Im Oktober 2020 wurde der Ergebnisbericht zur Vernehmlassung des indirekten Gegenvorschlags zur Organspende-Initiative, welche vom 13. September bis zum 13. Dezember 2019 gedauert hatte, veröffentlicht. Insgesamt hatten 81 Akteurinnen und Akteure Stellung genommen, wobei sich mit 53 von ihnen ein Grossteil der Vernehmlassungsteilnehmenden vollumfänglich oder grundsätzlich zustimmend zum Gegenvorschlag aussprachen. Zu ihnen gehörten 21 Kantone, die beiden Parteien GLP und GPS sowie dreissig Organisationen, darunter auch Swisstransplant, eine Unterstützerin der Volksinitiative. Explizit abgelehnt wurde die Vorlage von 16 Vernehmlassungsteilnehmenden. Als Gründe für die ablehnende Haltung wurden die Befürwortung der Volksinitiative (JU), des Erklärungsmodells (LU, CVP, EVP, CBCES, EKS, MERH_UZH, NEK) oder der parlamentarischen Initiative Nantermod (fdp, VS; pa.Iv. 18.443; FDP), aber auch die zu enge Zustimmungslösung (ÄPOL) und der Wunsch nach Beibehaltung der aktuell gültigen erweiterten Zustimmungslösung (HGS) aufgeführt. Weitere Argumente gegen den indirekten Gegenvorschlag liessen sich auf ethische Bedenken (SH, HLI, MIGUNIBE, SPO) oder auf die Forderung zurückführen, dass die Vorlage Teil eines Gesamtprojekts zur Einwilligung in der Gesundheits- und Humanforschung sein sollte (Privatim). Weder eine zustimmende noch eine ablehnende Haltung nahmen aus diversen Gründen zehn Vernehmlassungsteilnehmende ein (BL, TG, iEH2, SPS, BDP, SVP, GDK, insieme, SBK und SGG). Der SAV, santésuissse und der SSV verzichteten auf eine Stellungnahme.

Positiv aufgenommen wurde von der Mehrheit der Vernehmlassungsteilnehmenden die geplante Einbindung der Angehörigen. In diesem Zusammenhang kam denn auch mehrfach die Forderung auf, dass eine Organentnahme nur zulässig sein soll, wenn die Angehörigen erreicht werden können. Auch die gesetzliche Verankerung eines Registers wurde grösstenteils befürwortet, wobei verschiedene Änderungsvorschläge eingingen. Einer von ihnen bestand darin, dass neben der Dokumentation des Widerspruchs auch eine Zustimmung festgehalten werden können sollte. Von verschiedenen Seiten wurde zudem der Wunsch geäussert, dass der Stiftung Swisstransplant die Registerführung zukommen soll, weil sie bereits über ein Register verfüge. Ferner wurde der Information der Bevölkerung über das Widerspruchsmodell ein hoher Stellenwert beigemessen.

Ende August 2018 legte der Bundesrat seine Botschaft zur eidgenössischen Volksinitiative «Für mehr Transparenz in der Politikfinanzierung (Transparenz-Initiative)» vor. Obwohl Umfragen verschiedentlich gezeigt hatten, dass das Anliegen bei der Bevölkerung auf Sympathie stösst und die Juso mit zwei inhaltlich ähnlich gerichteten kantonalen Initiativen in den Kantonen Schwyz und Freiburg Erfolg gehabt hatte – was in der Presse als «Sensation» bezeichnet worden war, weil in beiden Kantonen sowohl Regierung als auch Parlament das Begehren abgelehnt hatten –, empfahl der Bundesrat die Initiative ohne Gegenvorschlag zur Ablehnung. Er argumentierte dabei ähnlich wie bei seinen Antworten auf die Kritik der GRECO an der Intransparenz der Politikfinanzierung in der Schweiz, dass nämlich Regeln zur Offenlegung von Parteispenden nicht mit dem politischen System der Schweiz vereinbar seien. Sie seien zudem auch deshalb nicht nötig, weil erstens die verschiedenen Institutionen der Machtteilung – Föderalismus, direkte Demokratie, Kollegialregierung, Milizsystem – verhinderten, dass Parteien einen zu grossen Einfluss ausüben könnten und zweitens Zweifel bestünden, dass Geld bei Abstimmungs- und Wahlkampagnen überhaupt eine entscheidende Rolle spiele. Der Bundesrat warnte zudem davor, dass die Regelungen hohe Kosten verursachen würden, da die Überprüfung und die Durchsetzung der Regeln wirksame Kontrollen benötigten. Die von der Initiative vorgesehenen Regelungen könnten zudem sehr einfach unterlaufen werden. In den Medien wurde auch die Rolle von Justizministerin Simonetta Sommaruga diskutiert, die die bundesrätliche Haltung in der Öffentlichkeit vertreten musste. Es stehe ihr ein unangenehmer Abstimmungskampf bevor, da die Partei der Magistratin für die Initiative kämpfe.

Nach dem Entscheid des Parlaments vom Vorjahr über die Belassung der umstrittenen Teilstücke im Nationalstrassennetz startete der VCS zusammen mit regionalen Komitees vier eidgenössische Volksinitiativen gegen den Bau und Betrieb von Autobahnen zwischen Murten und Yverdon (N 1), im Knonauer Amt (N 4), zwischen Biel und Solothurn (N 5) und im Jura (N 16). Diese sogenannten Kleeblatt-Initiativen wurden gesamtschweizerisch von der SPS, der GPS sowie verschiedenen Umweltschutzorganisationen unterstützt. Sie kamen in weniger als drei Monaten zustande. Da mit der Einreichung der vier Initiativen für die Fortsetzung der Bauarbeiten keine aufschiebende Wirkung erzielt werden kann, drängten die Initianten auf ein rasches Tempo bei der Behandlung der Volksbegehren. Eine von der LdU/EVP-Fraktion eingereichte Motion (Mo. 87.593) verlangte ebenfalls ein Moratorium im Autobahnbau bis zur Abstimmung über die Kleeblatt-Initiativen.

Indessen gingen die Planungsarbeiten für diese Teilstücke zum Teil forciert weiter, was namentlich die Regierungen der Westschweizer Kantone begrüssten. Der Bundesrat genehmigte das generelle Projekt Avenches - Murten/Löwenberg der N 1 und kam dabei mit der Raumplanung in Konflikt, da das neue Trassee nicht mehr mit den Richtplänen der Kantone Bern, Freiburg und Waadt übereinstimmt. Dies führte allein im Raum Murten zu über 100 Einsprachen. Der Kanton Jura protestierte mit aller Entschiedenheit gegen das Bestreben der Initianten nach einem autobahnfreien Jura und begrüsste die bundesrätliche Genehmigung der Pläne für die Transjurane, die vom Parlament 1984 als Ergänzung ins Nationalstrassennetz aufgenommen worden war. Die vom Kanton Solothurn nach der Ablehnung seiner Standesinitiative gewünschten Verbesserungen am Ausführungsprojekt des N 5-Abschnittes Biel - Solothurn wurden vom Bund weitgehend akzeptiert. Trotzdem blieb der Widerstand ungebrochen, und auch ein bisher unter Verschluss gehaltener Umweltverträglichkeitsbericht kam zum Schluss, dass die N 5 die Jurafuss-Gemeinden nicht wesentlich vom Verkehr entlasten würde.