Nach Ruth Genners Rücktritt als Parteipräsidentin stand zu Beginn des Jahres die Regelung der Nachfolge für das Präsidium an. Ueli Leuenberger (NR GE), Vizepräsident der Grünen, meldete sein Interesse an. Er wollte sich allerdings nur als alleiniger Präsident und nicht für ein Ko-Präsidium zur Verfügung stellen. Konkurrenz erwuchs ihm durch Franziska Teuscher (NR BE), die umgekehrt nur für ein Ko-Präsidium kandidierte. Die abtretende Genner hatte sich explizit ein Ko-Präsidium mit einer Frau und einem Mann gewünscht. In der Grünen Partei, welche die Frauenvertretung in der Parteileitung stets als wichtiges Anliegen gesehen hatte, wurde heiss diskutiert, ob ein Mann als alleiniger Präsident denkbar sei. Leuenberger konnte sich letztlich durchsetzen, die Findungskommission empfahl ihn als neuen Präsidenten und der Vorstand der Grünen schloss sich dieser Meinung an. Teuscher zog ihre Kandidatur zurück und stellte sich als Vizepräsidentin zur Verfügung.

Die Grünen machten nach den Wahlen ihren Anspruch geltend, bei der Besetzung des Nationalratspräsidiums berücksichtigt zu werden. Die Bundesratsparteien wechselten sich bisher bei diesem Amt einem Turnus folgend ab. Um im Jahr 2010 an die Reihe zu kommen, stellten die Grünen mit Maya Graf (BL) eine Kandidatin für das zweite Vizepräsidium des Nationalrates auf. Die SP hätte, um den Anspruch der Grünen zu erfüllen, auf das Präsidium im Jahr 2010 verzichten müssen. Die Grünen konnten sich schliesslich mit ihrer Kampfkandidatur für das zweite Vizepräsidium nicht durchsetzen. Auch bei den Kommissionspräsidien wurden die Grünen kaum berücksichtigt.

An ihrer Delegiertenversammlung Anfang Dezember sprachen sich die Grünen mit 132 zu 14 Stimmen bei 4 Enthaltungen dafür aus, einen Sitz im Bundesrat anzustreben. Zu reden gab, ob die Grünen bei den anstehenden Bundesratswahlen gegen Bundesrat Blocher kandidieren sollten. Dies wurde mit 115 zu 34 Stimmen bei 4 Enthaltungen bejaht. Eine Minderheit argumentierte, die Grünen sollten sich an die arithmetische Konkordanz halten und auf das Freiwerden eines freisinnigen Sitzes warten. Als Kandidat der Grünen für den Bundesrat wurde der Waadtländer Ständerat Luc Recordon aufgestellt. Dieser erklärte, er wolle mit seiner Kandidatur eine Alternative zu Blochers Politik anbieten. Er sei bereit, sich zurückzuziehen, wenn ein gemässigter bürgerlicher Kandidat zur Wahl antrete. Weitere Themen der Delegiertenversammlung waren die Unternehmenssteuerreform II, zu der die Nein-Parole beschlossen wurde und die Initiative gegen Kampfjetlärm in Tourismusgebieten, welche die Delegierten befürworteten.

Nach den für die Grünen sehr erfolgreich verlaufenen Wahlen (7 Sitzgewinne im Nationalrat und 2,2 Prozentpunkte mehr Wähleranteil als 2003) trat Parteipräsidentin Ruth Genner (ZH) aufgrund der Amtszeitbeschränkung zurück. Genner war seit 2001 in der Parteileitung gewesen, zunächst als Co-Präsidentin, dann als alleinige Präsidentin. Der Vizepräsident der Grünen, Ueli Leuenberger (GE), zeigte Interesse an Genners Nachfolge. Als weitere mögliche Kandidatinnen galten Franziska Teuscher (BE) und Maya Graf (BL). Genner sprach sich für ein Co-Präsidium mit einem Mann und einer Frau aus, während Leuenberger ein System mit Präsidium und Vizepräsidium favorisierte.

