Mit der Wahl von Antonio Hodgers in den Genfer Staatsrat musste das Amt des Bundeshausfraktionspräsidenten neu besetzt werden. Drei der 15 National- und zwei Ständeräte kündigten eine Kandidatur für den Posten an: die 2013 amtierende Nationalratspräsidentin Maya Graf (BL), der seit 2011 im Nationalrat sitzende Balthasar Glättli (ZH) sowie Nationalrat Daniel Vischer (ZH), der von 1999 bis 2003 bereits die grüne Fraktion im Zürcher Kantonsrat präsidiert hatte. Die Fraktion entschied sich Ende November für Glättli, der sich vor allem hinsichtlich Netzpolitik, Datenschutz und Persönlichkeitsrechten einen Namen gemacht hat.

Formsache war die Wiederwahl des Fraktionspräsidenten der GP. Der Genfer Nationalrat Antonio Hodgers, der das Amt 2010 von Maya Graf (BL) übernommen hatte, wurde Ende Februar im Amt bestätigt. Auch das Vizefraktionspräsidium, bestehend aus dem Ständerat Luc Recordon (VD) und der Nationalrätin Yvonne Gilli (SG) wurde wiedergewählt.

Mit ihrer Wahl zur zweiten Vizepräsidentin im Nationalrat gab Maya Graf (BL) ihr Amt als Fraktionschefin ab. Geht alles seinen normalen Gang und wird Graf 2011 wiedergewählt, so dürfte sie 2013 als erste grüne Parlamentarierin die formell höchste Schweizerin werden. Nachfolgerin von Graf als Fraktionschef der Grünen wurde der Genfer Nationalrat Antonio Hodgers. Brigit Wyss (SO) und Luc Recordon (VD) übernahmen gemeinsam das Vizepräsidium.

Im Februar trat Nationalrätin Therese Frösch (BE) als Präsidentin der Bundeshausfraktion der Grünen zurück. Zu ihrer Nachfolgerin wurde Maya Graf (BL) gewählt, die zu den amtsältesten grünen Parlamentsmitgliedern gehört.

Die Grünen machten nach den Wahlen ihren Anspruch geltend, bei der Besetzung des Nationalratspräsidiums berücksichtigt zu werden. Die Bundesratsparteien wechselten sich bisher bei diesem Amt einem Turnus folgend ab. Um im Jahr 2010 an die Reihe zu kommen, stellten die Grünen mit Maya Graf (BL) eine Kandidatin für das zweite Vizepräsidium des Nationalrates auf. Die SP hätte, um den Anspruch der Grünen zu erfüllen, auf das Präsidium im Jahr 2010 verzichten müssen. Die Grünen konnten sich schliesslich mit ihrer Kampfkandidatur für das zweite Vizepräsidium nicht durchsetzen. Auch bei den Kommissionspräsidien wurden die Grünen kaum berücksichtigt.

Nach den für die Grünen sehr erfolgreich verlaufenen Wahlen (7 Sitzgewinne im Nationalrat und 2,2 Prozentpunkte mehr Wähleranteil als 2003) trat Parteipräsidentin Ruth Genner (ZH) aufgrund der Amtszeitbeschränkung zurück. Genner war seit 2001 in der Parteileitung gewesen, zunächst als Co-Präsidentin, dann als alleinige Präsidentin. Der Vizepräsident der Grünen, Ueli Leuenberger (GE), zeigte Interesse an Genners Nachfolge. Als weitere mögliche Kandidatinnen galten Franziska Teuscher (BE) und Maya Graf (BL). Genner sprach sich für ein Co-Präsidium mit einem Mann und einer Frau aus, während Leuenberger ein System mit Präsidium und Vizepräsidium favorisierte.