Nachdem die SPK-NR entschieden hatte, der Vorlage keine Folge zu geben, beugte sich der Nationalrat in der Sommersession 2022 über die parlamentarische Initiative der Grünen Fraktion, die forderte, dass es Kantonen und Gemeinden ermöglicht werden soll, auf eigene Initiative hin zusätzliche Flüchtlingsgruppen aufzunehmen. Der Minderheitensprecher Balthasar Glättli (gp, ZH) argumentierte für das Anliegen seiner Fraktion, dass es keinen guten Grund gäbe, wieso der Schweizer Föderalismus nicht dazu genutzt werden solle, die Asylpolitik der Schweiz menschlicher und offener zu gestalten. Laut Marianne Binder-Keller (mitte, AG) stünde der vorgeschlagene Mechanismus im Verständnis der Kommissionsmehrheit aber im «Widerspruch zum aktuellen System», welches darauf aufbaue, dass «die Lasten» gemeinsam, statt von einzelnen Gemeinden, getragen würden.
Der Nationalrat entschied mit 119 zu 70 Stimmen, dem Anliegen der Grünen Fraktion keine Folge zu geben. Für die Vorlage sprachen sich lediglich die beiden geschlossen stimmenden Fraktionen der SP und der Grünen sowie die drei Nationalratsmitglieder der EVP aus. Damit blieb der Nationalrat seiner Stellung zu diesem Thema treu – so hatte er bereits eine Woche zuvor einer Standesinitiative aus dem Kanton Basel-Stadt keine Folge gegeben, die eine ähnliche Änderung im Asylwesen gefordert hatte.

Eine parlamentarische Initiative der Grünen Fraktion wollte es Kantonen und Gemeinden ermöglichen, auf eigene Initiative hin zusätzliche Flüchtlingsgruppen aufzunehmen, sofern sie sich zur Übernahme der ansonsten bei Kontingentsflüchtlingen beim Bund anfallenden Kosten bereit erklären und die Unterbringung der Flüchtlinge sicherstellen können. In ihrer Begründung betonten die Initiantinnen und Initianten, dass dieser Wille bei gewissen Kantonen und Gemeinden bestehe und dass es «weder aus humanitärer Sicht noch aus föderalistischer Logik Sinn [mache]», sie daran zu hindern. Ein Kanton, der sich in diesen Belangen engagierte, war etwa der Kanton Basel-Stadt, der diesen Willen nicht zuletzt in einer eigenen Standesinitiative mit ähnlicher Forderung bekräftigte. Im Frühjahr 2022 beschloss die SPK-NR, weder der Standesinitiative noch der parlamentarischen Initiative der Grünen Fraktion Folge zu geben. Letzteren Beschluss fasste sie mit 13 zu 9 Stimmen. Den Einbezug von Gemeinden und Kantonen in solche Lösungen erachtete die Mehrheit der Kommission als äusserst komplex und nicht mit dem aktuellen System vereinbar.

Der Nationalrat befasste sich mit der im Vorjahr von der grünen Fraktion eingereichten parlamentarischen Initiative für die Ersetzung der Kantone durch sechs bis zwölf Grossregionen. Die Grünen argumentierten dabei vor allem mit Effizienzgewinnen, welche mit dem Verzicht auf die bestehenden, zum Teil sehr kleinräumigen Kantonsstrukturen zu erzielen wären. Gemäss Parteipräsident Baumann (BE) würde eine solche neue Organisation auch die demokratischen Mitbestimmungsrechte des Volkes verbessern, da die als Alternative angepriesene Zusammenarbeit zwischen den Kantonen primär von den Kantonsregierungen bestimmt und teilweise der parlamentarischen Entscheidung und der direkten Demokratie entzogen sei. Unterstützt wurde die grüne Fraktion durch die SP. Die bürgerliche Kommissionsmehrheit sprach sich grundsätzlich dagegen aus, dass Kantonszusammenschlüsse und andere territoriale Reorganisationen vom Bund, d.h. von oben her, den Kantonen diktiert würden. Zudem betonte sie die Gefahr eines Verlusts an politischer Legitimität, wenn die historisch gewachsenen und identitätsstiftenden Kantone durch neue, künstliche Gebilde abgelöst würden. Die in Form einer allgemeinen Anregung gehaltene Initiative wurde mit 91:59 Stimmen abgelehnt.

Obwohl die politischen Aufgaben unbestrittenermassen immer komplexer werden und vor allem die kleinen Kantone manchmal an die Grenzen ihrer Problemlösungskapazitäten stossen, sieht eine Mehrheit des Nationalrats noch keinen Grund, die bestehenden Kantonsstrukturen durch neue, grössere politische Einheiten (Regionen) zu ersetzen. Ein Postulat Jutzet (sp, FR) (98.3402), das vom Bundesrat entsprechende Vorschläge verlangt hatte, fand zwar bei der Linken Unterstützung, wurde jedoch auf Antrag des Bundesrats mit 62:49 Stimmen abgelehnt. Die Landesregierung machte in ihrer Begründung nicht nur auf die noch ausbaubaren Instrumente überkantonaler Zusammenarbeit aufmerksam, sondern vertrat auch den Standpunkt, dass die Initiative zu einer derart eingreifenden Reform nicht vom Bund, sondern von den Kantonen aus kommen müsste.
Die Idee einer Ersetzung der Kantone durch grossräumigere politische Einheiten fand insbesondere bei den Grünen Anklang. Das vom Parteivorstand propagierte Projekt, dazu noch 1999 eine Volksinitiative zu lancieren, wurde allerdings von der Parteibasis nur lauwarm begrüsst. Die Delegiertenversammlung unterstützte die Idee zwar grundsätzlich, war aber für ein langsameres Vorgehen. Sie beschloss, das Thema vorerst von einer bereits bestehenden parteiinternen Arbeitsgruppe begutachten zu lassen. Im Nationalrat reichte die grüne Fraktion eine parlamentarische Initiative für die Ersetzung der Kantone durch sechs bis zwölf Grossregionen ein.
Etwas konkreter wurden derartige Bestrebungen in der Westschweiz. Die im Vorjahr angekündigte kantonale Volksinitiative für eine Fusion der Kantone Genf und Waadt wurde vorerst in der Waadt lanciert und mit rund 13'500 Unterschriften eingereicht. In Genf soll die Unterschriftensammlung im Frühjahr 2000 stattfinden.