In den Kantonen Schwyz und Graubünden wurden 2007 neue grüne Kantonalparteien gegründet. Nur noch die Kantone Obwalden und Appenzell Innerrhoden bleiben damit ohne Grüne Partei. An der Delegiertenversammlung der Grünen im August in Neuenburg erhielten die neuen kantonalen Sektionen den Beobachterstatus. Die Delegierten befassten sich zudem mit einer Resolution für einen ökologischen Umbau der Wirtschaft. Sie setzten dabei sechs Prioritäten: eine ökologische Steuerreform, höhere Umweltstandards, Förderung technischer Innovation, Anreize für Unternehmen, Einbezug der Konsumenten und internationales ökologisches Engagement der Schweiz. Der Entscheid über die Unterstützung eines Referendums gegen die Agrarpolitik 2010 wurde an den Parteivorstand delegiert (der ein Referendum später ablehnte).

Die wichtigsten Umweltschutzverbände lancierten zusammen mit der SP und der GP im Juli eine Volksinitiative „Raum für Mensch und Natur (Landschaftsinitiative)“, welche einen haushälterischeren Umgang mit dem Boden und dabei insbesondere ein Verbot der Ausdehnung der Bauzonen verlangt.

An ihrer Delegiertenversammlung Ende Januar in Luzern diskutierte und verabschiedete die Grüne Partei ihre Wahlplattform. Im Bereich Umweltpolitik waren zentrale Forderungen der Grünen der Ausstieg aus der Atomenergie, eine reduzierte Abhängigkeit von fossilen Brennstoffen und eine starke Reduktion des CO2-Ausstosses. Um diese Ziele zu erreichen, brauche es Lenkungsabgaben und eine Verbesserung der Energieeffizienz. Die Grünen verlangten auch eine weitere Förderung des öffentlichen Verkehrs, eine Erhöhung der Schwerverkehrsabgabe und die Einführung einer Filterpflicht für Dieselfahrzeuge. Die Wahlplattform enthielt zudem einen neuen wirtschaftspolitischen Abschnitt. Dieser war von Daniel Lampart, Chefökonom des Schweizerischen Gewerkschaftsbundes, verfasst worden. Gefordert wurde im wirtschaftspolitischen Kapitel vor allem eine Entkoppelung von Wachstum und Ressourcenverbrauch, wozu es eine ökologische Steuerreform brauche. Im steuerpolitischen Bereich verlangten die Grünen eine nationale Erbschaftssteuer sowie eine Besteuerung von Kapitalgewinnen und Devisentransaktionen. Was die Sozialpolitik betrifft, setzte sich die Grüne Partei für mehr Lehrstellen, verbesserte Arbeitsbedingungen für Zuwanderer, einen Mindestlohn von 3500 Fr. und für einkommensabhängige Prämien in der Krankenversicherung ein. Unter dem Titel „weltweite Gerechtigkeit“ forderten die Grünen die Ausdehnung der Personenfreizügigkeit von der EU auf alle Länder weltweit. In der Europapolitik lautete die Position der Grünen „Ja zu einem EU-Beitritt, aber nicht zu jedem Preis“. Mit ihrer Wahlplattform positionierte sich die Grüne Partei klar links. Die Delegiertenversammlung fasste zudem den Entscheid, die Initiative „Für menschenfreundlichere Fahrzeuge“ (Stopp-Offroader-Initiative) der Jungen Grünen zu unterstützen. Zur Initiative für eine Einheitskrankenkasse, welche die Grünen mitlanciert hatten, wurde mit 107 zu 10 Stimmen bei 9 Enthaltungen die Ja-Parole beschlossen. Die Zuger Alternativen erhielten von den Delegierten den Beobachterstatus bei der Grünen Partei Schweiz zugesprochen.

