Drei Wochen nach Abschluss der Ratsberatungen präsentierte das Bundesamt für Landwirtschaft (BLW) das zur neuen Agrarpolitik gehörende Verordnungspaket, welches 350 Seiten umfasste. Nach Ablauf der Vernehmlassungsfrist waren über 300 Stellungnahmen eingegangen. Generell gelobt wurden die Zusammenfassung verschiedener Verordnungen in einer totalrevidierten Direktzahlungsverordnung sowie die klare Zielausrichtung des neuen Direktzahlungssystems. Die Kritikpunkte unterschieden sich je nach politischer Gesinnung, respektive je nach Prioritätensetzung bei den verschiedenen Zielen der Landwirtschaftspolitik: Die SVP, der SBV und andere bäuerliche Gruppierungen bemängelten etwa die ihrer Ansicht nach zu schwache Gewichtung der Versorgungssicherheit und verlangten mehr Beiträge für Futter- und Brotgetreide. SP, Grüne und Umweltverbände hingegen wünschten mehr Leistungen für Umwelt- und Tierschutzziele. Von Seiten direktbetroffener Verbände und Branchenorganisationen sowie von SBV, SGV und den Kantonen wurde zudem der mit der neuen Regelung einhergehende administrative Aufwand kritisiert. Dem widersprach jedoch die Economiesuisse: Laut ihrer Einschätzung sei der Aufwand vertretbar angesichts der Zielgenauigkeit des neuen Direktzahlungssystems. Nachdem das BLW nochmals einige Änderungen vorgenommen hatte, verabschiedete der Bundesrat im Oktober die Verordnungen: Die neue Agrarpolitik wird damit ab dem 1. Januar 2014 in Kraft treten.

Le Conseil fédéral a présenté en début d’année les résultats de la consultation sur la Politique agricole 2011 (PA 2011). Si la majorité des cantons, des partis politiques et des organisations non paysannes ont accepté la pièce maîtresse du projet, soit la réallocation, aux paiements directs, des fonds engagés par la réduction du soutien du marché, la majorité des organisations paysannes et les milieux concernés de l’industrie alimentaire s’y sont par contre opposés, soutenus par l’UDC. Les opposants ont critiqué non seulement le principe de la réallocation, mais aussi le rythme prévu. Quinze cantons, ainsi que le PDC, ont demandé un ralentissement de la réforme et davantage de fonds fédéraux, tandis que les milieux économiques libéraux ont revendiqué une réforme plus rapide. Le PS, les organisations de consommateurs et les organisations de protection de l’environnement, de la nature et des animaux, ainsi que de l’agriculture biologique, ont quant à elles approuvé le principe de la réallocation, tout en demandant un axe d’orientation supplémentaire qui accorde plus de poids à l’écologie et aux animaux. Le Conseil fédéral a dès lors chargé le DFE de maintenir, dans le projet de message, le principe de la réallocation aux paiements directs des fonds dégagés par la réduction du soutien du marché, et de fixer à 13,5 milliards de francs au total les enveloppes financières, qui rendent ainsi les adaptations supportables sur le plan social.

L’Union suisse des paysans (USP) a vivement réagi aux propositions du gouvernement. Elle a jugé inacceptable la réduction des moyens financiers initialement prévus, tout comme le rythme et l’ampleur des réformes. Quant aux principaux partis politiques, si le PDC, le PS et le PRD ont estimé que le projet gouvernemental allait dans la bonne direction, l’UDC a critiqué celui-ci, estimant qu’il n’améliorait pas la compétitivité des paysans. Les démocrates du centre ont d’ailleurs pris position peu avant le début de la procédure de consultation sur ce projet dans un document stratégique. Dans le cadre des débats sur l’OMC et la PA 2011, ils n’ont pas réclamé une augmentation massive des paiements directs, mais un démantèlement des contraintes qui pèsent sur les producteurs, afin qu’ils puissent notamment développer des activités annexes. En outre, l’agriculture doit, selon l’UDC, concentrer son activité sur l’économie laitière, ainsi que sur la production de viande et de fruits et légumes.
Notons encore que l’ « Alliance agricole », plateforme qui regroupe une quinzaine d’associations paysannes, écologistes et de défense des consommateurs (dont Bio Suisse, Uniterre, Pro Natura et le WWF Suisse) s’est mobilisée en faveur des paiements directs. Elle a notamment demandé leur maintien dans la PA 2011

Les milieux de la protection de la nature ont sévèrement critiqué l'ordonnance d'application de la nouvelle loi sur les forêts mise en consultation en 1991. Selon eux, ce texte ne respecterait pas l'esprit de la loi qui a consacré la multifonctionnalité de la forêt et ne serait consacré qu'à satisfaire l'économie forestière. Pour leur part, de nombreux cantons ont également attaqué cette législation; elle serait trop compliquée, empièterait sur certaines prérogatives cantonales et ne tiendrait pas assez compte de la capacité financière des cantons pour le versement des contributions fédérales. Le gouvernement, après avoir répondu en partie à ces remarques, a mis en vigueur ce texte à la même date que la loi, soit le ler janvier 1993.