Im September 2016 kam es zum Eklat bei der Gewerkschaft Unia. Der landesweit bekannte Gewerkschafter Roman Burger, Leiter der Unia-Sektion Zürich-Schaffhausen, gab seinen Rücktritt bekannt, nachdem eine unabhängige Rechtsstelle in einem von der Unia in Auftrag gegebenen Untersuchungsbericht zum Schluss gekommen war, dass Burger eine Mitarbeiterin mit SMS-Nachrichten sexuell belästigt hatte. Der Rücktritt Burgers bedeutete einen grossen Verlust für die grösste Schweizer Gewerkschaft. Der 39-Jährige hatte die Streitkultur der Gewerkschaft mit seinem auf Konfrontation und Medienwirksamkeit bedachten Stil wesentlich geprägt und damit oft Erfolg gehabt.

Wenig später weitete sich die Affäre Burger zur Affäre Unia aus. In einem Artikel der WOZ kritisierten mehrere anonymisierte Unia-Mitarbeiter die Betriebskultur der Unia massiv. Der Gewerkschaft wurde unter anderem vorgeworfen, dass Burger seinen Rücktritt erst einreichte, als die Tageszeitung Blick vom Rechtsgutachten Wind bekommen hatte. Der Verdacht lag nahe, dass Burger Chef der Sektion Zürich-Schaffhausen geblieben wäre, wäre das Vergehen Burgers nicht an die Öffentlichkeit durchgedrungen. Aus rechtlicher Sicht wäre das jedoch nicht problematisch gewesen, kam Arbeitsrechtsprofessor Thomas Geiser von der Universität St. Gallen in einem Rechtsgutachten zum Schluss. Das Anstellungsreglement der Unia sieht als erste Sanktionsstufe für langjährige, fehlbare Mitarbeitende eine Ermahnung vor, im Wiederholungsfall käme es zu einer weiteren Verwarnung und erst im erneuten Wiederholungsfall käme eine Kündigung in Frage. Da Burger bereits 18 Jahre bei der Unia gearbeitet und seine ganze berufliche Karriere bei der Gewerkschaft absolviert hatte, konnte ihm aufgrund seines Vergehens nicht gekündigt werden.

Auch wenn der Unia damit rechtlich kein Fehlverhalten nachgewiesen werden konnte, blieben moralische Bedenken: Als Wächterin der Arbeitsbedingungen fordere die Unia von anderen Unternehmen eine Nulltoleranz gegenüber sexueller Belästigung am Arbeitsplatz, während Burger weiterhin geschützt werde, monierten Kritiker auch aus den eigenen Reihen, wie etwa die Personalkommission der Unia. Burgers Rücktritt führte aufgrund des starken internen Arbeitnehmerschutzes nicht zu dessen Kündigung, sondern lediglich zu dessen Freistellung; der Lohn wurde ihm somit bis auf weiteres ausbezahlt. Im Oktober einigten sich dann Burger und die Unia auf eine Kündigung Ende Januar 2017, bis dahin erhielt Burger den regulären Lohn. Ebenfalls werde die Unia effektiv anfallende Weiterbildungskosten bis zu CHF 40'000 für Burgers berufliche Neuorientierung übernehmen. In einem Interview mit der Sonntagszeitung Ende Oktober räumte Unia-Präsidentin Vania Alleva ein, dass bei der Unia zwischen der verlangten Nulltoleranz für sexuelle Belästigung und dem starken internen Kündigungsschutz „offensichtlich ein Widerspruch“ bestehe und dies derzeit rechtlich überprüft werde.

Bei der Unia war im Winter das Präsidium neu zu besetzen. Als Kandidaten kristallisierten sich im Laufe des Jahres der Nationalrat Corrado Pardini (sp, BE) einerseits und ein Co-Präsidententeam zwischen der Zürcherin Vania Alleva und dem bisherigen Co-Präsidenten Renzo Ambrosetti andererseits heraus. Das Duo Alleva/Ambrosetti konnte in verschiedensten Bereichen punkten: Seit ihrer Gründung war die Unia immer von einem Co-Präsidium geleitet worden, und mit Alleva und Ambrosetti fühlten sich sowohl die Frauen als auch die Migranten, das Tessin und die Region Zürich vertreten. Alleva war zudem bis anhin Vorstehende des Dienstleistungssektors gewesen. Die Zukunft der Gewerkschaften wird von Experten generell in diesem Bereich gesehen, da sich in der Schweiz der Dienstleistungssektor immer stärker entwickle und die Arbeitnehmervertretung dort wesentlich schwächer sei als in anderen Gebieten. Pardini hingegen hätte als Maschinenschlosser vor allem die Bereiche Industrie und Bau vertreten, welche bereits stark organisiert sind und daher kaum neues Potenzial zu bieten haben. Pardini zog seine Kandidatur deswegen bereits Anfang Herbst zurück. Im Dezember wurde Ambrosetti in seinem Amt bestätigt und Alleva mit 253 von 339 Stimmen definitiv gewählt. Damit wurde die Seconda zur ersten Frau an der Spitze der Unia.