Bereits in der Herbstsession wählte die vereinigte Bundesversammlung zum ersten Mal die besagte Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft (AB-BA). Sechs der sieben Kandidaten waren unbestritten. Die Wahl von Hansjörg Seiler, Giorgio Bomio, Thomas Fingerhuth, Carla Wassmer, Thierry Béguin und Niklaus Oberholzer wurde von allen Fraktionen unterstützt. Die Ratslinke, unterstützt von Dick Marty (fdp, TI), wehrte sich erfolglos gegen den SVP-Kandidaten David Zollinger, der als Geschäftsleitungsmitglied einer Bank nicht in einem Gremium Einsitz nehmen solle, das auch über Banken urteilen müsse. Dieses Argument wurde jedoch von der Mehrheit der Bundesversammlung nicht geteilt und der von der grünen Fraktion vorgeschlagene Pascal Mahon hatte keine Chance gegen Zollinger.

Im Abstimmungskampf dominierte klar die Debatte um das Asylgesetz. Die Gegner, neben den Grünen und der SP auch Gewerkschaften, kirchliche Organisationen, Hilfswerke, Kulturschaffende sowie ein bürgerliches Nein-Komitee, machten geltend, die Verschärfungen im Asyl- und Ausländerrecht bedeuteten einen Bruch mit der humanitären Tradition der Schweiz und verstiessen gegen das Völkerrecht. Sie kritisierten insbesondere die neue Bestimmung zu den Identitätspapieren und den Sozialhilfestopp. Das Abstimmungsbüchlein des Bundesrates wurde als irreführend beanstandet. Vier Nationalräte aus dem bürgerlichen Nein-Komitee, Marty (fdp, TI), Ruey (lp, VD), Simoneschi (cvp, TI) und Zapfl (cvp, ZH) verlangten in einem Schreiben eine öffentliche Stellungnahme und eine inhaltliche Präzisierung der Landesregierung. Diese wies die Kritik zurück.

En début d’année, le Conseil fédéral a rayé la révision partielle de la loi sur la protection de la nature et du paysage (LPN) du programme de législature 2004-2007. Il a fondé sa décision sur la faiblesse des finances fédérales, malgré que le projet ait été favorablement accueilli en consultation. L’économie prévue est de 10 millions de francs. La révision de la loi prévoit la création de 1 ou 2 parcs naturels, 8 à 10 parcs régionaux et 3 à 5 parcs de loisirs. Ce report a entraîné le dépôt d’une série objets parlementaires pour forcer le Conseil fédéral à reprendre le dossier. Une pétition du Groupement suisse pour les régions de montagne, soutenue par la Commission internationale pour la protection des Alpes, le Club alpin suisse et les communes membres de l’Alliance des Alpes, a été déposée à Berne. Paraphée par les présidents de 340 communes suisses, elle tentait de convaincre le parlement de remettre le dossier parmi ceux prioritaires. Saisies par une motion Marty (prd, TI) (Mo. 04.3048), les chambres ont désavoué le Conseil fédéral et l’ont obligé à présenter immédiatement la révision de la LPN.
Pour faire plus de pression sur le Conseil fédéral, le PDC, le PS, les Verts et Hassler (udc, GR) ont déposé des initiatives parlementaires (Iv. Pa. 04.406, 04.407, 04.408 et 04.411)