Zwei weitere neue Ratsmitglieder wurden in der Frühjahrssession vereidigt: Nicolo Paganini (cvp, SG) ersetzte Jakob Büchler (cvp, SG) und Michael Töngi (gp, LU) rückte für Louis Schelbert (gp, LU) nach.
Büchler war nach 15 Jahren im Nationalrat zurückgetreten. Da die CVP St. Gallen eine Amtszeitbeschränkung kennt, hätte der 65-jährige nicht mehr erneut kandidieren können. Er machte deshalb dem als Anwalt tätigen Paganini Platz, der zudem seit 2011 als Direktor der Olma-Messen fungiert.
Der 65-jährige Schelbert war seit 1975 politisch tätig gewesen: zuerst in der POCH, später für die Grünen, für die er die Ochsentour vom Stadtluzerner Parlament über den Kantonsrat bis hin in den Nationalrat absolvierte, in den er nach dem Rücktritt von Cécile Bühlmann (gp, LU) 2006 nachgerutscht war. Sein Nachfolger, der 50-jährige Michael Töngi, wollte seinen Job als Generalsekretär des Schweizerischen Mieterinnen- und Mieterverbandes aufgeben. Schelbert machte keinen Hehl daraus, dass er für Töngi den Platz räumte, um dessen Wiederwahlchancen im Herbst 2019 zu erhöhen. Es sei für die Grünen in Luzern ansonsten sehr schwierig, ihr Mandat zu verteidigen.
Paganini wurde durch seinen Schwur der Eidesformel vereidigt, während Töngi das Gelübde ablegte. Seit den letzten Wahlen wurden somit im Nationalrat bereits 14 Sitze neu besetzt.

Zu Beginn der Wintersession übernahm die Berner Nationalrätin Therese Frösch das Fraktionspräsidium der Grünen. Die 2003 ins Parlament gewählte frühere Stadtberner Gemeinderätin (Exekutive) löste die Luzerner Nationalrätin Cécile Bühlmann ab, welche die Bundeshausfraktion zwölf Jahre lang geleitet hatte und im Frühjahr 2006 auch aus dem Nationalrat ausscheiden wird. Neue Vizefraktionschefin wurde Anne-Catherine Menétrey-Savary (VD) an Stelle von Pia Hollenstein (SG). Das Nationalratspräsidium, das die Grünen nach bald zwanzigjähriger Präsenz in der Bundesversammlung anstrebten, wurde ihnen in der Wintersession verwehrt.

Mit dem Hinweis, Klimapolitik sei für die Grünen nicht erst seit diesem Hitzesommer ein heisses Thema, rechtfertigte Fraktionschefin Cécile Bühlmann (LU) das lange Schweigen der Partei. Anstelle der punktuellen Massnahmen wie befristeten Temporeduktionen im Tessin und in Graubünden fordere die GP eine Verlagerungspolitik hin zum öffentlichen Verkehr auch im Personenverkehr. Anfangs September verabschiedeten die Delegierten eine Resolution „für eine glaubwürdige Klimapolitik“, welche die dringliche Einführung der CO2-Abgabe auf den 1. Januar 2004 und den Ausbau des öffentlichen Verkehrs verlangte. Um die Mehrkosten zu finanzieren, solle ein Klimafranken pro Liter Benzin erhoben werden. Vor allem die Waadtländer Grünen kritisierten diesen Vorschlag als unausgegoren; sie vermissten eine vorgängige Vernehmlassung in den Kantonalparteien und verlangten eine Abfederung für die Bewohner der Randregionen. Die Resolution wurde schliesslich mit 39:0 Stimmen bei vier Enthaltungen angenommen.

Im August kündigte Ruedi Baumann seinen Rücktritt als Parteipräsident auf Ende Oktober an, weil er in Frankreich einen Bio-Landwirtschaftsbetrieb übernahm. Sein Nationalratsmandat wollte er jedoch behalten. Im Vordergrund für seine Nachfolge stand ein Mitglied der Fraktion. Weil die GP eine Ämterkumulation von Fraktionsvorsitz und Parteipräsidium ablehnte, kam eine Kandidatur von Cécile Bühlmann (LU) nicht in Frage. Als Favoriten galten die Mitglieder des Nationalrats Ruth Genner (ZH) und Patrice Mugny (GE). Kurzfristig war nicht klar, ob auch der Berner Grossrat und ehemalige Parteisekretär Bernhard Pulver sich bewerben und die Partei zu einem Richtungsentscheid zwingen würde, da er als liberaler gilt als die beiden Favoriten. An der Delegiertenversammlung vom Oktober wählten die Grünen auf Antrag der Parteileitung ein Kopräsidium mit Patrice Mugny und Ruth Genner; damit wurden sie der Tatsache gerecht, dass die Partei in letzter Zeit in der Romandie hatte Erfolge verbuchen können. Mugny, früherer Chefredaktor beim linkskatholischen Le Courrier, ist politischer Sekretär der Genfer Grünen und Westschweizer Koordinator der Alpen-Initiative. Er hat den Ruf, Themen rasch zu erkennen und zu analysieren und Provokation auch gezielt einzusetzen. In jüngster Zeit setzte er sich vor allem für die Antiglobalisierung und die „Sans-papiers“ ein. Genner, als Lebensmittel-Ingenieurin tätig, war zehn Jahre Zürcher Kantonsrätin und präsidierte die VCS-Sektion. Sie gilt als stille Schafferin mit viel Sachkompetenz.