In den kantonalen Parlamentswahlen mussten die Grünen lediglich in Glarus zwei Sitze abgeben. In Bern vergrösserten sie ihre Fraktion im verkleinerten Parlament um vier, in Freiburg um zwei Abgeordnete. Im Jura machten sie zwei Sitze und zogen damit zum ersten Mal ins Parlament ein. Die kontinuierliche Stärke des 2005 der GP beigetretenen Demokratischen Nidwalden (7 Sitze) trug ebenfalls zum Erfolg grüner Parlamentsvertretungen in den Kantonen bei. Insgesamt konnten sich die Grünen um 6 Sitze verstärken. Wie im Vorjahr konnten die Grünen ihre Präsenz in den kantonalen Regierungen vermehren. In Bern, wo die GP bereits 1986-1990 in der Regierung vertreten war, gelang Bernhard Pulver der Einzug in den Regierungsrat. In Zug gewann die grüne Alternative Liste (sie hat im Berichtsjahr bei der GP ein Beitrittsgesuch eingereicht) auf Kosten der SP einen zweiten Sitz in der Exekutive, und das Demokratische Nidwalden vermochte seinen Sitz in der Regierung zu verteidigen.

Anfang Oktober reichten die Grünen beim Büro des Nationalrats einen Antrag ein, der ihnen ermöglichen soll, 2009/2010 das Präsidium des Nationalrats zu übernehmen. Demnach sollte alle acht Jahre eine Partei die Präsidentschaft übernehmen können, die nicht im Bundesrat vertreten ist.

Auf der Delegiertenversammlung im März in Bern erteilte Parteipräsidentin Ruth Genner (ZH) einer eventuellen Beteiligung der GP an einer Regierung mit Christoph Blocher eine deutliche Absage. Genner sah einen grünen Sitz im Bundesrat nicht als primäres Ziel für die Wahlen 2007 an; vorrangig sei vielmehr, die Parlamentsvertretung der Grünen weiter zu stärken. Im Zentrum der Versammlung standen umweltpolitische Themen. Die Delegierten forderten von der Parteileitung die Vorbereitung einer Klimainitiative, da das Projekt einer CO2-Steuer wenig Realisierungschancen besitze. Des Weiteren bekräftigten sie ihre Forderung nach einem schnellen Ausstieg aus der Atomkraft. Schliesslich gaben die Delegierten mit 79:5 Stimmen bei 7 Enthaltungen die Ja-Parole für den Bildungsartikel heraus.

Bei einer Sitzung im Mai beschloss der Vorstand der Grünen die Unterstützung von zwei Volksinitiativen: für ein Verbot von Kriegsmaterialexporten, lanciert von der Gruppe für eine Schweiz ohne Armee (GSoA), ebenso wie für einen Tierschutzanwalt, lanciert vom Schweizer Tierschutz. Ebenfalls erteilte der Vorstand der geplanten Klima-Initiative präzisere Konturen.

Auf der Versammlung in Lausanne im Juni lehnten die Delegierten einstimmig die Asyl- und Ausländergesetze ab. Vizepräsident Ueli Leuenberger bezeichnete die Gesetze als eine Form der Abschaffung des Asylrechts. Sie brächten nicht die angeblichen Lösungen, sondern neue Probleme wie die Abdrängung von Asylsuchenden in die Illegalität.
Kontroverser wurde die linke Kosa-Initiative diskutiert. Der Waadtländer Grossrat Philippe Martinet bemängelte, dass die Zuführung von Nationalbankgewinnen kein Gesamtkonzept sei, um der AHV auf lange Sicht zu helfen, und regte stattdessen die Investition dieser Gewinne in zukunftsträchtige Projekte im Umweltschutzbereich an. Präsidentin Ruth Genner hingegen betonte den sozialen Aspekt der AHV und die Notwendigkeit ihrer guten finanziellen Ausstattung, um weitere Abbaupläne der bürgerlichen Parteien zu verhindern. Schliesslich unterstützte die Mehrheit der Abgeordneten die Initiative.

Anfang April erklärte der Parteivorstand in einem Grundsatzentscheid die Bereitschaft der Grünen zur Übernahme von Regierungsverantwortung auch auf Bundesebene. Vize-Präsident Ueli Leuenberger (GE) nannte die grüne Regierungsverantwortung in 5 Kantonen [45] (BS, GE, NE, NW und VD) als Beleg für die notwendige Erfahrung und Reife seiner Partei. Zugleich schränkte Leuenberger ein, dass die Art der Partner und deren Offenheit für das grüne Programm als Bedingungen für eine Zusammenarbeit verstanden werden müsse. Damit bewegten sich die Grünen weg vom Selbstverständnis als reine Oppositionspartei, aber das einstimmige Votum des Vorstands war innerhalb der Partei umstritten.

