L'avant-projet élaboré suite au dépôt de l'initiative parlementaire relative au rôle de la Commission fédérale pour la protection de la nature et du paysage a été approuvé par la CEATE-CE par 7 voix contre 5. Une dérogation à la règle selon laquelle un objet inscrit dans un inventaire fédéral d'objets d'importance nationale doit être conservé intact serait possible si des intérêts équivalents ou supérieurs de la Confédération ou des cantons s’opposent à l’intérêt de protection d’importance nationale. Les intérêts des cantons seraient ainsi davantage considérés lors de la pesée des intérêts entre la protection des objets d'importance nationale et l'utilité des projets proposés. La valeur de l'expertise de la Commission fédérale de la protection de la nature et du paysage (CFNP) et de son homologue des monuments historiques (CFMH) est précisée en droit procédural. Une minorité, par crainte d'atteinte aux objets inscrits à l'inventaire, refuse que les intérêts des cantons soient intégrés dans la pesée des intérêts.
Lors de la procédure de consultation, 13 cantons (ZH, UR, SZ, OW, GL, ZG, SO, SH, AI, GR, TG, VS, NE), la droite, le PDC et les milieux de l'énergie se sont déclarés favorables au projet de modification de la loi sur la protection de la nature et du paysage (LPN). Neuf cantons (BE, NW, FR, BS, BL, AG, VD, GE, JU), la gauche, les Vert'libéraux et les organisations de protection de la nature et du patrimoine rejettent et souhaitent l'abandon de la révision. Selon eux, le projet met en danger les sites historiques et l'environnement. La loi sur l'énergie (LEne) révisée permettrait déjà l'équilibre des intérêts. Pour les cantons réfractaires, la formulation imprécise de la disposition pour tenir compte des intérêts des cantons dans la pesée des intérêts risquait de conduire à une insécurité juridique et à une insécurité au niveau de la planification. La révision de la loi sur l'énergie permet déjà l'équilibre des intérêts.
Après un examen approfondi des résultats de la procédure de consultation, la CEATE-CE a approuvé par 8 voix contre 2 et 2 abstentions, le projet de révision de la LPN. Elle a supprimé la disposition donnant plus de poids aux intérêts des cantons lors de la pesée des intérêts. Elle a maintenu la modification qui précise que les expertises de la CFNP et de la CFMH ne constituent que l’une des bases dont dispose l’autorité de décision pour la pesée de tous les intérêts en présence.

Les associations de protection de l’environnement sont montées au créneau pour défendre leur droit de recours. Celui-ci était menacé par l’initiative parlementaire de Freund (udc, AR) qui proposait de le supprimer. Pro Natura, le WWF, l’Association transports et environnement et la Fondation pour le paysage rejetaient l’accusation d’abus et estimaient qu’elles utilisaient leur droit de recours avec modération, mais efficacité. Selon une étude de l’Université de Genève, elles ne sont responsables que de 1 à 2% des recours, le reste émanant de particuliers. Devant le Tribunal fédéral, les organisations obtiennent gain de cause en moyenne dans deux cas sur trois. La Commission des affaires juridiques du National a demandé, par 16 voix contre 6, au plénum de ne pas donner suite à cette initiative parlementaire. Elle jugeait la suppression du droit de recours comme démesurée. De plus, un code de déontologie était à venir. Par 96 voix contre 80, le Conseil national a suivi sa commission, aux grands dams de l’UDC, d’une partie des radiaux et de quelques PDC, convaincus que certaines organisations font un usage abusif et arbitraire de leur droit. Plutôt que de pénaliser les abus existants, la majorité du National a préféré attendre le rapport du Conseil fédéral à ce sujet, prévu pour début 2004.