Le camp des opposants était quant à lui constitué d’un comité de gauche (PS, Verts, PdT) et d’un comité du centre (PDC, PCS, PEV, Verts libéraux), ainsi que des organisations de protection de l’environnement (ATE, Greenpeace, WWF, Pro Natura, Initiative des Alpes, etc.), de Travailsuisse et de l’USS. Il a fait valoir que le droit de recours des associations permettait de faire respecter le droit de l’environnement. Il a également souligné que le droit de recours exercé contre une décision d’un organe de l’Etat était une composante essentielle de l’Etat de droit, puisqu’il garantit que personne, pas même les titulaires du pouvoir politique, n’est au-dessus de la loi. Les organisations écologistes ont par ailleurs balayé le reproche des initiants selon lequel les recours ne visaient qu’à faire obstacle aux projets afin de négocier des concessions ou, pire, des dédommagements financiers. Elles ont en effet publié une synthèse chiffrée de leurs activités judiciaires au cours de l’année 2007 dont il ressort que les associations ont obtenu partiellement ou totalement gain de cause dans plus de 70% des cas où elles ont déposé un recours et n’ont perdu que dans 16% des cas. Les opposants en ont tiré l’argument de la légitimité du droit de recours et de son usage raisonnable par les associations, rejetant l’accusation d’obstruction sur les particuliers.

Les associations de protection de l’environnement sont montées au créneau pour défendre leur droit de recours. Celui-ci était menacé par l’initiative parlementaire de Freund (udc, AR) qui proposait de le supprimer. Pro Natura, le WWF, l’Association transports et environnement et la Fondation pour le paysage rejetaient l’accusation d’abus et estimaient qu’elles utilisaient leur droit de recours avec modération, mais efficacité. Selon une étude de l’Université de Genève, elles ne sont responsables que de 1 à 2% des recours, le reste émanant de particuliers. Devant le Tribunal fédéral, les organisations obtiennent gain de cause en moyenne dans deux cas sur trois. La Commission des affaires juridiques du National a demandé, par 16 voix contre 6, au plénum de ne pas donner suite à cette initiative parlementaire. Elle jugeait la suppression du droit de recours comme démesurée. De plus, un code de déontologie était à venir. Par 96 voix contre 80, le Conseil national a suivi sa commission, aux grands dams de l’UDC, d’une partie des radiaux et de quelques PDC, convaincus que certaines organisations font un usage abusif et arbitraire de leur droit. Plutôt que de pénaliser les abus existants, la majorité du National a préféré attendre le rapport du Conseil fédéral à ce sujet, prévu pour début 2004.

La ville de Saint-Gall a lancé un projet de forum sur le développement durable qui invite la population à participer à un Agenda 21 local. En Suisse, plusieurs collectivités ont déjà lancé un tel programme, en particulier les villes de Genève, Lausanne, Vevey, Neuchâtel, Zurich et Thoune. De plus, 14 organisations non gouvernementales, ainsi que les Verts et le PS, se sont regroupés en association au sein d’«Agenda 21 local». Outre Pro Natura et l’Association transports et environnement (ATE), des œuvres d’entraide, des organismes religieux et plusieurs syndicats y sont également réunis. Cette association compte rendre opérationnel l’«Agenda 21 local» d’ici à 2002. Elle mettra sur pied des séminaires dans lesquels seront formés 200 «ambassadeurs» de l’Agenda 21, elle sensibilisera des autorités cantonales et surtout communales et cherchera à responsabiliser la population.

Les mesures préconisées par le Conseil fédéral dans son plan d'action pour un développement durable ont été diversement appréciées par les différents acteurs de l'arène politique: Au sein du monde industriel tout d'abord, le Vorort s'est déclaré méfiant à l'égard d'une éventuelle réforme fiscale écologique dont le principe a été, au demeurant, clairement rejeté par l'USAM. De concert avec le parti écologiste, les principales organisations de protection de l'environnement ont à l'inverse regretté la timidité des dispositions envisagées par le gouvernement, notamment en ce qui concerne cette réforme fiscale sur laquelle le Conseil fédéral a déclaré ne vouloir se prononcer qu'à partir de 2001 au plus tôt. Désireux d'accélérer le débat sur cette question, le WWF, Pro Natura, la SPE et l'ATE ont alors présenté diverses stratégies de mise en application du principe du développement durable, dont l'instauration d'une politique fiscale frappant davantage la consommation des ressources naturelles que le facteur travail. Partageant les mêmes regrets que les écologistes vis-à-vis des intentions du gouvernement, les oeuvres d'entraide ont également présenté un plan d'action alternatif comprenant notamment l'inscription du principe de durabilité dans la Constitution suisse ainsi qu'une réduction de 20% des émissions de CO2 d'ici l'an 2010.

La Ligue pour la protection de la nature (LSPN) a été rebaptisée «Pro Natura». Bien plus qu'une simple mesure cosmétique, ce changement de nom symbolise la volonté de l'association écologiste d'élargir et de renforcer son champ d'activités. Celui-ci couvrira à l'avenir les quatre domaines suivants: la protection de la nature, la politique de la protection de l'environnement, l'éducation et la sensibilisation ainsi que les relations publiques. En outre, «Pro Natura» entend renforcer ses collaborations avec des organisations partenaires, notamment à l'échelon international.

Commanditée par les sept plus importantes organisations nationales de protection de l'environnement et d'entraide en vue de relancer le débat sur le développement durable en Suisse, l'étude «Au-dessus de nos moyens - chiffres et objectifs pour une Suisse durable» est parvenue à la conclusion que pour que ce principe autour duquel le Sommet de la Terre de Rio s'était cristallisé soit traduit dans les faits, la population helvétique devrait réduire entre trois et huit fois sa consommation en énergie, en eau ainsi qu'en matières premières. Forts de ce constat, les mandataires de l'expertise ont préconisé des changements radicaux dans les habitudes de consommation des Suisses. Parmi les réductions les plus significatives auxquelles il serait nécessaire de consentir pour parvenir à l'établissement d'une société écologiquement viable à long terme, l'étude a évalué que la consommation d'énergies fossiles devrait être réduite de 23% d'ici à l'an 2010 et de 74% d'ici à 2050. Souhaitant que pareille réflexion sur le développement durable se prolonge au-delà de la simple publication de cette expertise, la Ligue suisse pour la protection de la nature a cherché à nouer le dialogue avec des personnalités des mondes politique, économique et scientifique en organisant à cet effet plusieurs rondes de discussion.