Wenige Tage nach den Schlussabstimmungen in den eidgenössischen Räten gaben die SP und die Grünen bekannt, das bereits länger angekündigte Referendum gegen die E-ID zu unterstützen. Dieses richtet sich nicht gegen die E-ID selbst, aber gegen deren Vertrieb durch Private, wie ihn das Gesetz vorsieht. Umfragen zufolge bevorzugten grosse Teile der Bevölkerung eine rein staatliche E-ID – gemäss der jüngsten Erhebung des Digital Democracy Lab der Universität Zürich sogar 82 Prozent der Befragten, und zwar über alle Parteien und Altersgruppen hinweg. Lanciert wurde die Unterschriftensammlung am 8. Oktober 2019 von einem Komitee um die Digitale Gesellschaft, die Kampagnenplattformen Wecollect und Campax sowie den Verein PublicBeta. So sprach Daniel Graf von Wecollect gegenüber dem Tages-Anzeiger auch von einer «Bürgerinitiative», zeigte sich aber dennoch erfreut über die Unterstützung zweier etablierter Parteien. Vonseiten der SP und der Grünen wurde indes klargemacht, dass das Referendum gegen die E-ID derzeit nicht die erste Priorität geniesse; bei der SP liege diese auf dem Referendum gegen die höheren Kinderabzüge, bei den Grünen auf jenem gegen das neue Jagdgesetz, berichtete der Tages-Anzeiger. Neben den bisher Genannten zählten zudem die Piratenpartei, der VPOD, die Internet Society Switzerland, Grundrechte.ch sowie mehrere Organisationen für Senioreninteressen zu den Unterstützern. Nicht am Referendum beteiligen wollte sich hingegen die Stiftung für Konsumentenschutz, die sich während der parlamentarischen Beratung ebenfalls für eine staatliche E-ID eingesetzt hatte. Man sei zwar nicht glücklich mit der privaten Lösung, liess die Stiftung in der NZZ verlauten, aber das Parlament habe das Gesetz, auch auf Intervention der Stiftung hin, in zentralen Punkten entscheidend verbessert.

In der Herbstsession 2019 ging das Bundesgesetz über elektronische Identifizierungsdienste (E-ID-Gesetz) in die Differenzbereinigung. In der ersten Runde konnte sich die bürgerliche Mehrheit im Nationalrat bei allen Streitpunkten durchsetzen, womit die Volkskammer an ihren ursprünglichen Positionen festhielt und keine grosse Kompromissbereitschaft an den Tag legte. Obwohl sich die Frage um das Vertrauen der Bürgerinnen und Bürger in die E-ID wie ein roter Faden durch die Debatte zog, schienen die diesbezüglichen Überlegungen die Entscheidungen des Rats nur wenig zu beeinflussen. So lehnte der Nationalrat sowohl den von einer Minderheit Arslan (basta, BS) geforderten Zwang als auch die vom Ständerat eingeführte, vorbedingungslose Möglichkeit für den Staat zur Herausgabe einer E-ID ab und hielt an der rein subsidiären staatlichen Herausgabe fest, obwohl sich Bundesrätin Karin Keller-Sutter für den ständerätlichen Kompromiss ausgesprochen hatte. Der Staat sollte sich auch nicht wie vom Ständerat vorgesehen an privaten E-ID-Anbietern (Identity Providern) beteiligen können. Des Weiteren hielt die grosse Kammer an der Nennung der Sorgfaltspflichten im E-ID-Gesetz fest und strich lediglich die Delegationsnorm, welche die Konkretisierung der Sorgfaltspflichten durch den Bundesrat vorgesehen hätte. Eine Minderheit Flach (glp, AG) blieb mit dem Vorschlag eines Mittelwegs erfolglos, der das explizite Verbot der Weitergabe der E-ID streichen, die abstrakte Beschreibung der Sorgfaltspflichten aber beibehalten wollte. Ebenfalls erfolglos blieb die durch Beat Flach eingebrachte Forderung des Konsumentenschutzes, dass Dienstleistungen, für die eine E-ID der Sicherheitsstufe «niedrig» ausreicht, auch ohne E-ID genutzt werden können müssen. Da die Angst, im Internet eine Datenspur zu hinterlassen, nachvollziehbar sei, hatte sich Bundesrätin Keller-Sutter auch hierfür vergebens stark gemacht. Die vom Ständerat neu eingeführte E-ID-Kommission (Eidcom) als unabhängige Stelle zur Anerkennung und Kontrolle der Identity Provider blieb im Nationalrat vorerst ebenso chancenlos wie die von der Schwesterkammer verschärften Datenschutzbestimmungen.
