Diverse Länder verlangten im Laufe der Covid-19-Pandemie bei Einreise einen negativen Covid-19-Test – auch für Personen, die aufgrund eines abgewiesenen Asylantrags in ihr Herkunftsland ausgewiesen wurden. Da sich ausreisepflichtige Personen teilweise weigerten, sich einem Covid-19-Test zu unterziehen, und sich der Wegweisungsvollzug somit zunehmend als schwierig erwies, plante der Bundesrat eine Änderung des Ausländer- und Integrationsgesetzes, um eine gesetzliche Grundlage für die Durchführung eines zwangsweisen Covid-19-Tests bei Wegweisung zu schaffen. Nachdem Ende April 2021 22 Wegweisungen aufgrund einer Testverweigerung nicht hatten vollzogen werden können und dieser Wert einen Monat später auf 50 Fälle angestiegen war, beschloss der Bundesrat, das Revisionsvorhaben als dringlich einzustufen.

Ende Juni 2021 gab die Regierung den Entwurf in die verkürzte Vernehmlassung. Nach Ablauf der zweiwöchigen Vernehmlassungsfrist waren 45 Stellungnahmen von 23 Kantonen, vier grösseren Parteien sowie 18 interessierten Kreisen eingegangen. Mit Ausnahme des Kantons Waadt begrüssten alle stellungnehmenden Kantone das Vorhaben, ebenso die SVP und die FDP. Neben der KKJPD, der Vereinigung der Kantonalen Migrationsbehörden (VKM) und dem Schweizerischen Gewerbeverband begrüsste auch das UNHCR-Büro für die Schweiz und Liechtenstein die Massnahme. Die SP und die Grünen stellten sich zusammen mit den weiteren stellungnehmenden Kreisen, darunter Hilfswerke, Nichtregierungsorganisationen und die Nationale Kommission zur Verhütung von Folter (NKVF), gegen das Vorhaben. Die ablehnenden Stellungnehmenden machten geltend, dass diese Massnahme einen unverhältnismässigen Grundrechtseingriff in die körperliche Unversehrtheit und die persönliche Freiheit bedeute. Einige ablehnende Vernehmlassungsteilnehmende erachteten die vorgeschlagene gesetzliche Bestimmung auch als zu ungenau formuliert, was den Vollzugsbehörden einen zu grossen Ermessensspielraum eröffnen würde. Verschiedene Stellungnehmende regten weitere Konkretisierungen an, so etwa das UNHCR-Büro, das lediglich den Covid-19-Test mit der geringsten Eingriffsintensität zum Einsatz kommen lassen wollte.

Im März appellierte das UNHCR an die europäischen Regierungen, ihre Politik der Rückschaffung von Asylbewerbern ins Kosovo zu überdenken. Das BFF erklärte aber, die Lage sei keineswegs mit jener während des Bürgerkriegs in Bosnien zu vergleichen. Die generelle Sicherheit sei trotz einzelner Unruhen im Kosovo nicht gefährdet, weshalb weiterhin Rückschaffungen vollzogen sowie Fristen für die Ausreise angesetzt würden. Trotz heftigster Proteste von SP, Grünen und der Hilfswerke hielt der Bundesrat das ganze Frühjahr über an seiner harten Position fest; als einzige Konzession entschied er, dass die Deportationen nicht mehr mit Sonderflügen, sondern mit Linienflügen durchzuführen seien. Erst als Österreich, Frankreich und mehrere deutsche Bundesländer die Rückschaffungen der Kosovaren nach Pristina und Belgrad generell suspendierten, änderte der Bundesrat Mitte Juni seine Haltung. Er verfügte, dass zumindest bis Ende Juli keine Ausschaffungen mehr ins Kosovo vorgenommen werden, es sei denn, einzelne Personen hätten die öffentliche Sicherheit und Ordnung in schwerwiegender Weise gefährdet. Darüber, ob jemand ins Kosovo zurückgeschickt wird, entschieden ab diesem Zeitpunkt auch nicht mehr die Kantone, sondern allein das BFF in Zusammenarbeit mit dem Bundesamt für Ausländer; damit sollte eine einheitliche Praxis sichergestellt werden. Dieser Entscheid fand die Zustimmung sämtlicher Parteien bis hin zur SVP. Später verlängerte der Bundesrat die Frist für die abgewiesenen Asylsuchenden bis Ende September und dann noch einmal bis Ende April 1999, wobei Straffällige von dieser Regelung weiterhin ausgenommen blieben.

Unmittelbar nach der Unterzeichnung des Vertrages Anfang Juli veröffentlichten elf Nationalrätinnen und -räte der SP sowie eine Nationalrätin der Grünen eine gemeinsame Pressemittelung, in der sie erklärten, es sei schwer erträglich, mit diesem Unrechtstaat durch ein Abkommen in einer solch heiklen Angelegenheit verbunden zu werden. Man werde das Hauptversprechen des Vertrages, dass nämlich die Rückführungen unter voller Wahrung der Würde und der Menschenrechte durchgeführt werden, in seiner Umsetzung sehr genau beobachten. Als im Dezember die beiden SP-Nationalrätinnen Bäumlin (BE) und Fankhauser (BL) sich vor Ort einen Eindruck der Lage verschaffen wollten, wurde ihnen die Einreise allerdings verweigert.