Der Nationalrat befasste sich in der Herbstsession 2022 als Erstrat mit der Biodiversitätsinitiative sowie mit dem indirekten Gegenvorschlag. Die umfassende Vorlage wurde während drei Sitzungen und in über 160 Wortmeldungen diskutiert. Als erstes wurden das Volksbegehren und der Gegenvorschlag von den Kommissionssprechern Matthias Jauslin (fdp, AG) und Christophe Clivaz (gp, VS) vorgestellt. Matthias Jauslin betonte die Wichtigkeit einer intakten Biodiversität für das Wohlergehen der Bevölkerung, aber auch der Wirtschaft. Leider sei rund ein Drittel der bekannten Tier-, Pflanzen- und Pilzarten in der Schweiz vom Aussterben bedroht – und dies, obwohl die Schweiz seit 2012 über die Biodiversitätsstrategie und den dazugehörigen Aktionsplan verfüge. Da die bislang unternommenen Anstrengungen nicht genügten, um dem Schwinden der Biodiversität Einhalt zu gebieten, brauche es nun griffige Massnahmen. Der Kommissionsmehrheit ginge die Volksinitiative dabei jedoch zu weit, sie schränke insbesondere den Handlungsspielraum von Bund und Kantonen zu stark ein. Die UREK-NR setze daher mehrheitlich auf den Gegenvorschlag in Form einer Änderung des NHG. Daran anschliessend bat Ursula Schneider Schüttel (sp, FR), Präsidentin von Pro Natura und Mitglied des Initiativkomitees, um Unterstützung für ihren Minderheitsantrag, der die Annahme der Volksinitiative empfehlen wollte. Schneider Schüttel liess es dabei jedoch bei einem allgemeinen Votum bleiben und ging nicht auf die Unterschiede zwischen Volksinitiative und Gegenvorschlag ein. Michael Graber (svp, VS) hingegen votierte mit seinem Minderheitsantrag dafür, die Initiative zur Ablehnung zu empfehlen und nicht auf den Gegenvorschlag einzutreten. Graber vertrat die Ansicht, dass die Biodiversität in der Schweiz nicht schlecht dastehe. Initiative und Gegenvorschlag seien daher gar nicht notwendig. Falls die Initiative oder der Gegenvorschlag angenommen werde, würden insbesondere die Landwirtschaft und die Energieproduktion darunter leiden, so Graber.

