Im Februar erteilte das Bundesamt für Umwelt (Bafu) die definitive Bewilligung zur Aussaat von gentechnisch verändertem Weizen auf dem Gelände der Forschungsanstalt Agroscope in Reckenholz (ZH). Das Bafu hatte die Versuche bereits im September 2007 mit etlichen (Sicherheits-)Auflagen genehmigt. Die Forschenden der ETH und der Universität Zürich wurden aber damals verpflichtet, noch weitere Informationen zu den gentechnisch veränderten Pflanzen einzureichen. Im Anschluss an die definitive Bewilligung des Bafu reichten zwölf gentechkritische Verbände – darunter Greenpeace, Pro Natura, Bio Suisse, die Stiftung für Konsumentenschutz sowie die Ärztinnen und Ärzte für Umweltschutz – beim Uvek eine Aufsichtsbeschwerde ein. Sie forderten Bundesrat Leuenberger dazu auf, die Bewilligung für den Freisetzungsversuch bis auf weiteres zu sistieren.

L’OFEFP a finalement autorisé l’Ecole polytechnique fédérale de Zurich à effectuer sa dissémination expérimentale de blé transgénique sur un site d’essai se trouvant à Lindau (ZH). L’OFEFP avait été désavoué par son conseiller fédéral de tutelle, Moritz Leuenberger, dont le département avait admis un recours de l’EPFZ. Le conseiller fédéral avait expliqué, dans le courant du mois de septembre, que la décision d’interdiction prononcée par l’office n’avait pas respecté le droit en vigueur. Il avait également reproché à son administration de s’être détachée de la décision de la Commission fédérale d’experts pour la sécurité biologique (CFSB). Des critères précis ont été édictés pour assurer une sécurisation maximale du site et éviter toute dissémination des pollens dans la nature. De plus, un suivi régulier des recherches, sous la surveillance des autorités zurichoises, devra être assuré. L’organisation Greenpeace et des habitants de Lindau ont annoncé leur intention de recourir contre cette décision.

Moritz Leuenberger a signé en juillet deux mandats de prestations visant à réduire la consommation d’énergie et les émissions de CO2, l’une avec l’Agence de l’énergie pour l’économie (AEnEC) et l’autre avec l’Agence suisse des énergies renouvelables (ASER). Des deux textes, le premier est celui qui a la plus grande portée. La directive à l’intention des milieux économiques a été élaborée conjointement par l’OFEFP, l’OFEN et les milieux économiques. Elle doit convaincre les branches partenaires (machines, métallurgie, construction, chimie) à inciter leurs membres à entreprendre l’assainissement énergétique. Deux possibilités sont offertes aux entreprises. Elles pourront passer une convention avec l’AEnEC pour profiter des programmes de l’agence et de SuisseEnergie afin de réduire leur émissions de CO2. Mais elles pourront également signer un engagement formel par lequel elles se fixent un objectif contraignant. Une démarche similaire pour le bâtiment et les transports est en cours de préparation. En cas d’introduction de la taxe en 2004, tous les acteurs privés qui auront pris des engagements volontaires de réduction de CO2 – et qui les auront respectés – en seront exemptés. Le mécanisme volontaire de mise en place s’accompagne d’un système de "certificats" négociables : les acteurs, ayant réduit les émanations de CO2 au-delà des exigences demandées, peuvent les céder à d’autres acteurs. De la même manière, il sera tenu compte des réductions opérées par des sociétés suisses à l’étranger.

Suite à la décision du gouvernement de reprendre le transport d’éléments radioactifs usés vers l’étranger, l’OFEN a délivré une autorisation pour le transport de quatre convois d’éléments irradiés de la centrale nucléaire de Gösgen (SO) à destination de la Hague (F). Ce fut la première autorisation depuis l’interdiction des convois en mai 1998, suite à l’affaire des wagons contaminés. Les mesures de protection du personnel ont été renforcées pour les opérations de chargement et de déchargement des combustibles irradiés. Les wagons seront désormais surveillés et contrôlés en permanence par des spécialistes, et tout incident devra être déclaré. A Gösgen, les transports ont effectivement repris à la fin août. Des activistes de Greenpeace ont tenté d’empêcher, sans succès, l’entrée en Suisse du wagon passant par la gare de Bâle. Le 1er septembre, une partie des éléments irradiés de Gösgen a quitté la centrale par le rail à destination de La Hague, suite à la libération par la police soleuroise de la voie ferrée à laquelle s’étaient enchaînés des militants de Greenpeace. Par la suite, d’autres transports d’assemblages combustibles épuisés sont partis de centrales suisses. L’organisation environnementale Greenpeace a déposé un recours administratif contre le conseiller fédéral Leuenberger, jugeant illégale la procédure d’autorisation de concession suisse délivrée pour ces transports vers l’étranger.

