Kurz nach deren Annahme durch das Parlament lancierten SP, Grüne, SGB, Unia sowie weitere Gewerkschaften und Jungparteien das Referendum gegen die Unternehmenssteuerreform III. Die Referendumsdrohung wurde bereits während der Behandlung im Parlament ausgestossen, falls die Steuerreform ohne Gegenfinanzierung beschlossen würde. Am 6. Oktober 2016 reichte das Referendumskomitee 56'000 beglaubigte Unterschriften gegen die USR III bei der Bundeskanzlei ein.

Im Abstimmungskampf kritisierten die Gegner des neuen Steuergesetzes insbesondere die ungleiche Verteilung von Kosten und Nutzen. So würden von der Vorlage nur Unternehmensbesitzer profitieren, während die Allgemeinheit die Steuerausfälle durch Leistungsabbau, höhere Gebühren und mehr Steuern zu bezahlen hätte. Die neuen "Steuertricks" seien zudem undurchsichtig, so dass nur die in deren Erarbeitung involvierten Beratungsfirmen ihre Auswirkungen abschätzen könnten. Die SP hatte im Parlament eine Gegenfinanzierung durch eine höhere Besteuerung der Dividenden gefordert, die vom Parlament jedoch abgelehnt worden war. Entsprechend befürchtete man nun auf Seiten des Referendumskomitees, dass die Steuerreform ohne Gegenfinanzierung zu hohen Kosten für Bund, Kantone und Gemeinden führen würde. Über die Höhe dieser zusätzlichen Kosten waren sich Befürworter und Gegner jedoch nicht einig: Der Bundesrat ging in seinem Bericht auf Bundesebene von Kosten von rund CHF 1,3 Mia. aus, zu denen aber weitere Kosten auf kantonaler und kommunaler Ebene hinzukommen würden. So hatten bereits vor der Durchführung der Volksabstimmung mehrere Kantone Senkungen ihrer kantonalen Gewinnsteuern veranlasst, was es ihnen erlauben sollte, international wettbewerbsfähig zu bleiben.

Auf der anderen Seite wiesen die Befürworter der USR III darauf hin, dass Nichtstun Steuersubstrat in der Höhe von CHF 5,4 Mia. pro Jahr gefährde und entsprechend deutlich teurer sei. Durch die Steuerreform könnten hingegen zehntausende Arbeitsplätze und Steuereinnahmen in Milliardenhöhe gesichert werden. Zudem warfen die Befürworter den Gegnern vor, bewusst auf die Vorlage eines alternativen Plans zu verzichten, weil ihre Alternativen kaum Anklang finden würden.

Die Unterschriftensammlung war von einer regen medialen Berichterstattung zur Steuerreform begleitet, die auch nach Zustandekommen des Referendums nicht abriss. Entsprechend verzeichnete das Forschungsinstitut Öffentlichkeit und Gesellschaft (fög) eine sehr frühe und sehr starke Berichterstattung zur USR III, die Ende Januar durch das Interview von Eveline Widmer-Schlumpf in der Zeitung "Blick" noch weiter anstieg. In diesem hatte sich die ehemalige Finanzministerin gegen die Steuerreform in ihrer jetzigen Form ausgesprochen, da das Parlament bei dieser „nun einfach sehr weit gegangen [sei] mit zusätzlichen Entlastungen für gewisse Firmen“ und da es „ein paar Punkte [gebe], welche die Reform aus der Balance gebracht“ hätten. Immer häufiger meldeten sich anschliessend bürgerliche Politiker zu Wort, die ähnliche Bedenken gegenüber der USR III äusserten.

Nicht nur die Berichterstattung, auch die Inseratekampagne zur Unternehmenssteuerreform III startete früh und stark. So schaltete gemäss einer Analyse von Année Politique Suisse in den letzten 5 Jahren kaum ein Komitee so früh so viele Inserate wie die Befürworter der Steuerreform. Anders als bei der Berichterstattung, bei der das Verhältnis der Aufmerksamkeit für Befürworter und Gegner gemäss fög relativ ausgeglichen war, übertrumpften die Befürworter (88%) die Gegner (12%) bei den Inseraten deutlich. Auch die Parolenfassung deutete auf zwei ungleich grosse Lager hin: So sprachen sich mit SVP, FDP, CVP, BDP und GLP die meisten grösseren Parteien für die Steuerreform aus. Unterstützt wurden sie dabei unter anderem von Economiesuisse, dem Gewerbeverband sowie der Finanzdirektorenkonferenz. Die Nein-Parole beschlossen unter anderem die SP, Grünen, EVP, PdA, der Gewerkschaftsbund und Travail Suisse; Stimmfreigabe gewährte der Städteverband.

BRG Unternehmenssteuerreform III
Unternehmenssteuerreform III, Steuervorlage 17 und AHV-Steuer-Deal (STAF)