Danach folgten die Voten der Fraktionen:
Die Grünen sprachen sich sowohl für die Initiative als auch für den Gegenvorschlag aus. Während Delphine Klopfenstein (gp, GE) darauf hinwies, dass die Klimakrise und der Biodiversitätsverlust zusammen angegangen werden müssten, betonte Bastien Girod (gp, ZH), dass für die Grünen insbesondere die Steigerung der Qualität in ohnehin bereits geschützten Gebieten sowie die Vernetzung der Lebensräume im Zentrum stehe.
Auch die SP-Fraktion unterstützte beide Projekte. Martina Munz (sp, SH) unterstrich, dass die Landwirtschaft auf die Biodiversität angewiesen sei, da diese die Bodenfruchtbarkeit und die Bestäubung sichere und damit erst die Ernährungssicherheit garantiert werden könne.
Die GLP-Fraktion unterstützte die Initiative teilweise, sprach sich aber geschlossen für Eintreten auf den Gegenvorschlag aus. Roland Fischer (glp, LU) bemängelte, dass die Schweiz bislang quasi tatenlos zugesehen habe, wie die Biodiversität immer weiter abgenommen habe. Die Schweiz stehe im internationalen Vergleich sehr schlecht da. Folglich müssten die entsprechenden finanziellen Mittel für den Erhalt der Biodiversität bereitgestellt werden, da ein weiterer Verlust an Biodiversität die Schweiz viel teurer zu stehen kommen werde.
Die FDP.Liberale-Fraktion hingegen unterstützte den indirekten Gegenvorschlag mehrheitlich, wie Susanne Vincenz-Stauffacher (fdp, SG) ausführte. Allerdings sei bei der Ausgestaltung des NHG darauf zu achten, dass die Zielkonflikte, insbesondere zwischen der Produktion erneuerbarer Energien und dem Schutz der Biodiversität, immer durch eine umfassende Güterabwägung, die auch die Interessen der Wirtschaft miteinbeziehe, gelöst würden. Die Initiative lehnte die Fraktion mit dem Verweis ab, dass dadurch praktisch die ganze Schweiz unter Schutz gestellt würde.
Die Mitte-Fraktion zeigte sich ähnlich wie die FDP-Fraktion gespalten bei der Haltung zum Gegenvorschlag; die Initiative lehnte sie ab. Wie Priska Wismer-Felder (mitte, LU) ausführte, würde die Initiative dazu führen, dass die Produktion von Nahrungsmitteln eingeschränkt würde, was die Versorgungssicherheit in Frage stellen würde. Beim Gegenvorschlag stosse insbesondere das Flächenziel von 17 Prozent an Flächen, die dem Schutz von Lebensräumen und Arten dienen (so genannte Kerngebiete), auf Widerstand in ihrer Fraktion. Sie bemängelte zudem, dass «die Flächen, auf denen heute schon aktive Biodiversitätsförderung betrieben wird, [...] den 17 Prozent Kerngebiet nicht angerechnet werden» könnten. Eine Minderheit der Mitte-Fraktion gehe jedoch davon aus, dass der Gegenvorschlag die Biodiversität fördere, ohne die Versorgungssicherheit in den Bereichen Ernährung und Energie zu schwächen.
Die SVP-Fraktion lehnte schliesslich sowohl die Initiative als auch den Gegenvorschlag ab. Pierre-André Page (svp, FR) bezeichnete die Initiative als extrem und sprach von einer Diktatur der Biodiversität auf Kosten der Landwirtschaft und der Energie. Aber auch der Gegenvorschlag sei abzulehnen, zumal er teilweise sogar weiterginge als die Initiative.
Auch Umweltministerin Sommaruga äusserte sich in ihrem Eintretensvotum zu diesem – für sie – vermeintlichen Widerspruch. Sommaruga zeigte sich erstaunt, dass versucht werde, den Schutz der Biodiversität gegen die Landwirtschaft auszuspielen, da diese sich doch gegenseitig bedingten.
Bevor der Rat zur Detailberatung überging, wurde der Nichteintretensantrag Graber mit 106 zu 78 Stimmen bei 4 Enthaltungen abgelehnt. Die geschlossen stimmende SVP-Fraktion, eine Mehrheit der Mitte-Fraktion sowie einzelne Mitglieder der FDP-Fraktion stimmten gegen Eintreten.

Anschliessend befasste sich der der Rat in einem ersten Block der Detailberatung mit den Themen hohe Baukultur und ökologische Infrastruktur.
Zuerst stimmte der Nationalrat einer Minderheit Müller-Altermatt (mitte, SO) zu, welcher den Begriff «Schönheit» aus dem Zweckartikel streichen wollte. Andere Minderheiten, wie etwa diejenige von Michael Graber zur Entfernung der Vernetzung der für Tiere und Pflanzen wichtigen Lebensräume aus dem Zweckartikel, fanden keine Mehrheit. Graber hatte vergeblich argumentiert, dass ein «Netz von grünen Korridoren, von grünen Autobahnen» keinen Platz mehr für die Menschen übrigliesse. Sodann beschloss der Nationalrat stillschweigend, der Kommission zu folgen und die Bestimmungen zur hohen Baukultur aus dieser Vorlage zu streichen und in einer Motion (22.3892) anzugehen. Diese Motion forderte den Bundesrat dazu auf, gesetzliche Bestimmungen zur Förderung der Baukultur im Rahmen der nächsten Kulturbotschaft 2025-2028 vorzuschlagen. Der Bundesrat hatte dieses Vorgehen der Auslagerung und die Motion zuvor unterstützt.
Im Anschluss stimmte der Rat über einen viel diskutierten Minderheitsantrag II Jauslin ab, welcher im Artikel über die ökologische Infrastruktur den festen Prozentsatz an Kerngebieten an der Landesfläche streichen wollte und stattdessen dafür plädierte, die Definition von Kerngebieten dem Bundesrat zu überlassen. Dieser solle dabei neben den Biotopen von nationaler Bedeutung auch so genannte Biodiversitätsgebiete von nationaler Bedeutung bezeichnen und die Ziele für diese Gebiete festlegen können. Die Kantone sollen gemäss Jauslin die zur Erreichung der Ziele notwendigen Massnahmen ergreifen und die Umsetzung sicherstellen. Ursula Schneider Schüttel legte als Sprecherin dieser Minderheit dar, dass eine Nutzung dieser Biodiversitätsgebiete und Vernetzungsgebiete durch die Landwirtschaft nicht ausgeschlossen sei. Auch könnten in diesen Gebieten alternative Energieerzeugungsanlagen betrieben werden. Die Kommissionsmehrheit wollte hingegen eine abschliessende Liste an Gebieten festlegen, welche als Kerngebiete kategorisiert werden können. Bundesrätin Sommaruga zeigte sich offen gegenüber dem Minderheitsantrag Jauslin, zumal damit womöglich gewisse Abwehrreflexe gegenüber dem fixen Flächenziel von 17 Prozent gestoppt werden könnten. In den Abstimmungen obsiegte der Antrag II Jauslin gegenüber der Kommissionsmehrheit und auch gegenüber zwei weiteren Minderheiten und einem Einzelantrag Müller-Altermatt. Diese Minderheitsanträge hatten einen Anteil der Kerngebiete an der Landesfläche von 30 Prozent (Klopfenstein Broggini), die Bekämpfung der Vergandung und Verwaldung der Landwirtschaftsflächen (Graber) sowie eine bessere Honorierung der Leistungen der Landwirtschaft (Müller-Altermatt) gefordert.

