Beim ACS kam es 2016 zum Eklat, als im Frühsommer ein schwelender interner Machtkampf zwischen einigen kantonalen Sektionen und dem Zentralvorstand ausbrach. Anfang Juni nominierte der ACS den Berner FDP-Nationalrat Christian Wasserfallen zuhanden der Delegiertenversammlung (DV) am 23. Juni für das Amt des Zentralpräsidenten. Der amtierende Präsident, Mathias Ammann, gab wenig später bekannt, dass er nicht abtreten wolle, sondern von einzelnen kantonalen Sektionen aus dem Amt gedrängt werde. Danach überschlugen sich die Ereignisse beim ACS, der mit 110‘000 Mitgliedern ungefähr zehn Mal kleiner ist als sein „grosser Bruder“ TCS. Ammann suspendierte zuerst den operativen Leiter des ACS, Stefan Holenstein, mit der Begründung, Holenstein habe Treue- und Informationspflichten verletzt, worauf die ACS-Sektionen Graubünden und Zürich Strafanzeige gegen Ammann wegen Urkundenfälschung und ungetreuer Geschäftsführung einreichten. Der Streit eskalierte in derselben Woche, als Holenstein per sofort entlassen wurde. In der Folge setzte der amtierende Vorstand um Ammann eine Kommission zur Überprüfung der gegenseitigen Vorwürfe ein und verschob die DV vom 23. Juni auf September, bis die Resultate der Kommission vorliegen würden.

Mehrere kantonale Sektionen widersetzten sich der Verschiebung mit dem Argument, diese könne nur von der Versammlung selber beschlossen werden. So hielten 13 von 19 kantonalen Sektionen die DV am 23. Juni in Yverdon trotzdem ab und wählten Christian Wasserfallen zum ACS-Zentralpräsidenten. Weil der bisherige Vorstand die Wahl für ungültig erklärte, hatte der ACS zu diesem Zeitpunkt irritierenderweise zwei Präsidenten. Mitte Juli einigten sich die beiden Lager, dass die Wahl am 16. September wiederholt werden solle. Ammann würde auf diesen Tag hin zurücktreten, während Wasserfallen an seiner Kandidatur festhielt. Anfang August bekam Wasserfallen Konkurrenz von SVP-Nationalrat Thomas Hurter, der ebenfalls ACS-Präsident werden wollte. Weil sich Wasserfallen zunehmend in den internen Konflikt im ACS einmischte und sich dadurch mit einer Zivilklage und einer Strafanzeige konfrontiert sah, geriet seine Person zunehmend in den medialen Fokus. Angesichts der Turbulenzen im Verband fragten sich selbst FDP-Parlamentarier, wieso Wasserfallen nicht in den Ausstand trete bis der Konflikt gelöst sei. Auch seine Nähe zum ACS wurde in Frage gestellt, da er dem Verband erst kurz vor seiner Nomination zum Präsidenten beigetreten war. Negativer Höhepunkt war für Wasserfallen, als ihm die Berner ACS-Sektion die Unterstützung versagte und stattdessen Hurter wählen wollte. Ende August gab Wasserfallen bekannt, dass er doch nicht zur Wahl antreten werde. Damit solle der Verband zur Ruhe kommen, sagte Wasserfallen der NZZ am Sonntag. Das Regionalgericht Bern-Mittelland beurteilte nur wenige Tage später die Wahl Wasserfallens im Juni als illegitim, weil nicht sämtliche Sektionen über die Durchführung der Delegiertenversammlung informiert worden waren. An der DV im September wurde der einzige verbliebene Kandidat Thomas Hurter mit 114 von 118 Stimmen deutlich zum neuen ACS-Zentralpräsidenten gewählt.

Obwohl sie bei der Volksabstimmung über die Alpen-Initiative - welche unter anderem ein Verbot für den Bau und Ausbau alpenquerender Transitstrassen in die Verfassung festschrieb - eine Niederlage einstecken mussten, gingen der TCS und der ACS in die verkehrspolitische Offensive. Beide forderten den Ausbau des Autobahnnetzes und dabei insbesondere den Bau einer zweiten Tunnelröhre durch den Gotthard sowie die Verbreiterung der N1 zwischen Bern und Zürich auf sechs Spuren. Der TCS kündigte dazu die Lancierung einer Volksinitiative an.

In den Interessenorganisationen der Verkehrsteilnehmer sorgte die Volksabstimmung über die NEAT für einigen Konfliktstoff. Im ACS opponierten vor allem die Westschweizer Sektionen gegen dieses als zu teuer bezeichnete Bauwerk, das zu 25% aus Treibstoffzollgeldern finanziert werden soll. Angesichts dieser Stimmungslage beschlossen die Delegierten Stimmfreigabe. Auf gleiche Weise zog sich der Nutzfahrzeugverband ASTAG aus dem Dilemma. Beim Verkehrs-Club der Schweiz (VCS) waren es vor allem die welschen Sektionen, welche sich gegen die fundamentalistischen Verkehrsgegner namentlich der Zürcher Sektion und gegen die direkt betroffenen Urner für die NEAT einsetzten. Mit einem recht deutlichen Ergebnis von 54:29 Stimmen behielten die Pragmatiker unter den Delegierten die Oberhand. Beim TCS bereitete der Entscheid zugunsten der Unterstützung der NEAT keine Probleme.

Der TCS entschied zudem mit einer deutlichen Mehrheit, das von der Auto-Partei, dem ACS, dem Centre patronal und der ASTAG lancierte Referendum gegen die Benzinzollerhöhung um 20 Rappen nicht zu unterstützen.