L'avant-projet élaboré suite au dépôt de l'initiative parlementaire relative au rôle de la Commission fédérale pour la protection de la nature et du paysage a été approuvé par la CEATE-CE par 7 voix contre 5. Une dérogation à la règle selon laquelle un objet inscrit dans un inventaire fédéral d'objets d'importance nationale doit être conservé intact serait possible si des intérêts équivalents ou supérieurs de la Confédération ou des cantons s’opposent à l’intérêt de protection d’importance nationale. Les intérêts des cantons seraient ainsi davantage considérés lors de la pesée des intérêts entre la protection des objets d'importance nationale et l'utilité des projets proposés. La valeur de l'expertise de la Commission fédérale de la protection de la nature et du paysage (CFNP) et de son homologue des monuments historiques (CFMH) est précisée en droit procédural. Une minorité, par crainte d'atteinte aux objets inscrits à l'inventaire, refuse que les intérêts des cantons soient intégrés dans la pesée des intérêts.
Lors de la procédure de consultation, 13 cantons (ZH, UR, SZ, OW, GL, ZG, SO, SH, AI, GR, TG, VS, NE), la droite, le PDC et les milieux de l'énergie se sont déclarés favorables au projet de modification de la loi sur la protection de la nature et du paysage (LPN). Neuf cantons (BE, NW, FR, BS, BL, AG, VD, GE, JU), la gauche, les Vert'libéraux et les organisations de protection de la nature et du patrimoine rejettent et souhaitent l'abandon de la révision. Selon eux, le projet met en danger les sites historiques et l'environnement. La loi sur l'énergie (LEne) révisée permettrait déjà l'équilibre des intérêts. Pour les cantons réfractaires, la formulation imprécise de la disposition pour tenir compte des intérêts des cantons dans la pesée des intérêts risquait de conduire à une insécurité juridique et à une insécurité au niveau de la planification. La révision de la loi sur l'énergie permet déjà l'équilibre des intérêts.
Après un examen approfondi des résultats de la procédure de consultation, la CEATE-CE a approuvé par 8 voix contre 2 et 2 abstentions, le projet de révision de la LPN. Elle a supprimé la disposition donnant plus de poids aux intérêts des cantons lors de la pesée des intérêts. Elle a maintenu la modification qui précise que les expertises de la CFNP et de la CFMH ne constituent que l’une des bases dont dispose l’autorité de décision pour la pesée de tous les intérêts en présence.

Ständerat Eder (fdp, ZG) bemängelte die seiner Ansicht nach beinahe uneingeschränkte Entscheidungsmacht der Eidgenössischen Natur- und Heimatschutzkommission (ENHK) in ihrer Rolle als Gutachterin. Mit einer parlamentarischen Initiative forderte er, dass von Gutachten des vom Bundesrat bezeichneten Gremiums nicht länger nur bei triftigen Gründen abgewichen werden darf. Der ENHK solle beim Entscheid über Projekte mit Einfluss auf in den Bundesinventaren aufgenommene Objekte von nationaler Bedeutung nach wie vor eine gewichtige, aber nicht mehr allein ausschlaggebende Rolle zufallen. Stellungnahmen von demokratisch gewählten Behörden oder Gerichten sowie kantonale Interessen sollen stärker in den Entscheid einfliessen. Die ständerätliche Kommission für Umwelt, Raumplanung und Energie (UREK-SR) vertrat die Ansicht, dass Gutachten der ENHK keinesfalls höher zu gewichten seien als Stellungnahmen der kantonalen Behörden. Auch sollen sämtliche Interessen in die Gesamtabwägung einbezogen werden; dies insbesondere dann, wenn es sich um Projekte im Bereich der erneuerbaren Energien handle. Auf Letztere richtete sich auch das Augenmerk des Initianten, der darauf hinwies, dass gerade diese Projekte ein aufwändiges Verfahren mit sich brächten, welches das Durchlaufen verschiedener Bewilligungsstufen und -ämter beinhalte. Die UREK-SR gab dem Anliegen mit 7 zu 4 Stimmen Folge. Diesem Entscheid folgte die nationalrätliche Schwesterkommission – wenn auch mit 13 zu 11 Stimmen bei einer Enthaltung nur knapp. Im Juni eröffnete die UREK-SR ihre Beratungen zur Umsetzung der Initiative. Dabei hörte sie neben Vertretern der ENHK und der Kantone ebenfalls die Umweltallianz, die Alliance Patrimoine und den Verband schweizerischer Elektrizitätsunternehmen an. Landschaftsschützer äusserten sich indessen kritisch zum Vorhaben. Raimund Rodewald, Leiter der Stiftung Landschaftsschutz Schweiz, sprach von einer „faktischen Abschaffung des Landschaftsschutzes“, wenn kantonale Interessen ausreichen würden, um national bedeutsame Landschaften zu verschandeln. Zudem, so die Aussagen des WWF, hätte die ENHK in den letzten fünf Jahren immerhin zwei Drittel der 45 beurteilten Projekte im Bereich erneuerbare Energien bewilligt und die Gutachten der Kommission hätten Umweltverbände häufig zum Rückzug von Einsprachen bewegt. Solche Einsprachen könnten bei einer entsprechenden Praxisänderung wieder zunehmen. Ende Jahr wurde ein vertrauliches Gutachten des Bundesamtes für Justiz publik, worin das Amt in der geplanten Schwächung des Naturschutzes eine mögliche Verfassungsverletzung ortete.

