Im Vorfeld der Abstimmung über die Volksinitiative „Für den geordneten Ausstieg aus der Atomenergie“ (Atomausstiegs-Initiative) gerieten sich der Schweizerische Gewerbeverband (SGV) und die Grüne Partei in die Haare. Der SGV verbreitete über Twitter eine provokative Fotomontage, die den Grünen-Nationalrat Bastien Girod (ZH) als Terroristen mit Turban und Panzerfaust zeigte; darunter stand: „Anschlag der Grünen auf die Schweiz“. Die Grüne Partei verurteilte die „inakzeptable Diffamierung“ in einem offenen Brief an die Verbandsspitze des Schweizerischen Gewerbeverbands. Die Darstellung Girods als Terrorist sei „ehrverletzend, primitiv und ausserhalb jeder politischen Rationalität“, hiess es im Brief, der von sämtlichen Vorstandsmitgliedern der Grünen Partei mit Ausnahme Girods unterzeichnet worden war. Auslöser war Girods Veröffentlichung eines Kampagnenvideos der Grünen Partei, das die Schweizer Atomkraftwerke als mögliches Ziel von Terroristen darstellte und etwa von SVP-Nationalrat Thomas Hurter als „pure Angstmacherei“ kritisiert worden war. Es war nicht das erste Mal, dass die Kampagnenführung des SGV unter Direktor Hans-Ulrich Bigler in Kritik geriet. Bereits 2015 machte der Gewerbeverband mit einer aggressiven und als gehässig aufgefassten Kampagne gegen die RTVG-Vorlage auf sich aufmerksam.

Die SVP verstärkte zu Jahresbeginn ihre Kritik an der Politik des Schweizerischen Gewerbeverbandes (SGV). Unmittelbar vor einer Aussprache zwischen der SGV-Spitze und gewerbenahen SVP-Politikern warf sie in ihrem Pressedienst dem Verbandspräsidenten Edi Engelberger (fdp, NW) vor, die Interessen des Gewerbes namentlich in Fragen der Sozialpolitik und der Wettbewerbspolitik nicht gut vertreten, wenn nicht gar verraten zu haben und generell zu kompromissbereit aufzutreten. Grundsätzlich werde die Ausrichtung des SGV zu sehr von Politikern der FDP und der CVP bestimmt. Mit ihrem Nationalrat Jean-François Rime (FR) brachte die SVP auch einen möglichen Gegenkandidaten für die Präsidentenwahl vom Frühjahr ins Gespräch. Für den Fall, dass der SGV nicht auf die Forderungen der SVP eingehe, drohte Nationalrat Füglistaller (svp, AG) mit der Gründung einer Konkurrenzorganisation. Der SGV gab der SVP in Bezug auf die personelle Untervertretung in seinen Organen recht. Zu diesem Zeitpunkt gehörte nur eines der elf Vorstandsmitglieder der SVP an. Er machte aber die SVP dafür mitverantwortlich, da sich ihre Vertreter zu wenig in den Branchenverbänden engagieren würden. Die Kritik an seiner Politik wies der SGV jedoch energisch zurück. Nach der Aussprache mit den SVP-Vertretern konzedierte die Verbandsleitung, dass die SVP im Vorstand des SGV besser vertreten sein sollte. Zudem einigte man sich auch darauf, dass die SVP die Wiederwahl des 68-jährigen Präsidenten Engelberger nicht bekämpft, dass er aber 2010 vorzeitig von seinem Amt zurücktreten wird. Da die letzten drei Präsidenten aus der FDP und CVP stammten, soll nach Aussage Engelbergers dann jemand von der SVP zum Zuge kommen. Nicht einverstanden mit diesen personalpolitischen Absprachen zeigte sich die CVP. Sie monierte ebenfalls eine Untervertretung und kritisierte zudem die wirtschafts- und gewerbefeindliche Politik der SVP im Zusammenhang mit der Personenfreizügigkeit. Der Gewerbekongress vom 30. Mai in Freiburg bestätigte Engelberger in seinem Amt bis 2010. In den von elf auf dreizehn Mitglieder erweiterten Vorstand wurden sechs Neue gewählt, davon vier Bundesparlamentarier. Zwei von diesen gehören der SVP, je einer der CVP und der FDP an.