Un référendum est lancé contre la modification de la loi sur la chasse. Pro Natura, le WWF Suisse, BirdLife Suisse, le groupe Loup Suisse et zoosuisse s'opposent, en effet, à la mouture élaborée durant de longs mois par le Parlement. Ces associations de protection de l'environnement dénoncent une révision de la loi qui permettra de faciliter l'abattage d'espèces protégées, telles que le loup, le castor ou encore, le héron cendré. Selon les référendaires, aucune mesure préventive contre d'éventuels dégâts ne devra être prise avant d'autoriser le tir de ces animaux. Les organisations critiquent également la possibilité offerte au Conseil fédéral d'élargir la liste des animaux protégés qui pourront être régulés, sans devoir passer par le Parlement. Finalement, les cantons se voient renforcés dans leur compétence en matière de protection des espèces, alors qu'auparavant, ils devaient passer par les autorités fédérales. Il y a donc la crainte que certains cantons se montrent trop radicaux et réduisent drastiquement certaines populations d'animaux vus comme nuisibles. Le référendum est soutenu par la Société forestière suisse, la protection suisse des animaux, le PS, les Verts ainsi que les Verts-libéraux. Les référendaires ont jusqu'au 16 janvier 2020 pour récolter les 50'000 signatures.

Le projet d’ordonnance sur la coexistence de cultures sans organismes génétiquement modifiés (OGM) et avec OGM, a été majoritairement critiqué lors de la procédure de consultation qui s’est terminée en début d’année. Concrètement, cette ordonnance vise à assurer la protection de la production sans OGM en présence de cultures d’OGM. Les détenteurs d’une licence pour ces dernières devraient ainsi respecter une distance minimale entre les deux types de cultures, afin qu’il n’y ait pas de « contagion » supérieure à 0,5% possible dans un champ sans OGM. Si le PRD s’est prononcé de manière favorable à l’ordonnance, le PS, les Verts, le WWF, Greenpeace et les associations de protection des consommateurs ont jugé celle-ci trop vague et pas assez contraignante. Voir ici, pour l'initiative populaire sur les OGM de l'année 2005.

L’Union suisse des paysans (USP) a vivement réagi aux propositions du gouvernement. Elle a jugé inacceptable la réduction des moyens financiers initialement prévus, tout comme le rythme et l’ampleur des réformes. Quant aux principaux partis politiques, si le PDC, le PS et le PRD ont estimé que le projet gouvernemental allait dans la bonne direction, l’UDC a critiqué celui-ci, estimant qu’il n’améliorait pas la compétitivité des paysans. Les démocrates du centre ont d’ailleurs pris position peu avant le début de la procédure de consultation sur ce projet dans un document stratégique. Dans le cadre des débats sur l’OMC et la PA 2011, ils n’ont pas réclamé une augmentation massive des paiements directs, mais un démantèlement des contraintes qui pèsent sur les producteurs, afin qu’ils puissent notamment développer des activités annexes. En outre, l’agriculture doit, selon l’UDC, concentrer son activité sur l’économie laitière, ainsi que sur la production de viande et de fruits et légumes.
Notons encore que l’ « Alliance agricole », plateforme qui regroupe une quinzaine d’associations paysannes, écologistes et de défense des consommateurs (dont Bio Suisse, Uniterre, Pro Natura et le WWF Suisse) s’est mobilisée en faveur des paiements directs. Elle a notamment demandé leur maintien dans la PA 2011