Bundeskasse wegen der Initiative entgehen würden und mit den deswegen notwendigen Sparmassnahmen. Die Befürworterseite stellte hingegen die Vernachlässigung der Strasseninfrastruktur und die hohe Belastung durch Abgaben im Strassenverkehr in den Vordergrund. Der Minderheitsantrag Wobmann (svp, SO), der die Initiative zur Annahme empfehlen wollte, unterlag dem Mehrheitsantrag der Kommission schliesslich mit 97 zu 65 Stimmen bei 11 Enthaltungen. Für die Minderheit stimmte die geschlossene SVP-Fraktion und ein gutes Drittel der FDP-Fraktion. Die Hälfte der Mitglieder der FDP-Fraktion enthielt sich der Stimme oder entzog sich der Abstimmung. Während die Fraktionen von SP, Grünen und GLP geschlossen für den Mehrheitsantrag stimmten, taten dies die Fraktionen von CVP und BDP grossmehrheitlich.