Die Grünen kündigten kurz nach Ogis Demission an, dass sie eine eigene Kandidatin aufstellen würden, was sie mit der Nominierung von Nationalrätin Cécile Bühlmann (LU) dann auch taten. Die SP versuchte vergeblich, die FDP und die CVP von der Opportunität eines Rauswurfs der SVP aus der Regierung zu überzeugen. Ihr Angebot, zu diesem Zweck eine freisinnige Kandidatur zu unterstützen, fand lediglich bei einigen Freisinnigen aus der Romandie Interesse. Der Versuch, die SVP aus dem BR abzuwählen, fand in der SP-Fraktion mit 29:5 Stimmen eine klare Mehrheit. Danach lancierten einzelne SP-Politiker die Idee, mit Ulrich Siegrist wenigstens einen möglichst weit vom politischen Kurs seiner Partei entfernten Vertreter der SVP zu wählen. Ganz zum Schluss der Kampagne versuchte die SP dann auch noch, den FDP-Präsidenten Franz Steinegger (UR) ins Spiel zu bringen. Die FDP und die CVP hatten zwar keine Lust, der SVP den Bundesratssitz zu entreissen; aber sie machten von Anfang an klar, dass sie niemanden unterstützen würden, der auf der radikalen aussenpolitischen Linie von Nationalrat Blocher und seiner Zürcher SVP politisiert. Da Eberle und auch Fuhrer sowohl beim UNO-Beitritt als auch bei der Frage der Bewaffnung von schweizerischen Armeekontingenten bei Friedenseinsätzen im Ausland eine von Blocher divergierende Meinung vertreten, waren für sie grundsätzlich alle vier SVP-Politiker wählbar. Beide Fraktionen verzichteten darauf, eine bestimmte Kandidatur zu unterstützen. Die Fraktion der Liberalen sprach sich für Schmid aus.

Im Rennen um die Nachfolge von Bundesrat Ogi nominierte die GP ihre Fraktionspräsidentin Cécile Bühlmann (LU). Sie erhielt zumindest im ersten Wahlgang die Unterstützung der SP.

Die Grünen verabschiedeten ein von der Luzerner Nationalrätin Cécile Bühlmann ausgearbeitetes Positionspapier zur Ausländerpolitik, in dem sie die Personenfreizügigkeit innerhalb der EU und den Verzicht auf das «rassistische» Dreikreisemodell forderten. Als Ersatz schlugen sie ein Einwanderungsgesetz vor, das den Zugang für Fremde in die Schweiz regelt und erleichtert. Bis zur Verabschiedung des Gesetzes solle eine paritätische Kommission entscheiden, wieviele Personen aus Nicht-EU-Staaten aufgenommen werden sollen. Weiter forderte die Partei ein erleichtertes Einbürgerungsverfahren, das einen Rechtsanspruch auf Einbürgerung beeinhaltet, die Abschaffung der Zwangsmassnahmen, einen zivilstandsunabhängigen Aufenthaltsstatus für Frauen und eine Integrationspolitik, die den Eingewanderten gleichberechtigten Zugang zu allen gesellschaftlichen Bereichen sichert.

Die Grünen wählten Nationalrat Hanspeter Thür (AG) zu ihrem neuen Präsidenten, nachdem sich andere Kandidatinnen wie Rosmarie Bär (BE) und Cécile Bühlmann (LU) zurückgezogen hatten. Thür löste die in den Zürcher Regierungsrat gewählte Nationalrätin Verena Diener ab, welche die Grünen seit 1992 präsidiert hatte.

Im Nationalrat löste die Luzernerin Cécile Bühlmann den Aargauer Thür als Fraktionschefin ab.

Anders als im Wahljahr 1987 präsentierte sich die Grüne Partei vor den Nationalratswahlen 1991 als eine vielfältig kompetente Partei, die über ihr Image einer Einthemenpartei hinausgekommen ist. Fragen der Fiskalpolitik, der Gleichberechtigung der Geschlechter – ein umstrittenes Grundsatzpapier dazu wurde am Parteitag in Rapperswil (SG) nach den Wahlen verabschiedet –, Neue Armut, Sicherheits-und Europapolitik gehörten ebenso zum Inventar der Wahlkampfthemen wie die Umweltpolitik. Im übrigen hat sich die Partei seit den letzten eidgenössischen Wahlen in politischer Hinsicht durch die Integration von Teilen der ehemaligen Grünen Bündnisse von einer eher bürgerlich-grünen zu einer eher links-grünen Organisation gewandelt; der Frauenanteil ist mit über 45% der Mitglieder der höchste von allen Parteien überhaupt und sowohl Partei- als auch Fraktionspräsidium wurden im Berichtsjahr von Frauen gehalten. Gemäss der VOX-Analyse war die GP bei den Nationalratswahlen die einzige nationale Partei mit einer weiblichen Mehrheit in der Wählerschaft.
Für die Jahre 1992-94 wurde NR Thür (AG) als Fraktionspräsident gewählt, Vizepräsidentin wurde die Luzernerin Cécile Bühlmann.