Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

L’Office des eaux et de la protection de la nature (OEPN) du canton du Jura a approuvé le projet d’assainissement de la décharge de Bonfol des huit entreprises chimiques bâloises (BCI). Sa décision est toutefois assortie de 54 demandes de compléments sur le traitement de l’air et la sécurité. Ceux-ci reprennent certains points qui avaient été mis à l’index par le Collectif Bonfol (Pro Natura, WWF, SIB et les Verts français), tels que le traitement de l’air et la sécurité des travailleurs comme de la population. La faisabilité de la construction de la halle métallique posait aussi problème pour l’OEPN. Ce point litigieux a pu être levé, car, entre-temps, le BCI a abandonné cette solution et a cherché un autre type de couverture pour la décharge. Répondant à l’OEPN, le BCI a accepté de donner les compléments, sauf sur deux points d’achoppement : l’implantation de deux piézomètres supplémentaires pour surveiller l’activité souterraine de la décharge, et la nécessité de réaliser une étude d’impact sur l’environnement pour tout ce qui touche au conditionnement des déchets avant que ceux-ci soient chargés sur train et acheminés vers des stations d’incinération étrangères.