Im Januar kam es zu einer weiteren Spaltung der Grünen auf kommunaler Ebene: Die Grünliberalen der Stadt St. Gallen lösten sich von der grünen Mutterpartei.

Ende Jahr ergriffen die Grünen das Referendum gegen das neue Asyl- und das Ausländergesetz; sie bezeichneten beide Vorlagen als fremdenfeindlich.

Zu Beginn der Wintersession übernahm die Berner Nationalrätin Therese Frösch das Fraktionspräsidium der Grünen. Die 2003 ins Parlament gewählte frühere Stadtberner Gemeinderätin (Exekutive) löste die Luzerner Nationalrätin Cécile Bühlmann ab, welche die Bundeshausfraktion zwölf Jahre lang geleitet hatte und im Frühjahr 2006 auch aus dem Nationalrat ausscheiden wird. Neue Vizefraktionschefin wurde Anne-Catherine Menétrey-Savary (VD) an Stelle von Pia Hollenstein (SG). Das Nationalratspräsidium, das die Grünen nach bald zwanzigjähriger Präsenz in der Bundesversammlung anstrebten, wurde ihnen in der Wintersession verwehrt.

Im Herbst gaben die Delegierten der GP in Stans (NW) einstimmig die Ja-Parole zum von ihnen mit lancierten Gentech-Moratorium in der Landwirtschaft heraus. Parteipräsidentin Ruth Genner (ZH) äusserte die Hoffnung, das erstmalige Bündnis mit dem schweizerischen Bauernverband bilde den Anfang einer erfolgreichen ökologischen Ausrichtung der schweizerischen Landwirtschaftspolitik. Mit 82:7 Stimmen bei zehn Enthaltungen empfahlen die Grünen nach engagierter Diskussion die Liberalisierung der Ladenöffnungszeiten in Bahnhöfen zur Ablehnung. In einer Resolution forderten sie Bundesrat und Parlament auf, die Lex Koller nicht aufzuheben, ohne Schutzmassnahmen zu ergreifen; die Möglichkeit für Personen mit Wohnsitz im Ausland, uneingeschränkt Grundstücke zu erwerben, werde zu einer starken Zunahme von Wochenendhäusern und Zweitwohnungen führen, was sich katastrophal auf die Landwirtschaft, die Umwelt und die Wirtschaft in den Tourismusregionen auswirke.

Im August befürworteten die Grünen mit 102:1 Stimmen die Ausweitung der Personenfreizügigkeit auf die neuen EU-Länder. In einer Resolution forderten sie den Bundesrat auf, unverzüglich einen „Plan Wahlen“ für die Energie aufzustellen, um die künftige autonome Versorgung der Schweiz basierend auf erneuerbaren Energien sicherzustellen. Konkret sehen die bereits im Mai vorgestellten „Energieperspektiven 2050“ eine 2000-Watt-Gesellschaft vor, wonach die Schweiz ihren Verbrauch bis 2050 pro Kopf und Jahr auf 17'500 Kilowattstunden resp. 2000 Watt senken soll, was einem Drittel des heutigen Konsums und dem heutigen Weltdurchschnitt entspricht. Diese Menge sei zu 100% aus erneuerbaren Energien zu produzieren – heute decken diese vor allem aus Wasserkraft und Holz gewonnenen Energieträger nur 20% des Verbrauchs. In einer zweiten Resolution sprachen sich die Grünen für eine Unterstützung der Volksinitiative „Rettet den Schweizer Wald“ der Vereinigung Helvetia Nostra aus, die sich gegen die vom Bundesrat vorgeschlagene Teilrevision des Waldgesetzes richtet.

Weil ihnen die Grünen zu weit links stehen, zogen die aus der Zürcher GP ausgetretenen Grün-Liberalen Zürich (GLiZ) ihr Beitrittsgesuch bei der GP Schweiz zurück und beschlossen den Alleingang. Im Nationalrat hatte sich der Grünliberale Martin Bäumle (ZH) nach seinem Ausschluss aus der Grünen Fraktion um die Aufnahme in die EVP-EDU-Fraktion bemüht, welche jedoch nicht zustande gekommen war – im Gegensatz zum Zürcher Kantonsrat, wo die beiden GLiZ-Vertreter der EVP-Fraktion genehm sind.

