Im Berichtsjahr war der Zusammenschluss der beiden Basel ein präsentes Thema und die Chancen und Risiken für eine Vereinigung wurden wissenschaftlich geprüft. Als Folge dieser Studien bildete sich als Gegenbewegung ein Komitee „Baselland bleibt selbständig“ . Die SVP war in dieser Frage gespalten. Während bereits ein Zusammenschluss auf dem Papier, in Form eines Modells, für die Baselbieter SVP zu viel des Guten war, wollte die baselstädtische SVP zumindest die dadurch entstehenden Synergien prüfen. Im Herbst des Berichtsjahres lancierten die Grünen eine Volksinitiative zur „Wiedervereinigung beider Basel“. Diese wurde vor allem von der CVP heftig kritisiert.

In der Nordwestschweiz lancierten vier kantonale Parlamentarier aus Basel-Stadt, Basel-Land, Aargau und Solothurn die Idee eines neuen Kantons, der die beiden Basel, das aargauische Fricktal und die solothurnischen Bezirke Dorneck und Thierstein umfassen soll. In Basel-Stadt fand der Vorschlag eine gute Aufnahme: mehr als die Hälfte der Mitglieder des Grossen Rates unterzeichneten eine Motion, welche von der Regierung die Einleitung entsprechender Schritte verlangt. Diese zeigte sich allerdings sehr zurückhaltend und meinte, der Anstoss dazu müsste von den anderen involvierten Kantonen ausgehen. Sie schlug vor, den Vorstoss als Postulat zu überweisen und damit die grundsätzliche Bereitschaft zu einer Fusion anzuzeigen, ohne aber selbst dazu die Initiative zu ergreifen. Der Grosse Rat schloss sich dieser Meinung an. Die Regierungen der drei anderen Kantone sprachen sich gegen entsprechende, von Vertretern der Grünen eingereichte Motionen aus und empfahlen, die kantonale und grenzüberschreitende Zusammenarbeit auszubauen. In den Parlamenten dieser Kantone wurden die Vorstösse mit sehr deutlichen Mehrheiten abgelehnt.

Obwohl die politischen Aufgaben unbestrittenermassen immer komplexer werden und vor allem die kleinen Kantone manchmal an die Grenzen ihrer Problemlösungskapazitäten stossen, sieht eine Mehrheit des Nationalrats noch keinen Grund, die bestehenden Kantonsstrukturen durch neue, grössere politische Einheiten (Regionen) zu ersetzen. Ein Postulat Jutzet (sp, FR) (98.3402), das vom Bundesrat entsprechende Vorschläge verlangt hatte, fand zwar bei der Linken Unterstützung, wurde jedoch auf Antrag des Bundesrats mit 62:49 Stimmen abgelehnt. Die Landesregierung machte in ihrer Begründung nicht nur auf die noch ausbaubaren Instrumente überkantonaler Zusammenarbeit aufmerksam, sondern vertrat auch den Standpunkt, dass die Initiative zu einer derart eingreifenden Reform nicht vom Bund, sondern von den Kantonen aus kommen müsste.
Die Idee einer Ersetzung der Kantone durch grossräumigere politische Einheiten fand insbesondere bei den Grünen Anklang. Das vom Parteivorstand propagierte Projekt, dazu noch 1999 eine Volksinitiative zu lancieren, wurde allerdings von der Parteibasis nur lauwarm begrüsst. Die Delegiertenversammlung unterstützte die Idee zwar grundsätzlich, war aber für ein langsameres Vorgehen. Sie beschloss, das Thema vorerst von einer bereits bestehenden parteiinternen Arbeitsgruppe begutachten zu lassen. Im Nationalrat reichte die grüne Fraktion eine parlamentarische Initiative für die Ersetzung der Kantone durch sechs bis zwölf Grossregionen ein.
Etwas konkreter wurden derartige Bestrebungen in der Westschweiz. Die im Vorjahr angekündigte kantonale Volksinitiative für eine Fusion der Kantone Genf und Waadt wurde vorerst in der Waadt lanciert und mit rund 13'500 Unterschriften eingereicht. In Genf soll die Unterschriftensammlung im Frühjahr 2000 stattfinden.