In einem zweiten Block der Detailberatung wurden weitere Änderungen des NHG sowie anderer Erlasse diskutiert. Dabei blieben alle Minderheitsanträge bis auf einen erfolglos. So lehnte der Rat etwa die erneut geforderte Streichung der Vernetzung von Schutzgebieten – dieses Mal der Biotope von nationaler Bedeutung – ab (Minderheit Rüegger; svp, OW) und konnte sich auch nicht für das Verbot der Übertragung von Vollzugsaufgaben an Private erwärmen (Minderheit Rösti; svp, BE). Abgelehnt wurde aber auch ein Antrag von links-grüner Seite, welcher die Vernetzung für bedrohte und prioritäre Tier- und Pflanzenarten stärker fördern wollte (Minderheit Clivaz). Hingegen vermochte sich die Minderheit Schneider Schüttel mit ihrem Anliegen, auch die Biotope von regionaler Bedeutung in den ökologischen Leistungsnachweis aufzunehmen, mit Stichentscheid von Ratspräsidentin Kälin (gp, AG) knapp durchzusetzen. Der Mehrheit folgend angenommen wurde sodann eine Ergänzung des JSG, wonach der Bundesrat im Einvernehmen mit den Kantonen Wildtierkorridore von überregionaler Bedeutung bezeichnen kann; diese dienen der grossräumigen Vernetzung der Lebensräume der Wildtiere.

In der Gesamtabstimmung sprach sich die grosse Kammer mit 104 zu 83 Stimmen bei 5 Enthaltungen für den Entwurf des indirekten Gegenvorschlags aus. Dagegen votierten die geschlossen stimmende SVP-Fraktion, eine Mehrheit der Mitte-Fraktion sowie einzelne Mitglieder der FDP.Liberalen-Fraktion. Bei der Abstimmung zur Volksinitiative sprach sich der Rat mehrheitlich dafür aus, die Initiative zur Ablehnung zu empfehlen (101 zu 72 Stimmen bei 19 Enthaltungen), wobei ähnliche Koalitionen zu beobachten waren wie bei der Abstimmung zum indirekten Gegenvorschlag; die Enthaltungen stammten zu einem grossen Teil von der GLP-Fraktion. Zudem verlängerte der Nationalrat die Behandlungsfrist für die Volksinitiative bis zum 8. März 2024.

En ce dimanche de votation du 13 juin 2022, le corps électoral était appelé à se prononcer sur cinq objets dont trois avaient en commun les problématiques environnementales: le référendum sur la loi sur le CO2, l'initiative pour une eau potable propre et l'initiative pour une Suisse libre de pesticides de synthèse (en plus du référendum sur la loi Covid et du référendum sur la loi fédérale sur les mesures policières de lutte contre le terrorisme). Tous trois ont été au centre de campagnes politiques particulièrement intenses, les deux initiatives traitant des produits phytosanitaires créant une atmosphère peu commune pour la politique suisse. Opposée aux deux textes, l'USP a décrit cette campagne comme étant la plus grande qu'elle ait eu à mener depuis le début de sa longue existence. Les tensions entre les deux camps se sont manifestées par des dégradations du matériel de campagne (affiches systématiquement déchirées, char incendié, etc.), mais également par une recrudescence des insultes et menaces à l'encontre des figures à la tête des deux parties. Ceci aura eu pour conséquences d'entraver le débat démocratique – Kilian Baumann (verts, BE) et Franziska Herren déclinant, par exemple, plusieurs interventions publiques après des menaces répétées – et poussera même la sénatrice verte Céline Vara (verts, NE) à demander une protection policière.
Interrogé sur l'intensité de cette campagne de votation, l'anthropologue spécialiste des questions agricoles, Jérémie Forney, l'explique par la taille de l'enjeu qu'impliquaient ces deux textes, mais également par le registre parfois mobilisé par les deux camps (le monde agricole comme empoisonneur de la nature d'un côté, les écologistes comme extrémistes de l'autre côté). Il regrette un manque de dialogue entre les deux parties pour proposer un projet commun et dit redouter les effets de cette campagne de votation sur les futures discussions.
Malgré tout, des appels au dialogue ont été lancés de toutes parts, à l'image d'une rencontre organisée par l'USPF regroupant des femmes des deux camps directement ou indirectement engagées dans le monde agricole, ou la volonté de Kilian Baumann et du comité d'initiative pour une Suisse libre de pesticides de synthèse de conclure un «new deal» avec l'agriculture suisse, pour l'amener vers un futur sans pesticides de synthèse.

