Im Juni begann die Vernehmlassung zum Bundesbeschluss über die Freigabe der Mittel ab 2015 für das Programm Agglomerationsverkehr. Von den CHF 6 Mrd., die dem Infrastrukturfonds bis 2027 zur Mitfinanzierung von Verkehrsinfrastrukturen in Städten und Agglomerationen durch den Bund zur Verfügung stehen, sind noch rund CHF 1,93 Mrd. nicht vergeben worden. Bis Ende 2014 muss der Bundesrat dem Parlament unterbreiten, wie die noch zur Verfügung stehenden Mittel eingesetzt werden sollen. Der Bundesrat will ab 2015 rund CHF 1,56 Mrd. für das Programm Agglomerationsverkehr freigeben und eine Reserve von CHF 370 Mio. für eine allfällige spätere Generation des Programms aufsparen. Es sei jedoch bereits absehbar, dass die Kosten der Massnahmen, welche in einer dritten Generation ergriffen werden sollen (rund CHF 1,4 Mrd.), die zur Verfügung stehenden Mittel übersteigen werden. Die Zusicherung der Mittel ab 2015 steht im Zentrum der Vorlage. Die Vernehmlassung endete im Oktober. Deutlich abgelehnt bzw. kritisiert wurde die Vorlage von 11 Vernehmlassern der Agglomeration Basel, welche ihre Stellungnahmen aufeinander abgestimmt hatten, sowie vom Kanton Graubünden, von der SVP und von ASTAG, ACS und TCS. Die ablehnende Haltung aus der Region Basel wurde mit der mangelhaften Berücksichtigung der komplexen Ausgangslage in grenzüberschreitenden Agglomerationen begründet. Die SVP und die Strassenverkehrsverbände bemängelten die Ungleichbehandlung der Verkehrsträger und forderten eine stärkere Berücksichtigung der Strasseninfrastrukturen. Zudem habe die Zielsetzung der Verlagerung des Verkehrs auf den öffentlichen Verkehr und den Langsamverkehr keine Verfassungsgrundlage und sei deshalb rechtlich nicht legitimiert. Von den grundsätzlich zustimmenden SP, VCS und WWF wurde kritisiert, dass sich die Agglomerationsprogramme und die Engpassbeseitigung bei den Nationalstrassen widersprechen, was auf eine inkonsequente Verkehrspolitik zurückzuführen sei. Auch die Agglomerationsorganisation Grand Genève forderte eine bessere Koordination der beiden Vorlagen. Von den meisten Vernehmlassern wurden die Agglomerationsprogramme aber als wichtiges Instrument einer kohärenten Raumentwicklungs- und Verkehrspolitik gewürdigt. Der Bundesrat wird seine Botschaft zum Bundesbeschluss über die Freigabe der Mittel ab 2015 für das Programm Agglomerationsverkehr im Februar 2014 an das Parlament richten.

In Beantwortung eines Postulats der KVF-SR hatte der Bundesrat Ende 2010 seinen Grundlagenbericht zu den anstehenden Sanierungs- und Instandsetzungsarbeiten am Gotthard-Strassentunnel präsentiert. Während der Zeitplan (2020–2050) weitgehend unbestritten war, gaben die Frage nach dem Sinn und Zweck einer zweiten Tunnelröhre sowie deren Vereinbarkeit mit dem Alpenschutzartikel Anlass zu heftigen Diskussionen. Unterstützt von VCS, WWF und weiteren Umweltschutzorganisationen propagierte die Alpeninitiative die komplette und dauerhafte Verlagerung des Güterverkehrs auf die Schiene, begleitet von einem Fahrverbot für überregional verkehrende Lastwagen zwischen Biasca und Erstfeld sowie einem Verladeshuttle für PKWs auf der alten Bahnstrecke zwischen Airolo und Göschenen. Der Bundesrat hielt im Bericht fest, den kostspieligen Bau einer zweiten Röhre, dessen Investitionskosten das Bundesamt für Strassen (Astra) auf CHF 2 Mrd. (bei jährlichen Unterhaltskosten CHF von 10 Mio.) schätzt, mit seinem Verlagerungskonzept (Güter durch den neuen Eisenbahn-Basistunnel, Personen durch den Eisenbahn-Scheiteltunnel) vermeiden zu wollen. Zudem wies die Regierung auch auf die möglichen verfassungsrechtlichen Konsequenzen einer zweiten Strassentunnelröhre in Bezug auf den Alpenschutzartikel hin. Wirtschaftskreise und mit ihnen viele bürgerliche Politiker aus den hauptsächlich vom Transitverkehr betroffenen Kantonen sahen bei einer richtungsgetrennten, einspurigen Verkehrsführung keinen Widerspruch zum Alpenschutzartikel und forderten den Bau einer zweiten Tunnelröhre (dessen Baukosten sie auf die Hälfte des vom Astra errechneten Betrags schätzten) vor Beginn der Sanierungsarbeiten. Im Verlauf des Berichtsjahrs tendierten die Tessiner, Urner und Bündner Regierungen verstärkt zur Option zweite Röhre. Dabei betonten die beiden Letzteren, am Alpenschutzartikel festhalten zu wollen. Die Bündner Regierung drohte für den Fall der Vollsperrung des Strassentunnels mit der Kontingentierung von Güterfahrten auf der A13 am San Bernardino. Das Gotthard-Komitee, die Interessengemeinschaft der 13 Kantone und der Wirtschaft entlang der Gotthard-Achse, vermochte im Sommer des Berichtsjahrs keinen Entscheid für oder gegen den Bau eines zweiten Strassentunnels zu fällen.

Suite à l'annulation de cette rencontre, les négociations bilatérales sur le dossier des transports entrèrent dans une période de quasi-blocage pendant près de cinq mois. Face à cette situation critique s'élevèrent de nombreuses voix sur le plan interne demandant au Conseil fédéral d'assouplir de façon plus conséquente sa position. De l'avis que les enjeux étaient encore plus importants pour la Suisse sur les autres principaux dossiers (transport aérien, recherche, libre circulation des personnes), les milieux économiques firent part de leur souhait de voir les négociations se conclure encore cette année, quitte à faire d'importantes concessions. Certains partis bourgeois (UDC et PRD) proposèrent, afin de sortir de l'impasse, de soumettre au souverain un nouvel article constitutionnel beaucoup moins contraignant que le texte de l'initiative des Alpes. A l'autre extrême, le parti écologiste et les mouvements de défense de l'environnement (ATE, Comité de l'initiative des Alpes, WWF) laissèrent clairement entendre que toute taxation en dessous des CHF 500 serait motif à référendum.