Im Ständerat erklärte es Kommissionssprecher Beat Vonlanthen (cvp, FR) zum Ziel dieses Gesetzgebungsprozesses, dass das Gesetz bzw. die E-ID «vertrauenswürdig sein und in einer allfälligen Volksabstimmung bestehen können» müssten. In diesem Lichte hielt die Kantonskammer an ihren Positionen zur Möglichkeit für eine staatliche Herausgabe der E-ID und für eine staatliche Beteiligung an Identity Providern sowie zur Einführung der Eidcom, die sie allesamt als zentral für die Vertrauensbildung in der Bevölkerung erachtete, stillschweigend fest. Einen Schritt auf ihre Schwesterkammer zu machte sie bei den Sorgfaltspflichten, wo sie sich für den zuvor im Nationalrat diskutierten, aber dort noch abgelehnten Mittelweg Flach entschied. Mit der im Nationalrat abgelehnten, zwingenden Alternative zur E-ID bei Dienstleistungen, die nur Sicherheitsstufe «niedrig» verlangen, fand das Anliegen des Konsumentenschutzes im Ständerat Gehör und wurde ins Gesetz aufgenommen. Zugeständnisse an den Nationalrat machte die kleine Kammer auch beim Datenschutz, indem sie einen Kompromiss einführte, wonach die Zweckbindung der Datenverarbeitung erhalten bleiben, eine Bearbeitung durch Dritte im Rahmen des Datenschutzgesetzes aber erlaubt sein soll, um die konzerninterne Arbeitsteilung und das Outsourcing der Datenbearbeitung nicht zu verunmöglichen.
Während sich der Nationalrat bei den Sorgfaltspflichten schliesslich auf den Mittelweg Flach einliess und diese Differenz damit ausräumte, brachte die RK-NR einen neuen Vorschlag betreffend die Rolle des Staates vor. Demnach soll der Staat nur dann selber ein E-ID-System betreiben dürfen, wenn die Zwecke der E-ID gemäss Art. 1 BGEID nicht erfüllt werden. Der Bundesrat unterstützte diese Subsidiaritätsregel nun, da sie die Voraussetzungen für das Tätigwerden des Staates klar formuliere und der Bund auch ohne diese Einschränkung ohnehin nur mit gebührender Zurückhaltung agiert hätte. Entgegen einer Minderheit Min Li Marti (sp, ZH), die von der SP-, der Grünen- sowie einzelnen Mitgliedern der FDP-Fraktion getragen wurde und an der ständerätlichen Version festhalten wollte, entschied sich die grosse Kammer für diesen neuen Kompromiss. Bezüglich der Eidcom hatte sich die Mehrheit der RK-NR seit der letzten Beratung umstimmen lassen; sie setzte sich nun gemeinsam mit dem Bundesrat für deren Einführung als unabhängige Aufsicht ein, da der Staat, würde er subsidiär tätig, sich im Falle der Aufsicht durch das Informatiksteuerungsorgan des Bundes letztlich selber beaufsichtigen würde. Die Mehrheit des Nationalratsplenums liess sich davon überzeugen und schloss sich mit 113 zu 69 Stimmen dem Ständerat an, während die SVP- und die BDP-Fraktionen sowie einige FDP-Vertreterinnen und -vertreter dagegen votierten. Dem ständerätlichen Kompromiss beim Datenschutz stimmte die grosse Kammer stillschweigend ebenfalls zu.
In der einen verbleibenden Differenz zum subsidiären E-ID-System des Bundes schloss sich der Ständerat schliesslich stillschweigend dem neuen nationalrätlichen Vorschlag an. Die so bereinigte Vorlage passierte die Schlussabstimmung im Nationalrat mit 144 zu 51 Stimmen bei 2 Enthaltungen und jene im Ständerat mit 35 zu 2 Stimmen bei 8 Enthaltungen. Wie bereits seit längerem angekündigt, zeigten sich die SP und die Grünen nicht zufrieden mit dem Gesetz, weil sie sich die Herausgabe der E-ID durch den Staat gewünscht hätten. Das letzte Wort in dieser Angelegenheit dürfte wohl das Volk haben, mutmasste die Presse.

