In Beantwortung eines Postulats der KVF-SR hatte der Bundesrat Ende 2010 seinen Grundlagenbericht zu den anstehenden Sanierungs- und Instandsetzungsarbeiten am Gotthard-Strassentunnel präsentiert. Während der Zeitplan (2020–2050) weitgehend unbestritten war, gaben die Frage nach dem Sinn und Zweck einer zweiten Tunnelröhre sowie deren Vereinbarkeit mit dem Alpenschutzartikel Anlass zu heftigen Diskussionen. Unterstützt von VCS, WWF und weiteren Umweltschutzorganisationen propagierte die Alpeninitiative die komplette und dauerhafte Verlagerung des Güterverkehrs auf die Schiene, begleitet von einem Fahrverbot für überregional verkehrende Lastwagen zwischen Biasca und Erstfeld sowie einem Verladeshuttle für PKWs auf der alten Bahnstrecke zwischen Airolo und Göschenen. Der Bundesrat hielt im Bericht fest, den kostspieligen Bau einer zweiten Röhre, dessen Investitionskosten das Bundesamt für Strassen (Astra) auf CHF 2 Mrd. (bei jährlichen Unterhaltskosten CHF von 10 Mio.) schätzt, mit seinem Verlagerungskonzept (Güter durch den neuen Eisenbahn-Basistunnel, Personen durch den Eisenbahn-Scheiteltunnel) vermeiden zu wollen. Zudem wies die Regierung auch auf die möglichen verfassungsrechtlichen Konsequenzen einer zweiten Strassentunnelröhre in Bezug auf den Alpenschutzartikel hin. Wirtschaftskreise und mit ihnen viele bürgerliche Politiker aus den hauptsächlich vom Transitverkehr betroffenen Kantonen sahen bei einer richtungsgetrennten, einspurigen Verkehrsführung keinen Widerspruch zum Alpenschutzartikel und forderten den Bau einer zweiten Tunnelröhre (dessen Baukosten sie auf die Hälfte des vom Astra errechneten Betrags schätzten) vor Beginn der Sanierungsarbeiten. Im Verlauf des Berichtsjahrs tendierten die Tessiner, Urner und Bündner Regierungen verstärkt zur Option zweite Röhre. Dabei betonten die beiden Letzteren, am Alpenschutzartikel festhalten zu wollen. Die Bündner Regierung drohte für den Fall der Vollsperrung des Strassentunnels mit der Kontingentierung von Güterfahrten auf der A13 am San Bernardino. Das Gotthard-Komitee, die Interessengemeinschaft der 13 Kantone und der Wirtschaft entlang der Gotthard-Achse, vermochte im Sommer des Berichtsjahrs keinen Entscheid für oder gegen den Bau eines zweiten Strassentunnels zu fällen.

Dans le cadre de l'initiative parlementaire Giezendanner (udc, AG), la CTT-CN a approuvé la proposition de sa sous-commission d'ouvrir une procédure de consultation sur le doublement du tunnel routier du Gothard. Lors de la présentation de son contre-projet à Avanti, la CTT-CN a dévoilé les résultats. Quatre cantons (Appenzell Rhodes Intérieures, Bâle-Campagne, Obwald, Tessin), le PL, le PRD, l'UDC, Economiesuisse et le lobby de la route (TCS, FRS, ASTAG) se sont déclarés favorables à une planification immédiate d'un deuxième tube, puis une construction en coordination avec celle du réseau autoroutier suisse. Treize cantons (Bâle-Ville, Berne, Grisons, Jura, Lucerne, Neuchâtel, Nidwald, Schaffhouse, Schwyz, Soleure, Uri, Vaud, Zoug, Zurich) se sont opposés au doublement. Le PCS, le PS, l'UDF et les Verts, ainsi qu'une pléiade d'organisation environnementales (ATE, WWF) et l'Initiative des Alpes, ont également manifesté leur opposition. Argovie, Appenzell Rhodes Extérieures, Fribourg, Genève, Glaris, Uri, Valais et le PDC étaient d'accord avec un début immédiat de la planification, mais sous conditions. Il est à noter qu'Uri s'est déclaré défavorable à une dérogation de l'article constitutionnel sur la protection des Alpes sous couvert d'une modification constitutionnelle. St Gall et Thurgovie ont renoncé à donner un avis. Les résultats de cette consultation n'ont toutefois pas été utilisés, car le traitement par la commission de l'initiative Giezendanner a été gelé. L'initiative Avanti avait la priorité des membre de la commission, alors que Moritz Leuenberger souhaitait que le parlement les traite ensemble. (Pour le procès de la discussion d'un second tube pour le tunnel autoroutier du Gothard afin de réfaire celui-ci, voir ici (2008) et ici (2016).)

Suite à l'annulation de cette rencontre, les négociations bilatérales sur le dossier des transports entrèrent dans une période de quasi-blocage pendant près de cinq mois. Face à cette situation critique s'élevèrent de nombreuses voix sur le plan interne demandant au Conseil fédéral d'assouplir de façon plus conséquente sa position. De l'avis que les enjeux étaient encore plus importants pour la Suisse sur les autres principaux dossiers (transport aérien, recherche, libre circulation des personnes), les milieux économiques firent part de leur souhait de voir les négociations se conclure encore cette année, quitte à faire d'importantes concessions. Certains partis bourgeois (UDC et PRD) proposèrent, afin de sortir de l'impasse, de soumettre au souverain un nouvel article constitutionnel beaucoup moins contraignant que le texte de l'initiative des Alpes. A l'autre extrême, le parti écologiste et les mouvements de défense de l'environnement (ATE, Comité de l'initiative des Alpes, WWF) laissèrent clairement entendre que toute taxation en dessous des CHF 500 serait motif à référendum.

Le PES, soutenu par Greenpeace, le WWF ainsi que des comités uranais et schwytzois, a lancé un référendum contre les NLFA. Selon eux, ce projet n'offrirait pas de garanties suffisantes pour la protection de l'environnement, sa construction serait insoutenable pour les Alpes et son prix et sa consommation énergétique seraient trop élevés. Surtout, il ne résoudrait aucun problème, car il ne contribuerait en rien à freiner la croissance de la mobilité que l'on peut observer en Suisse et en Europe. Les Verts se sont ainsi attirés de nombreuses critiques et d'aucuns ont estimé leur position contradictoire, compte tenu du fait qu'ils ont toujours défendu le transfert du trafic de la route au rail.