Les associations de protection de l’environnement sont montées au créneau pour défendre leur droit de recours. Celui-ci était menacé par l’initiative parlementaire de Freund (udc, AR) qui proposait de le supprimer. Pro Natura, le WWF, l’Association transports et environnement et la Fondation pour le paysage rejetaient l’accusation d’abus et estimaient qu’elles utilisaient leur droit de recours avec modération, mais efficacité. Selon une étude de l’Université de Genève, elles ne sont responsables que de 1 à 2% des recours, le reste émanant de particuliers. Devant le Tribunal fédéral, les organisations obtiennent gain de cause en moyenne dans deux cas sur trois. La Commission des affaires juridiques du National a demandé, par 16 voix contre 6, au plénum de ne pas donner suite à cette initiative parlementaire. Elle jugeait la suppression du droit de recours comme démesurée. De plus, un code de déontologie était à venir. Par 96 voix contre 80, le Conseil national a suivi sa commission, aux grands dams de l’UDC, d’une partie des radiaux et de quelques PDC, convaincus que certaines organisations font un usage abusif et arbitraire de leur droit. Plutôt que de pénaliser les abus existants, la majorité du National a préféré attendre le rapport du Conseil fédéral à ce sujet, prévu pour début 2004.

Dans le cadre de l'initiative parlementaire Giezendanner (udc, AG), la CTT-CN a approuvé la proposition de sa sous-commission d'ouvrir une procédure de consultation sur le doublement du tunnel routier du Gothard. Lors de la présentation de son contre-projet à Avanti, la CTT-CN a dévoilé les résultats. Quatre cantons (Appenzell Rhodes Intérieures, Bâle-Campagne, Obwald, Tessin), le PL, le PRD, l'UDC, Economiesuisse et le lobby de la route (TCS, FRS, ASTAG) se sont déclarés favorables à une planification immédiate d'un deuxième tube, puis une construction en coordination avec celle du réseau autoroutier suisse. Treize cantons (Bâle-Ville, Berne, Grisons, Jura, Lucerne, Neuchâtel, Nidwald, Schaffhouse, Schwyz, Soleure, Uri, Vaud, Zoug, Zurich) se sont opposés au doublement. Le PCS, le PS, l'UDF et les Verts, ainsi qu'une pléiade d'organisation environnementales (ATE, WWF) et l'Initiative des Alpes, ont également manifesté leur opposition. Argovie, Appenzell Rhodes Extérieures, Fribourg, Genève, Glaris, Uri, Valais et le PDC étaient d'accord avec un début immédiat de la planification, mais sous conditions. Il est à noter qu'Uri s'est déclaré défavorable à une dérogation de l'article constitutionnel sur la protection des Alpes sous couvert d'une modification constitutionnelle. St Gall et Thurgovie ont renoncé à donner un avis. Les résultats de cette consultation n'ont toutefois pas été utilisés, car le traitement par la commission de l'initiative Giezendanner a été gelé. L'initiative Avanti avait la priorité des membre de la commission, alors que Moritz Leuenberger souhaitait que le parlement les traite ensemble. (Pour le procès de la discussion d'un second tube pour le tunnel autoroutier du Gothard afin de réfaire celui-ci, voir ici (2008) et ici (2016).)