La consultation sur l’introduction de la taxe sur le CO2 a confirmé sans surprise les positions de ses partisans et de ses opposants. L’économie et le commerce (economiesuisse), la branche du tourisme, le secteur de l’énergie (Union pétrolière suisse), le PRD et toutes les associations liées aux transports routiers (Fédération routière suisse, TCS) ont refusé la taxe et ont plaidé pour le « centime climatique » (variante 4).Le PDC s’est prononcé en faveur de la variante mixte, en soutenant la taxe sur les combustibles et le centime climatique (variante 3). Les démocrates chrétiens se sont opposés à la taxe sur les carburants, car elle toucherait les régions périphériques. L’UDC a rejeté les quatre variantes en bloc car elles prétériteraient « gravement » l’économie et l’industrie. Le PS et les Verts, l’Alliance pour une politique climatique responsable, la Société des industries chimiques, les distributeurs Migros et Coop, l’Union syndicale suisse et les associations écologistes (WWF, Greenpeace, Association Transports et Environnement), de consommateurs et d’entraide se sont, en revanche, prononcés en faveur de la taxe sur le CO2 pour les combustibles et pour les carburants. Les positions variaient quant au montant à prélever (variante 1 ou 2). Pour plus de précisions au sujet des quatre variantes voir ici.

Moritz Leuenberger a signé en juillet deux mandats de prestations visant à réduire la consommation d’énergie et les émissions de CO2, l’une avec l’Agence de l’énergie pour l’économie (AEnEC) et l’autre avec l’Agence suisse des énergies renouvelables (ASER). Des deux textes, le premier est celui qui a la plus grande portée. La directive à l’intention des milieux économiques a été élaborée conjointement par l’OFEFP, l’OFEN et les milieux économiques. Elle doit convaincre les branches partenaires (machines, métallurgie, construction, chimie) à inciter leurs membres à entreprendre l’assainissement énergétique. Deux possibilités sont offertes aux entreprises. Elles pourront passer une convention avec l’AEnEC pour profiter des programmes de l’agence et de SuisseEnergie afin de réduire leur émissions de CO2. Mais elles pourront également signer un engagement formel par lequel elles se fixent un objectif contraignant. Une démarche similaire pour le bâtiment et les transports est en cours de préparation. En cas d’introduction de la taxe en 2004, tous les acteurs privés qui auront pris des engagements volontaires de réduction de CO2 – et qui les auront respectés – en seront exemptés. Le mécanisme volontaire de mise en place s’accompagne d’un système de "certificats" négociables : les acteurs, ayant réduit les émanations de CO2 au-delà des exigences demandées, peuvent les céder à d’autres acteurs. De la même manière, il sera tenu compte des réductions opérées par des sociétés suisses à l’étranger.

Au vu de l'écho globalement positif obtenu par l'avant-projet de loi sur la réduction des émissions de CO2 durant la procédure de consultation, le Conseil fédéral a transmis au parlement un message relatif à cet objet. Visant à concrétiser à l'échelon national les engagements contractés par la Suisse dans le cadre de la Convention des Nations Unies sur les changements climatiques, la nouvelle politique proposée par le gouvernement reprend les grandes orientations de l'avant-projet: Ainsi, la loi sur le CO2 a pour but principal de parvenir, d'ici 2010, à une réduction totale de 10% des rejets de gaz carbonique dans l'atmosphère par rapport à leur niveau de 1990. Deux objectifs partiels ont en outre été fixés pour les combustibles (-15% par rapport à 1990) et les carburants (-5%). Pour atteindre ces résultats, le Conseil fédéral table avant tout sur l'augmentation des droits de douane sur les carburants prévue dans le cadre du financement des transports publics, sur la taxe poids lourds liée aux prestations, sur la taxe sur le transit alpin ainsi que sur la LEn et le programme Energie 2000. Ces diverses mesures qui relèvent des politiques sectorielles des finances, des transports et de l'énergie seront en outre complétées par des actions librement consenties par les consommateurs de combustibles fossiles ou de carburants.
Ne figurant dans le projet de loi qu'à titre subsidiaire, la taxe sur le CO2 n'interviendra qu'à partir de 2004 et seulement au cas où les mesures décrites ci-dessus s'avéreraient inaptes à réaliser les objectifs fixés. Son montant maximal a néanmoins déjà été établi à CHF 210 par tonne de CO2 afin de permettre aux milieux concernés d'évaluer la taxe maximale dont ils auront éventuellement à s'acquitter. En donnant par ailleurs la possibilité aux entreprises suisses d'être exemptées de la taxe si celles-ci s'engagent formellement à limiter de manière appropriée leurs émissions de gaz carbonique, la réglementation proposée évite que la compétitivité de la place économique helvétique soit diminuée au niveau international. Quant aux éventuelles recettes qui pourraient découler de cette ponction incitative, elles n'auront aucun effet sur le budget de la Confédération puisqu'elles seront intégralement redistribuées aux ménages et aux entreprises, après déduction des frais d'exécution.
A la publication du message, les réactions des divers milieux concernés furent pour le moins contrastées: Les défenseurs de l'environnement – qui à l'image du WWF et de la FES avaient demandé que l'objectif de réduction des émissions de CO2 d'ici l'an 2010 soit porté à 20% – virent d'un oeil peu enthousiaste les mesures envisagées. En revanche, le Vorort et le Forum pour l'énergie se déclarèrent globalement satisfaits par le projet du gouvernement, surtout en ce qui concerne le caractère facultatif de la taxe qui ne devra intervenir qu'en dernier recours, ont-ils précisé. Quant à l'économie pétrolière, elle a jugé que la loi sur le CO2 était prématurée en l'absence d'un consensus international sur la question.