La majorité des organismes consultés a salué la création d’un fonds d’infrastructure pour financer les mesures de désengorgement du trafic public et privé. La réalisation d’un fonds d’urgence a, par contre, été contestée. Les partis de droite, l’Alliance des transporteurs, economiesuisse, l’USAM et la branche de la construction l’ont jugée inutile et anticonstitutionnelle. Ils ont estimé qu’un seul fonds, complété par une disposition pour les réalisations prioritaires, était suffisant. L’UDC, le TCS, la Fédération routière suisse, l’USAM et Construction-Suisse ont critiqué la liste des projets urgents du Conseil fédéral dans laquelle figure notamment le CEVA genevois, la gare souterraine de Zurich ou la ligne Mendrision-Varese. Se basant sur une expertise commandée par le TCS, cette répartition est à leurs yeux une entorse à la Constitution, car les recettes des impôts routiers doivent être destinées au réseau routier. L’avis de droit sur la question de l’utilisation des recettes routières à affectation obligatoire (impôt sur les huiles minérales, vignette autoroutière) a été demandé au professeur Grisel. Selon, M. Grisel, le cofinancement des infrastructures ferroviaires (RER) dans le trafic d’agglomération par le biais des recettes routières à affectation obligatoire n’est pas conforme à la Constitution. Les organisations environnementales, le PS et les Verts se sont positionnés, à l’inverse, en faveur d’un fonds d’urgence pour les projets d’agglomérations non contestés. Ils craignent qu’un fonds unique, centré sur la construction routière n’engloutisse tous les moyens mis à disposition. Les Verts, l’ATE, Greenpeace, le WWF, Pro Natura et l’Initiative des Alpes ont exigé qu’au moins un tiers du fonds soit réservé au trafic d’agglomération, les autres projets devant être liés aux transports publics routiers et ferroviaires. Une autre requête demande que la mobilité douce soit davantage prise en compte dans le projet du Conseil fédéral. Afin de répondre à l’expertise du TCS, l’Office fédéral de la justice (OFJ), sur demande du DETEC, a effectué une contre-expertise. Il est arrivé à la conclusion que le nouvel article, tel qu’il a été adapté après l’approbation de la nouvelle péréquation financière, permet d’utiliser le fonds routier pour financer la construction d’infrastructures ferroviaires (RER). Le libellé autorise l’utilisation du fonds routier pour financer des travaux ferroviaires s’ils contribuent à désengorger les routes dans les agglomérations. Dans le cadre de la nouvelle péréquation, le législateur a précisé que le produit des impôts routiers est affecté « au financement des tâches et dépenses, liées à la circulation routière: (…) mesures destinées à améliorer les infrastructures de transport dans les villes et les agglomérations (…) ».

Côté helvétique, les réactions au contenu du mandat de négociations ont été variées. Si les partis gouvernementaux ont salué l'ouverture des pourparlers, les milieux écologistes se sont inquiétés d'une éventuelle levée de l'interdiction des 40 tonnes. A ce sujet, l'Association Transport Environnement (ATE) a fait savoir que, bien qu'elle ne considère pas la suppression de la limite des 28 tonnes comme un tabou, celle-ci devrait être accompagnée de mesures rendant le rail compétitif. Elle a ajouté, de concert avec Greenpeace, que si de telles mesures n'étaient pas prises, elle n'hésiterait pas à lancer un référendum. Les auteurs de l'initiative des Alpes - opposés pour leur part catégoriquement à la suppression voire même à un relâchement de cette limite - ont fait recours contre le mandat de négociations auprès de la Commission européenne et ont adressé une pétition au parlement européen, estimant qu'un tel mandat constituait une violation flagrante de l'Accord sur le transit valable jusqu'en 2004. L'Association suisse des transports routiers (ASTAG) a quant à elle répété son intérêt pour une levée progressive de la limite des 28 tonnes. Sur le volet aérien, la direction de Swissair s'est déclarée satisfaite, et a relativisé l'impossibilité pour elle d'effectuer des vols entre deux destinations communautaires, estimant que cette question constituerait l'objet de la prochaine étape des négociations.