Nachdem das Büro-NR die beiden parlamentarischen Initiativen der Grünen (20.403) und der SP-Fraktion (20.404) für die Einsetzung einer PUK zur Aufarbeitung der Crypto-Affäre im November 2020 mit 8 zu 5 Stimmen abgelehnt hatte, befasste sich in der Frühjahrssession 2021 der Nationalrat damit. Neben dem ablehnenden Antrag der Mehrheit lagen ihm auch zwei Minderheitsanträge für die Annahme der beiden Initiativen vor. Die Vertreterinnen und Vertreter der SP und der Grünen, die im Ratsplenum für Folgegeben plädierten, attestierten der GPDel zwar gute Arbeit, sahen in deren Bericht aber einige Fragen unbeantwortet, insbesondere jene, ob die Schweiz mit dem Vorgehen im Fall Crypto AG die Neutralität verletzt habe. Im «vielleicht grössten aussenpolitischen Skandal der jüngeren Schweizer Geschichte», wie Roger Nordmann (sp, VD) die Crypto-Affäre bezeichnete, habe die Öffentlichkeit Transparenz verdient, so Aline Trede (gp, BE). Es sei wichtig für die Glaubwürdigkeit der Schweiz, «dass das Parlament alles getan hat, um den Sachverhalt aufzuklären», ergänzte Edith Graf-Litscher (sp, TG). Demgegenüber argumentierte die Mehrheit des Büros, eine PUK würde keine neuen Erkenntnisse bringen, weil alle Dokumente und Akten bereits von der GPDel aufgearbeitet worden seien. Der Nationalrat folgte mit 123 zu 66 bzw. 122 zu 67 Stimmen dem Mehrheitsantrag und gab den beiden Initiativen keine Folge. Die Minderheiten hatten – mit Ausnahme von Pirmin Schwander (svp, SZ), der der SP-Initiative zustimmte – ausserhalb der initiierenden Fraktionen kein Gehör gefunden. Damit ist die Forderung nach einer PUK zur Crypto-Affäre vom Tisch.

Im März 2014 nahm der Ständerat als Erstrat die Beratung über die Änderung des Bundesgesetzes über den Strassentransitverkehr im Alpengebiet (Sanierung Gotthard-Strassentunnel) auf. Die Kommission für Verkehr und Fernmeldewesen der kleinen Kammer (KVF-SR) empfahl dem Plenum mit 7 gegen 6 Stimmen, auf die Vorlage einzutreten und ohne Änderung zuzustimmen. Eine Minderheit Stadler (glp, UR) beantragte Nichteintreten, eine Minderheit I Janiak (sp, BL) forderte die Rückweisung an den Bundesrat mit dem Auftrag, die Vereinbarkeit mit dem Landverkehrsabkommen sowie die Verfassungsmässigkeit vertieft zu prüfen. Eine Minderheit II Graber (cvp, LU) verlangte die Rückweisung an den Bundesrat, damit dieser aufzeige, wie die Forderungen der Zentralschweizer Regierungskonferenz in der Vorlage erfüllt werden. Eine Minderheit III Graber (cvp, LU) beantragte schliesslich die Rückweisung an den Bundesrat mit dem Auftrag, ein Programm vorzulegen, welches aufzeigt, welche Strassenbauprojekte wegen der zweiten Röhre entfallen bzw. verzögert werden und wie die Mehrkosten aus dem Unterhalt der zusätzlichen Röhre finanziert werden. In seinem Votum für den Antrag der Kommissionsminderheit nahm Standerät Markus Stadler Bezug auf die wichtigsten Argumente der Kommissionsmehrheit. Im Gegensatz zur Darstellung der Mehrheit werde das Tessin während der Sanierung nicht abgeschnitten: Der neue Gotthard-Basistunnel sei bis dahin in Betrieb und neben dem Gotthard führten auch noch andere Pässe in den Norden. Zudem wäre es möglich, den Tunnel in den Sommermonaten zu öffnen. Die Verkehrssicherheit werde durch eine zweite Röhre nur in den Röhren erhöht, auf den Zufahrtsstrecken erhöhe sich dafür das Unfallrisiko durch erwarteten Mehrverkehr. Die Sicherheit lasse sich mit einfachen Massnahmen sehr viel günstiger und effizienter steigern: Beispielsweise könnte der Mindestabstand zwischen Lastwagen erhöht oder die Höchstgeschwindigkeit gesenkt werden. Stadler betonte zudem den Widerspruch der Vorlage mit dem Alpenschutzartikel. Weitere Rednerinnen und Redner sorgten für eine ausgesprochen lange Eintretensdebatte. Mit 25 gegen 16 Stimmen trat die kleine Kammer schliesslich auf die Vorlage ein und lehnte sämtliche Minderheitenanträge ab. In der Gesamtabstimmung stimmte der Ständerat der Vorlage ebenfalls mit 25 gegen 16 Stimmen zu. Der Nationalrat debattierte in der Herbstsession über die Vorlage. Neben dem Minderheitenantrag Rytz (gps, BE) auf Nichteintreten waren weitere Minderheitsanträge gestellt worden: Minderheit I Graf-Litscher (sp, TG) forderte die Rückweisung an den Bundesrat mit dem Auftrag, Verfassungsmässigkeit sowie Vereinbarkeit mit dem Landverkehrsabkommen vertieft zu klären. Die Minderheit II Graf-Litscher (sp, TG) verlangte die Rückweisung an den Bundesrat verbunden mit der Aufgabe, ein Verzichts-, Verzögerungs- und Finanzierungsprogramm vorzulegen. Die Minderheit III Grossen (glp, BE) beantragte die Rückweisung an den Bundesrat mit dem Auftrag, in Artikel 84 Absatz 3 der Bundesverfassung ergänzend festzuhalten, dass die Benutzung zusätzlicher Fahrspuren pro Richtung auf Transitachsen im Alpengebiet verboten ist. Minderheit IV Nordmann (sp, VD) wollte die Rückweisung an den Bundesrat mit dem Auftrag verbinden, dem Parlament eine Sanierung ohne zweite Röhre dafür mit zeitlich umfassendem Bahnverlad von Strassenfahrzeugen zu unterbreiten. Nach langer Debatte zeigten sich sowohl in der Abstimmung über Eintreten wie auch in den Abstimmungen über die Rückweisungsanträge klare Gräben entlang der Parteilinien: Die Fraktionen von SP, Grünen und Grünliberalen stimmten geschlossen für Nichteintreten und für die Rückweisungsanträge, während die Fraktionen von SVP, FDP, CVP und BDP (bis auf 2 Stimmen) geschlossen für die bundesrätliche Vorlage eintraten. In der Schlussabstimmung vom 26. September 2014 nahm der Nationalrat die Vorlage mit 120 gegen 76 Stimmen an, der Ständerat mit 28 zu 17 Stimmen. Der Verein „Nein zur 2. Gotthardröhre“, welchem neben SP, Grünen, Grünliberalen auch EVP und CSP sowie über 40 weitere national oder regional tätige Organisationen angehören, ergriff das Referendum. Bereits im Dezember und somit noch vor Ablauf der Referendumsfrist am 15.1.2015 liess der Verein verlauten, die notwendigen 50'000 Unterschriften seien beglaubigt, darüber hinaus seien noch einmal so viele zusätzliche Unterschriften zusammengekommen.