Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

In Beantwortung eines Postulats der KVF-SR hatte der Bundesrat Ende 2010 seinen Grundlagenbericht zu den anstehenden Sanierungs- und Instandsetzungsarbeiten am Gotthard-Strassentunnel präsentiert. Während der Zeitplan (2020–2050) weitgehend unbestritten war, gaben die Frage nach dem Sinn und Zweck einer zweiten Tunnelröhre sowie deren Vereinbarkeit mit dem Alpenschutzartikel Anlass zu heftigen Diskussionen. Unterstützt von VCS, WWF und weiteren Umweltschutzorganisationen propagierte die Alpeninitiative die komplette und dauerhafte Verlagerung des Güterverkehrs auf die Schiene, begleitet von einem Fahrverbot für überregional verkehrende Lastwagen zwischen Biasca und Erstfeld sowie einem Verladeshuttle für PKWs auf der alten Bahnstrecke zwischen Airolo und Göschenen. Der Bundesrat hielt im Bericht fest, den kostspieligen Bau einer zweiten Röhre, dessen Investitionskosten das Bundesamt für Strassen (Astra) auf CHF 2 Mrd. (bei jährlichen Unterhaltskosten CHF von 10 Mio.) schätzt, mit seinem Verlagerungskonzept (Güter durch den neuen Eisenbahn-Basistunnel, Personen durch den Eisenbahn-Scheiteltunnel) vermeiden zu wollen. Zudem wies die Regierung auch auf die möglichen verfassungsrechtlichen Konsequenzen einer zweiten Strassentunnelröhre in Bezug auf den Alpenschutzartikel hin. Wirtschaftskreise und mit ihnen viele bürgerliche Politiker aus den hauptsächlich vom Transitverkehr betroffenen Kantonen sahen bei einer richtungsgetrennten, einspurigen Verkehrsführung keinen Widerspruch zum Alpenschutzartikel und forderten den Bau einer zweiten Tunnelröhre (dessen Baukosten sie auf die Hälfte des vom Astra errechneten Betrags schätzten) vor Beginn der Sanierungsarbeiten. Im Verlauf des Berichtsjahrs tendierten die Tessiner, Urner und Bündner Regierungen verstärkt zur Option zweite Röhre. Dabei betonten die beiden Letzteren, am Alpenschutzartikel festhalten zu wollen. Die Bündner Regierung drohte für den Fall der Vollsperrung des Strassentunnels mit der Kontingentierung von Güterfahrten auf der A13 am San Bernardino. Das Gotthard-Komitee, die Interessengemeinschaft der 13 Kantone und der Wirtschaft entlang der Gotthard-Achse, vermochte im Sommer des Berichtsjahrs keinen Entscheid für oder gegen den Bau eines zweiten Strassentunnels zu fällen.

Grossflächige Gewächshäuser für die Produktion von Hors-sol-Gemüse dürfen nach einem Entscheid des Tessiner Verwaltungsgerichts nicht in der Landwirtschaftszone der Magadino-Ebene gebaut werden. Erstmals äusserte sich damit ein Schweizer Gericht klar zur Zonenkonformität der industriellen Hors-sol-Produktion. Falls das Bundesgericht den Tessiner Entscheid bestätigt, will der WWF, der die Beschwerde eingereicht hatte, verlangen, dass alle künftigen Hors-sol-Projekte in der Industrie-/Gewerbezone oder in Spezialzonen zu verwirklichen seien.

Zu Auseinandersetzungen um konkrete Einzelfälle kam es vor allem dort, wo sich die Interessen der touristischen Erschliessung und jene des Landschaftsschutzes gegenüberstanden. Das zeigte sich etwa am Widerstand gegen den Bau von Luftseilbahnen auf das Klein-Matterhorn und den Feekopf bei Saas-Fee und beim Entscheid des Bundesgerichts, Rekurse gegen Waldrodungsbewilligungen der Tessiner Behörden gutzuheissen. Im Kanton Schwyz hingegen wurde die Rodung und Überbauung auf der «Schillermatte» unter Berücksichtigung gewisser Aspekte des Naturschutzes und der Forstwirtschaft im zweiten Anlauf bewilligt. Gegen die Überbauung und gegen die Zerstörung der Eigenart des Oberengadins wurden verschiedene private Aktionen gestartet. Sammlungen brachten CHF 700'000 ein, was den Ankauf eines Teils des gefährdeten Landes ermöglichte. Eine Petition mit 359'279 Unterschriften – sie wurde gleichzeitig mit einer Petition für den Schutz gefährdeter Tierarten vom World Wildlife Fund eingereicht – unterstrich den Wunsch der Bevölkerung, Landschaften von nationaler Bedeutung zu erhalten.