Zu einer ersten Klärung der Situation trugen die Parlamentswahlen bei. So zogen die Grünen aufgrund der Niederlage bei den Parlamentswahlen ihren Anspruch auf einen Bundesratssitz zurück und traten nicht bei den Erneuerungswahlen an, obwohl sie noch vor den Wahlen einen Regierungssitz für sich reklamiert hatten. Sie hatten dabei nicht nur mit ihrer Wählerstärke sondern auch mit der wachsenden Bedeutung und Berücksichtigung der Umweltpolitik argumentiert und eine Liste mit möglichen Kandidierenden (darunter die Regierungsräte Bernhard Pulver (BE) und Guy Morin (BS), der Genfer Ständerat Robert Cramer oder die Zürcher Stadträtin Ruth Genner) ins Gespräch gebracht. Die BDP hingegen sah dank ihres Erfolges bei den Wahlen keinen Anlass, ihre Bundesrätin zurückzuziehen. Eveline Widmer-Schlumpf gab Ende Oktober denn auch definitiv bekannt, sich für die Wiederwahl bereitzustellen. Die SVP ihrerseits, die bei den Wahlen Sitze einbüssen musste, schloss vorerst eine Kampfkandidatur gegen die FDP aus.

Die SP brachte mögliche Kandidaten für die Nachfolge von Micheline Calmy-Rey früh in Stellung und nutzte die Auswahlprozedur geschickt für zusätzliche Medienaufmerksamkeit im Wahlkampf. Die Partei bekräftigte, dass nur Kandidierende aus der lateinischen Schweiz in Frage kämen. Als Topfavoriten galten der Waadtländer Staatsrat Pierre-Yves Maillard und der Freiburger Ständerat Alain Berset. Kandidaturen reichten zudem Nationalrat Stéphane Rossini (VS) und die Tessiner Nationalrätin Marina Carobbio ein. Die SP-Fraktion präsentierte Ende November mit Alain Berset und Pierre-Yves Maillard ein Zweierticket. Die Nichtnomination von Marina Carobbio stiess insbesondere in der Südschweiz auf Enttäuschung, bedeutete dies doch, dass das Tessin seit 1996 (Rücktritt von Flavio Cotti) weiter auf eine Vertretung in der Landesregierung warten musste.

Obwohl die SVP sich schon sehr früh als Herausforderin profilierte, tat sie sich mit der Suche nach Kandidierenden schwer. Zwar brachte sich Jean-François Rime (FR) schon früh in Stellung. Die als Favoriten gehandelten Kandidaten sagten aber spätestens nach den Parlamentswahlen alle ab: So verzichteten etwa der nicht in den Ständerat gewählte Caspar Baader (BL) oder der neue Ständerat Roland Eberle (TG). Auch Nationalrat Adrian Amstutz (BE), der im November seine Wiederwahl in den Ständerat nicht geschafft hatte, verzichtete genauso auf eine Kandidatur wie der umworbene Nationalrat Peter Spuhler (TG) und Parteipräsident Toni Brunner (SG). Zum Problem der SVP wurde allgemein die Wählbarkeit der Kandidierenden: Während linientreue Hardliner vom Parlament als nicht wählbar betrachtet wurden, hatten es moderate SVP-Exponenten schwer, die Hürde der Fraktionsnominierung zu überspringen. Bis Ende November meldeten schliesslich Nationalrat Guy Parmelin (VD), Ständerat Hannes Germann (SH), und die Regierungsräte Jakob Stark (TG) und Heinz Tännler (ZG) ihre Ambitionen an. Eher überraschend kam die Kandidatur von Nationalrat und Gewerbeverbandspräsident Bruno Zuppiger (ZH), der als Schwergewicht betrachtet wurde und der angab, auf Bitte von Christoph Blocher (ZH) anzutreten. Zuppiger war jeweils schon bei den Bundesratswahlen 2003, 2007 und 2008 von der SP als valabler SVP-Kandidat ins Spiel gebracht worden. Er galt deshalb weit über das bürgerliche Lager hinaus als wählbar und wurde denn auch prompt neben Rime auf ein Zweierticket gehievt. Allerdings zwang ihn ein von der Weltwoche verbreiteter Vorwurf, bei einer Erbschaft unrechtmässig Geld abgezweigt zu haben, zum Rückzug seiner Kandidatur. Die Presse ging mit der SVP-Spitze, die offenbar von der Sache gewusst hatte und vorerst an Zuppiger festhielt, hart ins Gericht. In einer Nacht- und Nebelaktion stellte die SVP in der Folge nicht etwa einen der von den Kantonalsektionen nominierten Kandidaten, sondern Nationalrat Hansjörg Walter als Ersatzkandidaten auf. Dieser hatte sich im offiziellen Nominationsverfahren nicht zur Verfügung gestellt, weil er das Amt des Nationalratspräsidenten übernehmen wollte. Der Wechsel wurde in der Presse als unprofessionell, unglaubwürdig und peinlich bezeichnet und die Spitze der SVP musste Fehler bei der Beurteilung der Kandidaten einräumen. Walter selber, der noch 2008 aufgrund einer einzigen Stimme nicht zum Bundesrat und im Berichtjahr mit einem glänzenden Resultat zum Nationalratspräsidenten gewählt worden war, machte deutlich, dass er nur gegen den Sitz der BDP antreten würde.

