Kurz nach der Schlussabstimmung zum ersten Massnahmenpaket der Energiestrategie 2050 gab die SVP bekannt, dass sie das Referendum ergreife. Noch während die Vorlage im Differenzbereinigungsverfahren stand, hatte die Volkspartei erklärt, sie werde das Referendum ergreifen, sofern die Wirtschaftsverbände dieses mittrügen. Obschon die Dachverbände Economiesuisse und Gewerbeverband das Referendum nicht unterstützen wollten, fand die SVP andere Mitstreiter. Dazu gehören Swissmem, Gastrosuisse, Swiss Plastics, Swissoil, Auto Schweiz und der Nutzfahrzeugverband Astag, die Aktion für eine vernünftige Energiepolitik Aves, der Verein Kettenreaktion, der Bund der Steuerzahler und ein Verein von Windkraft-Gegnern. Die Jungfreisinnigen wollen sich dem Referendumskomitee ebenfalls anschliessen. Die Vorlage führe zu einer eigentumsfeindlichen, hoch subventionierten Planwirtschaft, bringe den Haushalten hohe Kosten und sei, auch gegenüber nachfolgenden Generationen, "ruinös und verantwortungslos". Die von der SVP genannten Kosten von CHF 3'200 pro Haushalt und Jahr wurden von Befürwortern der Energiestrategie 2050 bestritten: Diese Zahl sei frei erfunden.

Devant la pléthore de combinaison de votes possibles pour les trois objets (8), chacune des parties a dû faire un effort dans son argumentaire afin de donner un mot d'ordre clair. Le PS, les Verts, le Parti chrétien-social ont prôné le triple oui. A ces derniers se sont associés l'Union syndicale suisse, l'UPS, la Fondation suisse de l'énergie (FSE), la Fondation suisse pour l'énergie solaire et Electricité sans atome. Dans le camp des oui se trouvaient aussi les adversaires habituels des écologistes, à savoir les cantons de montagne et les paysans. Les buts de cette alliance inhabituelle n'était pas les mêmes pour les écologistes ou les cantons de montagne. Ces derniers étaient surtout intéressés au contre-projet, car il leur permettait d’obtenir un soutien pour leur usines hydroélectriques, toutefois, pour des raisons tactiques, ils soutenaient aussi l’initiative solaire. La position officielle du Conseil fédéral et des Chambres face aux trois objets était de rejeter l'initiative solaire et d'accepter en corrélation son contre-projet, ainsi que le deuxième contre-projet. L'objectif était, d'une part de provoquer un changement de comportement dans la consommation d'énergie et donc de respecter les promesses de la Conférence de Kyoto pour la réduction des gaz polluants et, d'autre part, d'intégrer une composante écologique dans le système fiscal dont la réforme serait menée dans les années à venir. Le seul parti gouvernemental à suivre les recommandations du Conseil fédéral et du parlement a été le PDC. Le camp du triple non était composé du PRD, de l'UDC et du PL. A ces derniers s'ajoutaient les associations faîtières de l'économie (Economiessuisse et USAM), les organisations proches de l'automobile (ACS et TCS), l'industrie des machines, l'association des entreprises électriques de Suisse, le Forum suisse de l'énergie et la branche de l'énergie atomique. Les arguments des opposants aux taxes énergétiques étaient que celles-ci seraient un frein au développement économique et que la législation sur le CO2 était suffisante pour assurer le développement des énergies renouvelables et la protection de l'environnement.

Conformément à ce qu'il avait annoncé en 1995, le Conseil fédéral a mis en consultation un nouvel avant-projet de loi sur la réduction des émissions de CO2 dont l'objectif est de parvenir, d'ici à l'an 2010, à une diminution de 10% des rejets de dioxyde de carbone dans l'atmosphère par rapport à 1990. Pour ce faire, le gouvernement table sur les efforts volontaires des entreprises et des particuliers ainsi que sur certaines mesures déjà en vigueur ou prévues dans le cadre de la politique de l'énergie (programme Energie 2000 et loi sur l'énergie), de la politique des transports (redevance poids lourds liée aux prestations) et de la politique des finances (augmentation de 10 centimes du litre d'essence pour le financement des NLFA). La taxe sur le CO2 qui avait été vivement combattue en 1994 n'y figure qu'à titre subsidiaire, puisque son prélèvement effectif n'interviendra qu'en 2004 et ce seulement si les mesures décrites ci-dessus ne suffisaient pas à atteindre les objectifs fixés. Pour des raisons de transparence, les montants maximum de la taxe ont néanmoins déjà été inscrits dans le projet du gouvernement: ceux-ci devraient s'élever à CHF 201 par tonne de CO2 pour les carburants et à CHF 30 par tonne de gaz carbonique pour les combustibles. D'un montant global de quelque CHF 3 milliards par année dès 2010, le produit de la taxe sera intégralement redistribué à la population et aux milieux économiques, soit par le biais de chèques aux particuliers, soit sous la forme d'une réduction des cotisations AVS payées par les entreprises à leurs employés.
Cette nouvelle version de loi sur la réduction des émissions de dioxyde de carbone a été, dans l'ensemble, favorablement accueillie par les organismes consultés: ainsi, le Vorort et les partis bourgeois – qui avaient exprimé les plus fortes réticences à l'encontre du projet de taxe sur le CO2 de 1994 – ont salué la volonté du gouvernement de n'introduire plus qu'à titre subsidiaire cet instrument incitatif; l'association faîtière de l'économie a néanmoins réitéré son opposition à l'adoption d'un tel impôt en solitaire, alors que le PRD et l'UDC ont pour leur part souhaité que la compétence de lever la taxe soit transférée du Conseil fédéral au parlement. L'accueil réservé au projet par le parti socialiste et les milieux écologistes a été davantage mitigé: qualifiant les propositions du gouvernement de premier pas dans la bonne direction, le PS a regretté que le Conseil fédéral ait renoncé à l'instauration obligatoire de la taxe et s'est par ailleurs prononcé en faveur d'une réduction des émissions de CO2 de 20% par rapport à 1990. De leur côté, les verts ont souhaité que le seuil de 10% retenu par le gouvernement soit porté à 15%, mesure complétée par l'introduction d'une taxe sur l'énergie et d'une réforme fiscale écologique. Quant aux cantons, ils ont globalement apporté leur soutien au nouveau projet qui n'a été véritablement rejeté que par les organisations de transport routier.