Nicht alle Parlamentarier der CVP waren einverstanden mit der Strategie der Parteispitze, bei den Bundesratsersatzwahlen den frei werdenden FDP-Bundesratssitz nicht anzugreifen. Nachdem die Kampfkandidatur Schwaller für die Nachfolge von Bundesrat Couchepin im Jahr 2009 gescheitert war, wollte man sich nicht auf eine neuerliche Herausforderung der FDP einlassen. Da Ständerat Bruno Frick (SZ) befürchtete, dass mit der Wahl von Schneider-Ammann der CVP auf längere Zeit die erneute Besetzung eines zweiten Sitzes verwehrt bleiben wird, schlug er eine Fusion mit der BDP vor. Eine Idee, die bei diversen Exponenten seiner Partei durchaus Beachtung fand.

Am 16. September wählte die Vereinigte Bundesversammlung den Nachfolger von Pascal Couchepin. Es standen sich die beiden Kandidaten der FDP-Fraktion, Didier Burkhalter und Christian Lüscher und der Kandidat der CVP, Urs Schwaller, gegenüber. Die SP und die GP unterstützten Schwaller, wobei eine Minderheit der SP erklärte, aus gesellschafts- und aussenpolitischen Gründen Burkhalter zu bevorzugen. Die SVP sprach sich für Lüscher aus und die BDP für beide Freisinnige. Im ersten Wahlgang lag Schwaller mit 79 Stimmen vor Lüscher mit 73 und Burkhalter mit 58; der Tessiner freisinnige Ständerat Dick Marty erhielt 34 Stimmen. Für den linksliberalen Marty hatten sich unter anderem Repräsentanten der SP und die Tessiner Grünen ausgesprochen. Im zweiten Wahlgang konnte Schwaller auf Kosten von Marty auf 89 Stimmen zulegen, Lüscher und Burkhalter kamen auf je 72. In der dritten Runde kam Schwaller auf 95 Stimmen und Burkhalter überholte mit 80 Stimmen Lüscher (63), worauf sich letzterer zugunsten von Burkhalter zurückzog. Im vierten Wahlgang fiel die Entscheidung: Bei einem absoluten Mehr von 120 wählte das Parlament mit 129 Stimmen Didier Burkhalter zum neuen Bundesrat; Schwaller hatte 106 und Lüscher 4 Stimmen erhalten. Da kein anderes Regierungsmitglied Wechselgelüste hatte, übernahm der 49jährige Burkhalter von Couchepin das EDI.