Im Jahr 2015 kam es zu Diskussionen über die Verwendung von gleich drei Pflanzenschutzmitteln. Neben sogenannten Neonikotinoiden, also Pflanzenspritzmitteln, welche auf Nikotin ähnlichen Wirkstoffen beruhen, und dem Insektengift Dimethoat wurde vor allem die Verwendung des Unkrautbekämpfungsmittels Glyphosat kritisch diskutiert.
Eine neue Publikation der Internationalen Agentur für Krebsforschung (IARC) der WHO kam zum Schluss, dass Glyphosat als „wahrscheinlich krebserregend für Menschen“ einzustufen sei. Das Mittel ist mit jährlich rund 300 Tonnen das in der Schweiz am häufigsten verwendete Herbizid. Indirekt wird die Verwendung von Glyphosat vom Bund subventioniert. Wenn zur schonenden Bodenbearbeitung aufs Pflügen verzichtet wird, dürfen Bauern und Bäuerinnen eine gewisse Menge Glyphosat zur Unkrautbekämpfung einsetzen und erhalten vom Bund dafür jährlich bis zu CHF 250 pro Hektar. Unter anderen kritisierten Vertreterinnen und Vertreter von Pro Natura und den Grünen dieses Vorgehen und forderten den Bund dazu auf, vorsorglich alle Glyphosat enthaltenden Pestizide zu verbieten. Auch die Detailhandelsunternehmen Migros und Coop reagierten auf den Bericht und nahmen nach Bekanntwerden der IARC-Ergebnisse alle glyphosathaltigen Produkte aus ihren Sortimenten.
Das in der Schweiz für die Einschätzung dieser Wirkstoffe zuständige BLV reagierte auf die Neueinstufung des IARC mit einem Positionspapier, in welchem es festhielt, dass es Glyphosat weiterhin für unbedenklich halte, da die Neueinstufung der IARC nicht auf neuen Daten beruhe, sondern lediglich eine Neuinterpretation der bisher schon bekannten Informationen sei. Allerdings sei der vollständige Bericht der IARC noch nicht veröffentlicht worden. Sobald die Monographie verfügbar sei, würden die ausführlichere Argumentation geprüft und wenn nötig geeignete Massnahmen eingeleitet werden. Auch der Präsident des Schweizer Bauernverbands, Markus Ritter (cvp, SG), äusserte sich gegenüber den Medien zum Thema. Bisher sei bezüglich der Schädlichkeit noch nichts erwiesen, trotzdem sei es wichtig, die Thematik ernst zu nehmen, so Ritter. Dass er auch argumentierte, dass in der Schweiz ohnehin wenig Pestizide verwendet würden, wurde von der Presse kritisch hinterfragt. Viele Zeitungsartikel verwiesen auf eine Studie vom Bundesamt für Landwirtschaft, welche 2013 zum Ergebnis gekommen war, dass die gekaufte Menge von Pestiziden pro Hektare landwirtschaftlicher Nutzfläche in der Schweiz höher liege als in Nachbarländern wie Deutschland, Frankreich oder Österreich.

Malgré ces prescriptions, le texte gouvernemental a essuyé les foudres de la gauche. Les Verts ont immédiatement appelé à un moratoire soumis à ratification populaire, se basant notamment sur les décisions à cet endroit prises en 1999 par un publiforum entre citoyens et scientifiques. L’UDC, les radicaux et le PDC ont par contre applaudi la démarche plutôt libérale du Conseil fédéral. L’Union suisse des paysans s’est prononcée fermement contre la dissémination d’OGM dans l’agriculture et pour un moratoire de dix ans dans le domaine, récusant ainsi le projet du gouvernement. Plus tard, la commission du Conseil des Etats, première Chambre à empoigner le dossier, a elle aussi mis sur le tapis l’idée d’un moratoire. La commission a insisté sur le caractère sensible et complexe du dossier qui met en jeu aussi bien la santé publique que l’économie suisse, à la pointe de la recherche mondiale dans le domaine génétique.

Autre opposition aux OGN, les Verts ont déposé une motion afin d’interdire l’utilisation des aliments contenant des gènes résistants aux antibiotiques. Cette motion visait tout particulièrement le cas du maïs Bt-176, autorisé par la Confédération en 1998. Le groupe écologique, se basant sur des travaux médicaux récents, espérait ainsi obtenir à la fois l’interdiction de ce type d’organismes et l’institution d’un moratoire afin de mieux cerner les tenants et aboutissants de cette nouvelle forme d’agriculture. Le Conseil national a, dans un vote très serré, accepté la partie de la motion qui demandait, sous forme de postulat, une interdiction de la dissémination d’OGM contenant des gènes résistants aux antibiotiques.

Le Conseil national est entré en matière et a accepté l'initiative, contre l'avis de sa commission, et a chargé cette dernière de préparer la discussion de détail. L'opposition venait des verts et des socialistes qui ont dénoncé les structures sclérosées des associations agricoles auxquelles les petits paysans devraient cotiser, alors que les résultats obtenus dans ce domaine auraient jusqu'à maintenant été dérisoires.