Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

L’ouragan « Lothar » qui s’était abattu sur le centre de la Suisse aux tout derniers jours de l’année 1999 a provoqué de nombreux dommages aux forêts: quelques jours après la tempête, on dénombrait 12 millions de mètres cubes d’arbres abattus, soit deux ans et demi de coupe normale – au prix de 100 francs le mètre cube, l’on pouvait évaluer à un milliard de francs le montant potentiel de ce stock de bois abattu. Rapidement, une cellule de crise a été mise en place, réunissant inspecteurs cantonaux des forêts, Institut fédérale de recherche sur la forêt, la neige et le paysage, association des scieries, Caisse nationale d’assurance, WWF et Pro Natura. Un état-major national a été constitué de six personnes choisies parmi ces représentants, afin de définir une stratégie adéquate pour parer aux mesures urgentes. Le groupe a en premier lieu dû répondre aux demandes pressantes de le la Commission de l’économie du bois (CEB) et de l’Association des scieries et de l’industrie du bois. Principales créances : la fixation de prix seuils – une réduction de 5 à 10% au maximum du prix des arbres abattus en novembre et décembre 1999 –, des interdictions d’abattage et des exemptions pour les gros transporteurs routiers de 40 tonnes. Avant d’adopter un train de mesures financières, l’état-major a confirmé que tous les arbres à terre ne seraient pas déblayés, contrairement au nettoyage aussi zélé que coûteux (400 millions de francs) qui avait suivi la tornade « Vivian » en 1990. Depuis 1993, la loi n’oblige plus à reboiser un vide dans un délai de trois ans. Le bois restera donc sur place dans les régions escarpées ou reculées, mesure qui ne devrait pas porter atteinte au biotope naturel. Dans le canton de Berne, particulièrement touché par « Lothar » (4,5 millions de mètres cubes de bois renversés), 30% des arbres resteront ainsi au sol.

Profitant des craintes suscitées par l'approvisionnement énergétique helvétique suite à l'abandon de Kaiseraugst, les partisans de l'énergie hydraulique ont fait valoir quelques projets. Ils ont été en cela appuyés par le Conseil national qui a adopté, sous forme de postulat, la motion Schmidhalter (pdc, VS) (Mo. 88.780) demandant une politique plus favorable en matière de centrales électriques. Ainsi, les Forces motrices de l'Oberhasli (KWO), appuyées par celles du canton de Berne (FMB), ont lancé un projet appelé «Super-Grimsel», qui multiplierait par quatre la capacité du lac artificiel existant (de 100 millions de m3 actuellement à 410 millions). Le but de cet agrandissement spectaculaire résiderait dans l'«affinage d'énergie», c'est-à-dire la production de courant électrique de façon plus souple, principalement dans les périodes de forte demande. Cependant, la quantité nette d'électricité ainsi créée (après déduction faite pour le pompage) ne serait pas plus élevée que celle produite actuellement. Or, «Super-Grimsel» serait catastrophique pour l'environnement puisque le bassin d'accumulation noierait des zones particulièrement intéressantes de la plus grande réserve naturelle bernoise (forêt du Breitenwald, forêt d'arolles du Grimsel notamment). De surcroît – selon les opposants – en cas de rupture de la structure, les habitants de la vallée ne pourraient être évacués à temps. Les adversaires du projet s'opposent à son gigantisme, tant pour ses répercussions humaines et environnementales qu'énergétiques; les opposants sont la commune de Guttannen (sur le territoire de laquelle se trouve le Grimsel), le WWF, le Club alpin de Zofingue, la Fondation suisse pour la protection de l'environnement et l'aménagement du paysage ainsi que les Amis de la nature.

Wie unmittelbar nach dem Parlamentsbeschluss von Ende 1986 angekündigt, wurde gegen die Vorlage «Bahn 2000» das Referendum ergriffen. Die Opposition richtete sich nicht gegen eine Angebotsverbesserung bei der Bahn an sich, sondern gegen die Neubaustrecken und den mit ihnen verbundenen Kulturlandverlust. Die Gegnerschaft war geografisch auf das von der geplanten Neubaustrecke Mattstetten–Olten betroffene Gebiet des bernischen Oberaargaus und des Kantons Solothurn konzentriert. Entsprechend fiel denn auch das Sammelergebnis aus: Von den gut 80'000 Unterschriften kamen über 50'000 aus dem Kanton Bern und weitere 18'000 aus dem Kanton Solothurn.

