Début juin, le Conseil fédéral a adopté le message sur le projet de législation concernant le trafic des marchandises appelée à remplacer dès 2011 l’actuelle loi sur le trafic des marchandises. Le projet conserve plusieurs éléments critiqués lors de la consultation de l’année précédente. Malgré l’opposition du PS, des Verts, de l’Initiative des Alpes (IA) et des associations écologistes, le Conseil fédéral a révisé le calendrier de la réalisation de la réduction du nombre de courses de camions à travers les Alpes à 650'000/an. Estimant irréaliste le délai fixé à 2009, il préconise de repousser l’échéance à 2019, soit deux ans après la mise en service du tunnel de base du Gothard, lorsque les gains de productivité seront pleinement disponibles. En dépit des vives critiques des partis bourgeois et de l’Association suisse des transporteurs routiers (ASTAG), le gouvernement a décidé de maintenir la principale innovation du projet, à savoir la création d’une Bourse du transit alpin. Ce nouvel instrument doit permettre de contingenter les courses à travers les Alpes en mettant aux enchères un nombre restreint de droits de passages. En incitant au transfert du trafic des marchandises vers le rail, cette bourse contribuera à la réduction du trafic routier alpin. L’efficacité de ce dispositif dépendra toutefois de l’issue des négociations avec la Communauté européenne et les autres pays alpins concernant la coordination nécessaire à la mise en place de la bourse. L’association Initiative des Alpes a déposé un recours auprès de l’Assemblée fédérale arguant que la prolongation du délai pour la réduction du trafic routier alpin était contraire à la Constitution. La commission de gestion du Conseil national l’a rejeté au motif que l’objet contesté figurait à l’ordre du jour du parlement.

Côté helvétique, les réactions au contenu du mandat de négociations ont été variées. Si les partis gouvernementaux ont salué l'ouverture des pourparlers, les milieux écologistes se sont inquiétés d'une éventuelle levée de l'interdiction des 40 tonnes. A ce sujet, l'Association Transport Environnement (ATE) a fait savoir que, bien qu'elle ne considère pas la suppression de la limite des 28 tonnes comme un tabou, celle-ci devrait être accompagnée de mesures rendant le rail compétitif. Elle a ajouté, de concert avec Greenpeace, que si de telles mesures n'étaient pas prises, elle n'hésiterait pas à lancer un référendum. Les auteurs de l'initiative des Alpes - opposés pour leur part catégoriquement à la suppression voire même à un relâchement de cette limite - ont fait recours contre le mandat de négociations auprès de la Commission européenne et ont adressé une pétition au parlement européen, estimant qu'un tel mandat constituait une violation flagrante de l'Accord sur le transit valable jusqu'en 2004. L'Association suisse des transports routiers (ASTAG) a quant à elle répété son intérêt pour une levée progressive de la limite des 28 tonnes. Sur le volet aérien, la direction de Swissair s'est déclarée satisfaite, et a relativisé l'impossibilité pour elle d'effectuer des vols entre deux destinations communautaires, estimant que cette question constituerait l'objet de la prochaine étape des négociations.