Au vu de l'écho globalement positif obtenu par l'avant-projet de loi sur la réduction des émissions de CO2 durant la procédure de consultation, le Conseil fédéral a transmis au parlement un message relatif à cet objet. Visant à concrétiser à l'échelon national les engagements contractés par la Suisse dans le cadre de la Convention des Nations Unies sur les changements climatiques, la nouvelle politique proposée par le gouvernement reprend les grandes orientations de l'avant-projet: Ainsi, la loi sur le CO2 a pour but principal de parvenir, d'ici 2010, à une réduction totale de 10% des rejets de gaz carbonique dans l'atmosphère par rapport à leur niveau de 1990. Deux objectifs partiels ont en outre été fixés pour les combustibles (-15% par rapport à 1990) et les carburants (-5%). Pour atteindre ces résultats, le Conseil fédéral table avant tout sur l'augmentation des droits de douane sur les carburants prévue dans le cadre du financement des transports publics, sur la taxe poids lourds liée aux prestations, sur la taxe sur le transit alpin ainsi que sur la LEn et le programme Energie 2000. Ces diverses mesures qui relèvent des politiques sectorielles des finances, des transports et de l'énergie seront en outre complétées par des actions librement consenties par les consommateurs de combustibles fossiles ou de carburants.
Ne figurant dans le projet de loi qu'à titre subsidiaire, la taxe sur le CO2 n'interviendra qu'à partir de 2004 et seulement au cas où les mesures décrites ci-dessus s'avéreraient inaptes à réaliser les objectifs fixés. Son montant maximal a néanmoins déjà été établi à CHF 210 par tonne de CO2 afin de permettre aux milieux concernés d'évaluer la taxe maximale dont ils auront éventuellement à s'acquitter. En donnant par ailleurs la possibilité aux entreprises suisses d'être exemptées de la taxe si celles-ci s'engagent formellement à limiter de manière appropriée leurs émissions de gaz carbonique, la réglementation proposée évite que la compétitivité de la place économique helvétique soit diminuée au niveau international. Quant aux éventuelles recettes qui pourraient découler de cette ponction incitative, elles n'auront aucun effet sur le budget de la Confédération puisqu'elles seront intégralement redistribuées aux ménages et aux entreprises, après déduction des frais d'exécution.
A la publication du message, les réactions des divers milieux concernés furent pour le moins contrastées: Les défenseurs de l'environnement – qui à l'image du WWF et de la FES avaient demandé que l'objectif de réduction des émissions de CO2 d'ici l'an 2010 soit porté à 20% – virent d'un oeil peu enthousiaste les mesures envisagées. En revanche, le Vorort et le Forum pour l'énergie se déclarèrent globalement satisfaits par le projet du gouvernement, surtout en ce qui concerne le caractère facultatif de la taxe qui ne devra intervenir qu'en dernier recours, ont-ils précisé. Quant à l'économie pétrolière, elle a jugé que la loi sur le CO2 était prématurée en l'absence d'un consensus international sur la question.