In der Kampagne vor der Abstimmung erhielten die Gegner nur wenig zusätzliche Unterstützung. Von den Parteien sprachen sich auf nationaler Ebene einzig die äussere Rechte (NA, OFP und EDU) und die Auto-Partei gegen die «Bahn 2000» aus, wobei sich lediglich die letztere aktiv dagegen einsetzte. In den Kantonen Bern und Solothurn gaben zudem die SVP bzw. die FDP und die CVP die Nein-Parole aus. Ähnlich schwach fiel die Unterstützung durch Interessenorganisationen aus: Nur gerade die dem Strassentransportgewerbe nahestehende "Aktionsgemeinschaft Strassenverkehr" propagierte die Ablehnung, Vertreter des TCS und des ACS äusserten sich hingegen eher positiv. Auch der Schweizerische Gewerbeverband sprach sich – trotz Otto Fischers Warnungen vor einem Finanzdebakel und einer Mehrbelastung der Steuerzahler – knapp zugunsten von «Bahn 2000» aus.

Die Organisationen des Umweltschutzes befanden sich in einem gewissen Dilemma: Zum einen befürworteten sie die Vorlage als Beitrag zur Attraktivitätssteigerung des öffentlichen Verkehrs, zum andern stellten sie jedoch die grundsätzliche Frage, ob damit wirklich ein Umsteigeeffekt erzielt werden könne oder ob nicht vielmehr der Tendenz zu einer weiteren Zunahme der Mobilität mit ihren negativen Auswirkungen auf die Umwelt Vorschub geleistet werde. Der VCS und der Naturschutzbund stimmten dem Konzept «Bahn 2000» trotz dieser Bedenken zu, andere Organisationen wie zum Beispiel der WWF und die SGU verzichteten auf eine Parole. An der bezahlten Werbung in den Medien war auffallend, dass die Quantität der Ja-Propaganda diejenige der Gegner um ein Mehrfaches übertraf und dass dabei vor allem versucht wurde, die Automoblisten anzusprechen.

Bahn 2000. Abstimmung vom 6. Dezember 1987

Beteiligung: 47.7%
Ja: 1'140'857 (56.7%)
Nein: 860'893 (43.3%)

Parolen:
– Ja: FDP*, CVP*, SP, SVP*, GPS, LP*, LDU, EVP, POCH*, PDA; SGB, CNG, Vorort, SGV, SBV; SGU, VCS.
– Nein: NA, AP.
*abweichende Kantonalsektionen

In der Volksabstimmung vom 6. Dezember wurde das Konzept «Bahn 2000» mit einer Mehrheit von 57 Prozent gutgeheissen. Neben Schwyz und Appenzell Innerrhoden lehnten die von den Neubaustrecken betroffenen Kantone Solothurn, Bern und Freiburg die Vorlage ab. Sehr positiv fiel das Ergebnis demgegenüber in den verkehrsungünstig gelegenen Kantonen der Jurakette und der Ostschweiz sowie im Tessin aus. In einer repräsentativen Nachbefragung zeigte sich, dass die Verbesserung des Verkehrsangebotes bei den Befürwortern eine grosse Rolle gespielt hatte. Ein noch wichtigeres Motiv war allerdings der Schutz der Umwelt und dabei insbesondere die von der «Bahn 2000» erhoffte Verlagerung auf den öffentlichen Verkehr. Bei den von den Gegnern genannten Gründen hielten sich die Einwände gegen den Landverschleiss und gegen die hohen Kosten die Waage.

Mit der Zustimmung des Souveräns zur «Bahn 2000» trat auch der vom Parlament 1986 gutgeheissene Bundesbeschluss zur Realisierung des Konzepts in Kraft. Die SBB werden darin ermächtigt, Verpflichtungen im Umfang von CHF 5.4 Mia für Infrastrukturvorhaben einzugehen.