Pour rappel, l'initiative pour une Suisse sans pesticides de synthèse vise une interdiction de l'utilisation de ces produits dans les dix ans (dans tous les secteurs, agricole, du domaine public, ou autre), ainsi que l'interdiction d'importation de tout produit ayant eu recours à l'utilisation de pesticides de synthèse. Les points de friction et de désaccord ont été nombreux et ont porté sur plusieurs aspects. L'impact des produits phytosanitaires sur l'environnement et la santé humaine a été l'un des sujets les plus discutés. Pour les défenseurs et défenseuses du texte, il est impératif de sortir des pesticides alors que nous vivons une sixième extinction de masse et les projets pilotes actuellement menés pour réduire la présence des pesticides dans l'environnement montrent toute la difficulté d'avoir des mesures réellement effectives. Parmi les organisations soutenant le texte, on a pu retrouver la Fédération Suisse de Pêche (FSP), pour qui les pesticides présentent de sérieux problèmes pour la vie aquatique. Les opposant.e.s considèrent, de leur côté, que les plans adoptés tant par le Conseil fédéral que par le Parlement qui visent une réduction des risques liés à l'utilisation de ces produits sont suffisants. On apprenait ainsi, durant la campagne, que le Conseil fédéral estime que «45 pour cent des terres ouvertes et des cultures [seront] libres de pesticides» dès 2026. Quant aux risques pour la santé humaine, les initiant.e.s ont clamé que les effets cocktails (effets du mélange entre différentes molécules chimiques) ne sont que trop peu étudiés. La santé des agricultrices et agriculteurs a notamment été au centre de plusieurs reportages réalisés par les journaux du pays, alors que la France reconnaît certaines maladies (dont la maladie de Parkinson) comme des maladies professionnelles agricoles. Ainsi, plusieurs médias se sont interrogés sur ces liens-là et le manque de protection – qui était légion durant des années – des paysan.ne.s et vigneron.ne.s lors de l'épandage (parfois par hélicoptère) des pesticides. La Société médicale de Suisse romande (SMSR) a pourtant décidé de renoncer à prendre position, tandis que l'Association Médecins en faveur de l'environnement (MfE) a plaidé pour une interdiction totale.
Une autre pomme de discorde a été l'augmentation des prix redoutée par les opposant.e.s en cas d'acceptation de l'initiative. Telle a, par exemple, été la position du CEO de Fenaco, Martin Keller. Le Blick se demandait ainsi si le chocolat deviendrait un produit de luxe, avec une augmentation estimée à 25-35 pour cent des douceurs chocolatées. Une telle hausse pourrait poser, outre la demande indigène, un problème pour l'exportation, alors que 70 pour cent du chocolat produit en Suisse est exporté. Plusieurs géants de l'agro-alimentaire, tels que Nestlé ou Red Bull seraient directement touchés par une acceptation du texte, les deux entreprises ayant toutefois refusé de révéler leur stratégie le cas échéant. Une telle situation a été redoutée par Guy Parmelin qui s'interrogeait sur la poursuite ou non des activités de l'industrie agro-alimentaire en Suisse si un oui venait à sortir des urnes. Les défenseurs et défenseuses de l'initiative ont, de leur côté, rappelé que les ménages suisses n'avaient jamais autant peu dépensé pour les produits alimentaires qu'aujourd'hui (7.3% des dépenses des ménages) et que les coûts d'une production sans produits phytosanitaires reflétaient les coûts réels. Selon leur logique, les produits conventionnels ne portent pas le coût des externalités négatives générées par les techniques agricoles classiques.
L'interdiction ou non de l'utilisation des biocides (selon la définition que l'on donne à l'expression «pesticides de synthèse») a inquiété les détaillants, tels que la Coop et la Migros, qui ont redouté que les normes d'hygiène ne puissent plus être respectées, les biocides étant utilisés pour lutter contre les germes et les bactéries tout au long de la chaine de production. Pour les défenseurs.euses de l'initiative, les produits utilisés dans l'agriculture biologique seraient, de toute manière, autorisés et le texte laissant une certaine marge de manœuvre, le Parlement aurait à décider de l'étendue de cette définition.
Finalement, la compatibilité avec les accords de l'OMC ainsi qu'avec les accords commerciaux signés notamment avec l'UE a également été convoquée par Guy Parmelin pour appeler à refuser le texte.
Parmi les autres avis exprimés, on a pu noter la prise de position de Bio Suisse, Demeter Suisse et l'Association des petits paysans qui ont tous trois appelé à voter oui, cette initiative étant l'opportunité d'entamer une transformation nécessaire de l'agriculture suisse; une revendication également portée par le rapporteur de l'ONU pour les substances toxiques et les droits humains, Marcos Orellana, pour qui, sortir des pesticides est «un impératif pour la survie à long terme de l'humanité».