Nach den Hearings gaben sowohl die Grünen als auch die SP bekannt, dass sie ihrer Fraktion die Wiederwahl von Eveline Widmer-Schlumpf empfehlen würden. Die CVP und die BDP diskutierten gleichzeitig über eine stärkere künftige Kooperation. Es zeichnete sich deshalb ab, dass die SVP höchstens auf Kosten der FDP einen zweiten Sitz erhalten würde.

Im Kanton Bern waren nach den Rücktritten der Regierungsräte Siegenthaler und Augsburger (beide svp), dem seine Partei nicht zuletzt wegen den Milliardenverlusten der Kantonalbank das Vertrauen entzogen hat und der sich schliesslich gegen eine wilde Kandidatur entschloss, zwei Regierungssitze neu zu besetzen. Dabei hat sich das traditionelle Wahlbündnis zwischen SVP und FDP ein weiteres Mal bewährt; die fünf Kandidaten auf der gemeinsamen Liste wurden mit klarem Vorsprung auf die zwei Sozialdemokraten gewählt. Die Regierung setzt sich nun weiterhin aus drei SVP-Mitgliedern, zwei Freisinnigen und zwei Sozialdemokraten zusammen: Mit dem Spitzenresultat wiedergewählt wurde der Vertreter des Berner Juras, Mario Annoni (fdp), der sich als Jura-Vermittler profiliert hatte, gefolgt von SVP-Nationalrätin Elisabeth Zölch. Mit ihr verfügt nun auch die SVP - als letzte Bundesratspartei - über eine Regierungsrätin. Wiedergewählt wurden auch Peter Schmid (svp) und Peter Widmer (fdp). Dazu kommt neu Oberzolldirektor Hans Lauri (svp), womit die SVP erstmals ohne Landwirt in der Regierung vertreten ist. Das Wahlziel klar verfehlt haben die SP und die zur GPS gehörende Freie Liste, die mit Unterstützung des Landesrings und der links-grünen Parteien die Mehrheit in der bernischen Regierung anstrebten. Gewählt wurden auf der rot-grünen Vierer-Liste lediglich die beiden bisherigen SP-Regierungsratsmitglieder Dori Schaer und Hermann Fehr, während Nationalrat Ruedi Baumann (fl) die Wahl knapp und Ruth-Gaby Vermot (sp) deutlich verfehlte. Weit abgeschlagen landeten die Kandidaten der EVP, EDU, SD und der Auto-Partei. Mit Elisabeth Zölch und Dori Schaer sitzen erstmals zwei Frauen in einer Kantonsregierung.

Die SVP und die FDP hatten in Bern die Lehren aus der Niederlage von 1986, als die Freisinnigen von den Grünen aus der Regierung verdrängt wurden, gezogen und traten wieder mit einer gemeinsamen Liste an. Dank dieser Blockbildung eroberten sie die Mehrheit in der Regierung zurück. Die vor vier Jahren überraschend gewählten Leni Robert und Benjamin Hofstetter von der zur Grünen Partei gehörenden Freien Liste blieben in der Wahl zu der von neun auf sieben Mitglieder verkleinerten Regierung auf der Strecke. Klar wiedergewählt wurden die drei bisherigen SVP-Vertreter, Peter Schmid, Peter Siegenthaler und Ueli Augsburger, ebenso René Bärtschi (sp). Es folgten die Neuen Peter Widmer (fdp), Hermann Fehr (sp) und Mario Annoni (fdp, Berner Jura). Damit entsprechen sich im Kanton Bern die politischen Mehrheitsverhältnisse in Regierung und Parlament wieder. Eine unmittelbar nach der Wahl durchgeführte Umfrage zeigte, dass vornehmlich über 40jährige und überdurchschnittlich viele Männer aus ländlichen Gebieten die bürgerliche Fünferliste unterstützt haben. Die Jüngeren, die Frauen und die Stadtbevölkerung haben gemäss Umfrage hingegen mehrheitlich den rot-grünen Block gewählt. Aus dieser Studie ging im weitern deutlich hervor, dass die Regierungsratswahlen trotz des Majorzsystems nicht primär Persönlichkeitswahlen waren, sondern dass sich die meisten Wählenden für einen der beiden Blöcke entschieden. Der Stimmenaustausch über die Blockgrenzen hinweg blieb gemäss der Umfrage relativ gering, aber nicht unbedeutend: Von den Bürgerlichen erhielt Widmer, vom links-grünen Block Bärtschi am meisten Unterstützung aus dem gegnerischen Lager. Auch der knapp vor der Bisherigen Leni Robert liegende Fehr (sp) profitierte von Zusatzstimmen der FDP-Sympathisanten.