Anfang Januar bestätigten die Grünen an ihrer Delegiertenversammlung in Biel Ruth Genner(ZH) als Parteipräsidentin für die nächsten zwei Jahre. Der bisherige Co-Präsident Patrice Mugny (GE) hatte seinen Rücktritt bekannt gegeben, nachdem er im vergangenen Jahr in die Genfer Regierung gewählt worden war. Der Genfer Nationalrat Ueli Leuenberger (GE) wurde zum neuen Vizepräsidenten gewählt. Die Grünen beabsichtigen, am Ende der Legislaturperiode in allen Schweizer Kantonen grüne Parteien zu haben, auch in den beiden Appenzell, in Graubünden und in Schwyz, wo sie noch nicht vertreten sind. Die drei Vorlagen vom 8. Februar empfahl die GP zur Ablehnung.

In den kantonalen Parlamentswahlen legten die Grünen gemessen an ihrer bisherigen Stärke am meisten von allen Parteien zu; sie konnten ihre Vertretung von 25 auf 47 Sitze nahezu verdoppeln. Allein in Basel-Stadt eroberten sie neun zusätzliche Mandate, in St. Gallen sieben, im Thurgau fünf und in Uri eines. In Basel-Stadt schaffte Guy Morin den Sprung in die Exekutive, während in Schaffhausen Herbert Bühl aus der Regierung ausschied.

Im November lehnten die vier Bundesratsparteien es ab, den Grünen das Nationalratspräsidium zu überlassen. Damit brachen sie mit einem alten Entscheid, alle zwölf Jahre einer kleinen Nichtregierungspartei den Vorsitz der grossen Kammer abzutreten. Früher hatte jeweils die SVP als ehemals kleinste Partei auf den Vorsitz verzichtet. Dazu war die jetzt kleinste Partei, die CVP, nicht bereit.

Mit einem „Sozialpolitischen Manifest aus grüner und urbaner Sicht“ wollten die vier grünen städtischen Sozialvorsteher Therese Frösch (Bern), Ruedi Meier (Luzern), Thomas Feurer (Schaffhausen) und Monika Stocker (Zürich) die Diskussion um die Lösung der sozialpolitischen Probleme neu anstossen. In den Städten sei der Druck am grössten und der Handlungsbedarf am dringlichsten. Als Grundlage für das Zusammenleben forderten sie Integration statt Sozialhilfe und Renten sowie mehr Sicherheit und Lebensqualität im Alter.

Mit 82:8 Stimmen beschlossen die Grünen in Sitten (VS) die Nein-Parole zum Stammzellenforschungsgesetz; sie hatten bereits das Referendum unterstützt. Mit 61:28 Stimmen lehnten die Delegierten auch die NFA ab; sie befürchteten, die Vorlage führe zu einem Sozialabbau. Gegen den Antrag des Vorstandes, der die Mehrwertsteuer teilweise durch eine ökologische Steuerreform ersetzen wollte, folgten die Grünen schliesslich ihrer Bundeshausfraktion und gaben mit 76:23 Stimmen die Ja-Parole zur neuen Finanzordnung heraus. Abschliessend verabschiedeten sie eine Resolution für ein zehnjähriges Atomkraftwerk-Moratorium.

Nach eingehender Diskussion sprach sich die Delegiertenversammlung in Winterthur (ZH) Ende August mit 82:26 Ja bei 6 Enthaltungen deutlich für die Abkommen von Schengen und Dublin aus. Das Schengener Abkommen sei zwar Instrument einer repressiven Migrations- und Asylpolitik, jedoch angesichts von Bundesrat Blochers Asylpolitik das geringere Übel. Die anderen Abkommen im Rahmen der Bilateralen II hiessen die Grünen einstimmig gut (108 Ja, 4 Enthaltungen). Zu allen vier Vorlagen vom 26. September gaben sie die Ja-Parole heraus, zum Mutterschaftsurlaub und zu den beiden Einbürgerungsvorlagen einstimmig, zur Post-Initiative mit einer Gegenstimme.