Alors qu'un peu plus d'un mois avant la votation, une majorité d'électrices et d'électeurs soutenaient le texte (55 pour cent des personnes interrogées par l'institut GFS Bern), l'initiative a finalement été rejetée par une majorité de citoyennes et citoyens. En effet, 60.6 pour cent ont glissé un «Non» dans l'urne, avec une participation qualifiée d'élevée (59.7 pour cent du corps électoral).

Votation du 13 juin 2021
Participation: 59.73%
Oui: 1'280'026 (39.4%) / Cantons: 1/2
Non: 1'965'161 (60.6%) / Cantons: 20 5/2

Consignes de vote:
- Oui: Les Verts, PS, PEV, Vert'libéraux, Association des petits paysans, BioSuisse, Uniterre, Pro Natura, Greenpeace, WWF, BirdLife, Fédération Suisse de Pêche, Grève du Climat
- Non: UDF, PLR, Lega, Centre, UDC, USAM, USPF, USP, EconomieSuisse
- Liberté de vote: PVL (2xoui)*
*entre parenthèses: nombre de sections cantonales divergentes

Lorsque l'on regarde les résultats dans les détails, on remarque une grande disparité entre ville et campagne. Les villes ont soutenu à 51 pour cent l'initiative, alors que la population vivant à la campagne l'a refusée par 68 pour cent. La forte mobilisation de cet électorat a joué un rôle décisif sur ce résultat, mais également, sur le rejet de la loi sur le CO2.
A la suite des résultats, les deux bords ont lancé des appels au dialogue afin d'apaiser les tensions qui ont émergé lors de cette campagne de votation. Tant Kilian Baumann que Francis Egger, vice-directeur de l'USP, ont tous deux rappelé la nécessité de poursuivre les efforts pour une agriculture plus durable. Mais les discussions risquent d'être intense lors des prochaines sessions parlementaires, malgré la bonne volonté de certain.e.s élu.e.s. La mise en œuvre concrète de l'initiative parlementaire pour une réduction des risques liés aux produits phytosanitaires doit encore être discutée, et ne fera certainement pas consensus, Pierre-André Page annonçant d'ores et déjà que ce texte, accepté par le Parlement, allait trop loin. L'ordonnance visant à appliquer l'initiative parlementaire est actuellement en procédure de consultation et les organisations de protection de l'environnement ont dit redouter que les organisations paysannes fassent tout pour affaiblir le projet.
Maintenant que ces deux initiatives ont été coulées sans contre-projet, la NZZ se demande si cela exemptera le Parlement ainsi que le Conseil fédéral de proposer des projets alternatifs pour aborder les prochaines votations touchant à l'agriculture. Alors que l'initiative contre l'élevage intensif sera probablement soumise au vote populaire en 2022, les bourgeois ne veulent pas d'un contre-projet, ne voyant pas de nécessité à agir. Malgré tout, Markus Ritter, président de l'USP a toutefois dit être prêt à s'asseoir autour d'une table avec les initiant.e.s pour mener une discussion sur le bien-être animal et les progrès à entreprendre pour combler certaines lacunes.