Nachdem der Nationalrat in der Frühjahrssession 2019 den vom Bundesrat eingeschlagenen Weg in Richtung E-ID fast unverändert weitergegangen war, wurde in den Medien diskutiert, ob die E-ID, wenn sie wie im Gesetzesentwurf vorgesehen von privaten Anbietern herausgegeben wird, auf genügend Vertrauen in der Bevölkerung stossen werde. In diesem Zusammenhang wurden vor allem Datenschutzbedenken vorgebracht, da der private Herausgeber der E-ID auch über deren Nutzung Bescheid wüsste. Da diese Daten mit erheblichem Missbrauchspotenzial behaftet sind, wurde angezweifelt, dass die Schweizerinnen und Schweizer diese in die Hände von privaten Anbietern legen wollten. Um aufzuzeigen, «dass die Mehrheit der Schweizer Bevölkerung nicht hinter einer E-ID steht, die von privaten Firmen herausgegeben wird», so Daniel Graf gegenüber der NZZ, lancierten Grafs Politikplattform Wecollect, die Stiftung für Konsumentenschutz und die Digitale Gesellschaft eine repräsentative Umfrage.
Ebendiese Umfrage förderte Ende Mai zutage, dass das Konzept des Bundesrates mit den privaten Identity Providern bei der Schweizer Stimmbevölkerung durchfällt. 87 Prozent der 973 Befragten wünschten sich, die E-ID solle vom Staat herausgegeben werden, wohingegen sich nur 2 Prozent für die privatwirtschaftliche Lösung aussprachen. 75 Prozent der Befragten haben in Bezug auf den Datenschutz das grössere Vertrauen in den Staat als in private Anbieter; gemäss Sara Stalder, Geschäftsleiterin der SKS, bestehe bei privaten Unternehmen die Gefahr, dass sie die persönlichen Daten für kommerzielle Zwecke nutzten. Die Allianz aus Konsumentenschutzorganisationen, der Digitalen Gesellschaft, dem Verein Public Beta und der Plattform Wecollect erhoffte sich, mit diesen Ergebnissen den Ständerat unter Druck zu setzen, die Gesetzesvorlage in der bevorstehenden Sommersession an den Bundesrat zurückzuweisen, damit dieser ein neues Konzept erarbeite.
Die RK-SR befasste sich in der Zwischenzeit mit dem Gesetz, lehnte einen entsprechenden Rückweisungsantrag ab und unterstützte einstimmig die Einsetzung einer unabhängigen Aufsichtskommission (Eidcom, nach dem Vorbild der Comcom), die anstatt der vom Bundesrat vorgesehenen Verwaltungsstelle mit der Anerkennung und Überwachung der privaten Identity Provider betraut werden soll. Hinter diesem bereits im April vom Präsidenten der Swiss Data Alliance ins Spiel gebrachten Vorschlag steht die Hoffnung, die unabhängige Kontrollstelle möge das Vertrauen der Bevölkerung in die von Privaten angebotene E-ID stärken. David Basin, Leiter der Gruppe für Informationssicherheit an der ETH Zürich, und der Kryptologe Jan Camenisch kritisierten in der NZZ unterdessen, dass das Gesetz keine Mindeststandards für den Datenschutz festlege. Ihrer Einschätzung nach wäre es technisch gesehen sogar möglich, die E-ID so zu realisieren, dass die privatwirtschaftlichen Anbieter gar keine Kenntnis davon erlangen, wann und wo die E-ID zum Einsatz kommt. Da so gar keine Nutzungsdaten anfielen, könnten diese auch nicht gehackt oder weiterverkauft werden, was dem Vertrauen der Nutzerinnen und Nutzer zuträglich sein sollte. Ob man das Referendum ergreifen werde, sollte sich die privatwirtschaftliche Lösung im Parlament letztlich durchsetzen, liess die Gegner-Allianz vorerst noch offen.