En octobre, le Conseil fédéral a présenté, après une réunion à huit clos, les objectifs énergétiques fédéraux futurs. Dans ce contexte, le conseiller fédéral Moritz Leuenberger a soutenu une fermeture des centrales nucléaires suisses dans un délai encore inconnu. La déclaration du conseiller fédéral a eu un retentissement certain auprès des médias qui ont unanimement parlé d'un retrait planifié du nucléaire. Le chef du DETEC a tenu à rectifier la donne, précisant qu'il n'avait jamais parlé de retrait du nucléaire, mais de démantèlement progressif des centrales nucléaires. Au Conseil national cette affaire a fait l'objet de deux interpellations de représentants de l'UDC et du PRD qui n'ont pas hésité à parler de désinformation de la part du gouvernement. Le débat sur le nucléaire fut de la sorte relancé au sein du plénum. D'autre part, lors de cette réunion d'octobre, le gouvernement a décidé que les installations existantes pourraient continuer à fonctionner à pleine puissance. Il a en effet donné son autorisation au réacteur de Leibstadt (AG) d'augmenter sa capacité de production de 15%. Sur une même lancée, il a prolongé la concession de la centrale de Mühleberg (BE) jusqu'en 2012. Le Conseil fédéral a aussi déclaré qu'il souhaitait renoncer à l'indemnisation des INA dans le cas des centrales nucléaires. Moritz Leuenberger et Pascal Couchepin se sont engagés à discuter avec les différents acteurs concernés (centrales, cantons, communes et organisations écologistes) afin de rédiger au plus vite la nouvelle loi sur l'énergie atomique. Cette dernière devrait fixer la date de fermeture des réacteurs et soumettre toute nouvelle construction au référendum facultatif. Le représentant des centraliers suisses, Peter Hälen, ne s'est pas déclaré inquiet de l'annonce du gouvernement, car le Conseil fédéral a laissé ouvert le délai d'abandon du nucléaire. Le camp écologiste s'est déclaré insatisfait, déplorant les concessions accordées aux centrales de Leibstadt et de Mühleberg. Le WWF et Greenpeace ont d'ailleurs déclaré qu'ils poursuivraient leurs efforts de récolte de signatures pour les deux initiatives populaires en cours: «Sortir du nucléaire» et «Moratoire plus». Suite à la décision du Conseil fédéral de donner l'autorisation à la centrale de Leibstadt d'augmenter sa puissance, des activistes de Greenpeace ont bloqué, durant une nuit du mois de mars, 32 transports de déchets nucléaires destinés au retraitement.

La commémoration de la catastrophe nucléaire de Tchernobyl (Ukraine) survenue en avril 1986 a fourni l'occasion au nouveau chef du DFTCE de réitérer sa position critique à l'égard de l'énergie atomique: bien qu'ayant déclaré illusoire à ses yeux l'abandon immédiat de cette source d'énergie, Moritz Leuenberger s'est néanmoins déclaré personnellement opposé à la construction de nouvelles centrales nucléaires une fois le moratoire en la matière arrivé à échéance. Pour leur part, plusieurs mouvements antinucléaires ont profité de cet événement pour manifester une fois encore leur hostilité à l'égard de l'atome, à l'image de Greenpeace et de la Croix-Verte dont plusieurs représentants se sont rassemblés devant le Palais fédéral pour demander que soit mis fin au recours à l'énergie nucléaire en Suisse. Pareille issue à moyen terme n'est d'ailleurs pas à exclure d'emblée, puisque les milieux antinucléaires ont réaffirmé en début d'année leur intention de lancer une nouvelle initiative populaire qui aura pour but de prolonger les effets du moratoire après l'an 2000. A l'extrême opposé de cette position à l'égard de l'atome, le président du Vorort a déclaré devant l'Association suisse pour l'énergie atomique (ASPEA), puis devant le Forum suisse de l'énergie que l'option nucléaire devait à tout prix demeurer ouverte. En présence de conceptions aussi divergentes quant à l'orientation à donner à la future politique énergétique de la Suisse, la rupture de l'«armistice énergétique» une fois le moratoire arrivé à son terme semble d'ores et déjà programmée.