Die Kleinbauernvereinigung forderte im Februar 2016 die Einführung einer Obergrenze für Direktzahlungen, wie die Medien Anfang 2016 berichteten. Kein Bauernbetrieb solle pro Jahr mehr als CHF 150'000 Direktzahlungen erhalten. Besonders die Beiträge für die Versorgungssicherheit wollte die Organisation anders gestalten. Ihr Vorschlag sah vor, dass alle Betriebe bis zur dreissigsten Hektare einen abgestuft sinkenden Basisbetrag erhielten. Wer mehr als 30 Hektaren bewirtschafte, solle keine zusätzlichen Gelder mehr dafür erhalten. Hintergrund des Anliegens war, dass die Zahl der Betriebe, welche mehr als CHF 150'000 Direktzahlungen pro Jahr erhielten, zwischen den Jahren 2008 und 2014 von 268 auf 1'310 angestiegen war. Würden sowohl die Idee der Obergrenze als auch der Vorschlag der abgestuften Versorgungssicherheitsbeiträge umgesetzt und das Geld an kleinere Betriebe umverteilt, würden zwei Drittel der Schweizer Bauernbetriebe mehr Geld erhalten, erklärte die Kleinbauernvereinigung.
Bauernverbandspräsident und CVP-Nationalrat Markus Ritter (cvp, SG) hielt diesen Vorschlag nicht für sinnvoll. Einerseits würden so ökonomisch falsche Anreize gesetzt, andererseits seien viele der Betriebe, welche 30 Hektaren überstiegen, Generationen- oder Betriebsgemeinschaften. Diese seien sinnvoll, da die Inhaber und Inhaberinnen solcher Zusammenschlüsse Maschinen und Infrastruktur einfacher teilen, effizienter produzieren und sich die Freizeit besser einteilen könnten. Würde eine Obergrenze eingeführt, würden sich solche Betriebe einfach wieder in die einzelnen Betriebe aufteilen, so die Bedenken Ritters.

Politischer und ökonomischer Druck sowie teilweise das eigene Interesse am Erhalt der Produktionsgrundlagen führen immer mehr Bauern dazu, ihre Produktionsmethoden umzustellen. Die einen stützen sich dabei auf das wachsende Interesse der Konsumentinnen und Konsumenten an gesunder Nahrung – für die diese gemäss Umfragen auch bereit sind, höhere Preise zu bezahlen – und stellen auf eine naturnahe Produktion um. Sie fordern eine vermehrte öffentliche Unterstützung mit dem Hinweis, dass die Auslagen, die für die Behebung von Phosphat- und Nitratschäden aufgebracht werden, mit mehr Nutzen für die Vermeidung solcher Schäden, also im biologischen Landbau, investiert würden. Ihre politischen Anstrengungen gehen vorläufig jedoch vor allem in Richtung auf eine amtliche Anerkennung von Herkunftszeichen, welche nach dem Willen des Bundesrates im Konsumenteninformationsgesetz geregelt werden soll.

Andere, vor allem Westschweizer Landwirte, verlegen sich mehr und mehr auf eine eher naturferne Produktion, nämlich die bodenunabhängige oder Hors-sol-Produktion, bei der die Wurzeln der Nutzpflanzen – meist Gurken und Tomaten – in einer Nährlösung schwimmen. Auf entschiedenen Protest, auch seitens der Bauernorganisationen, stiessen jene Landwirte, die ihre Milch- und Fleischproduktion mit Hilfe von gentechnisch produzierten Wachstumshormonen zu steigern suchen. Der SBV und die VKMB deponierten beim Bund eine Petition mit 15'000 Unterschriften, die ein Verbot des Wachstumshormons Somatotropin fordert.