Im Differenzbereinigungsverfahren einigten sich die Räte darauf, dass die Kantone wie vom Ständerat gewünscht nebst den im Bundesgesetz vorgesehenen Berufen noch weitere akademische Gesundheitsberufe anerkennen dürfen. In der Frage der Weiterbildung setzte sich der Nationalrat durch, der diese Aufgabe grundsätzlich dem jeweiligen gesamtschweizerischen Berufsverband übertragen wollte, um eine Zersplitterung der Weiterbildung zu vermeiden; dabei ging es jedoch nicht darum, den Berufsverband (sprich die FMH) als Monopolisten zu etablieren. Der Bundesrat erhält die Kompetenz, die Versorgung von Randregionen mit Medizinalpersonen nach Bedarf auszugestalten. Schliesslich darf das Medizinalpersonal über die Nennung der Spezialisierung hinaus für sich Werbung machen, diese muss aber objektiv sein und dem öffentlichen Bedürfnis entsprechen. Das MedBG passierte die Schlussabstimmung im Nationalrat mit 189:0 und im Ständerat mit 44:0 Stimmen.

Da sich der Staat in den letzten Jahren zunehmend aus dem Bereich der Forschung zurückgezogen hat, diese im Bereich der klinischen Medizin jedoch stets aufwändiger wird, sehen sich immer mehr wissenschaftliche Equipen gezwungen, Gelder der Pharmaindustrie in Anspruch zu nehmen. Die Schweizerische Akademie der Medizinischen Wissenschaften (SAMW) sah sich deshalb veranlasst, eine Reihe von berufsethischen Empfehlungen auszuarbeiten. Der Zehn-Punkte-Katalog sieht vor, dass die beteiligten Ärztinnen und Ärzte keine finanziellen Interessen an den Versuchen oder Ergebnissen haben und für die von ihnen geprüften Produkte nicht werben dürfen. Bei Publikationen sei die Finanzierung offen zu legen, der Besuch von Weiterbildungsveranstaltungen und Kongressen aus der eigenen Tasche zu finanzieren.