La majorité des organismes consultés a salué la création d’un fonds d’infrastructure pour financer les mesures de désengorgement du trafic public et privé. La réalisation d’un fonds d’urgence a, par contre, été contestée. Les partis de droite, l’Alliance des transporteurs, economiesuisse, l’USAM et la branche de la construction l’ont jugée inutile et anticonstitutionnelle. Ils ont estimé qu’un seul fonds, complété par une disposition pour les réalisations prioritaires, était suffisant. L’UDC, le TCS, la Fédération routière suisse, l’USAM et Construction-Suisse ont critiqué la liste des projets urgents du Conseil fédéral dans laquelle figure notamment le CEVA genevois, la gare souterraine de Zurich ou la ligne Mendrision-Varese. Se basant sur une expertise commandée par le TCS, cette répartition est à leurs yeux une entorse à la Constitution, car les recettes des impôts routiers doivent être destinées au réseau routier. L’avis de droit sur la question de l’utilisation des recettes routières à affectation obligatoire (impôt sur les huiles minérales, vignette autoroutière) a été demandé au professeur Grisel. Selon, M. Grisel, le cofinancement des infrastructures ferroviaires (RER) dans le trafic d’agglomération par le biais des recettes routières à affectation obligatoire n’est pas conforme à la Constitution. Les organisations environnementales, le PS et les Verts se sont positionnés, à l’inverse, en faveur d’un fonds d’urgence pour les projets d’agglomérations non contestés. Ils craignent qu’un fonds unique, centré sur la construction routière n’engloutisse tous les moyens mis à disposition. Les Verts, l’ATE, Greenpeace, le WWF, Pro Natura et l’Initiative des Alpes ont exigé qu’au moins un tiers du fonds soit réservé au trafic d’agglomération, les autres projets devant être liés aux transports publics routiers et ferroviaires. Une autre requête demande que la mobilité douce soit davantage prise en compte dans le projet du Conseil fédéral. Afin de répondre à l’expertise du TCS, l’Office fédéral de la justice (OFJ), sur demande du DETEC, a effectué une contre-expertise. Il est arrivé à la conclusion que le nouvel article, tel qu’il a été adapté après l’approbation de la nouvelle péréquation financière, permet d’utiliser le fonds routier pour financer la construction d’infrastructures ferroviaires (RER). Le libellé autorise l’utilisation du fonds routier pour financer des travaux ferroviaires s’ils contribuent à désengorger les routes dans les agglomérations. Dans le cadre de la nouvelle péréquation, le législateur a précisé que le produit des impôts routiers est affecté « au financement des tâches et dépenses, liées à la circulation routière: (…) mesures destinées à améliorer les infrastructures de transport dans les villes et les agglomérations (…) ».

Le PES, soutenu par Greenpeace, le WWF ainsi que des comités uranais et schwytzois, a lancé un référendum contre les NLFA. Selon eux, ce projet n'offrirait pas de garanties suffisantes pour la protection de l'environnement, sa construction serait insoutenable pour les Alpes et son prix et sa consommation énergétique seraient trop élevés. Surtout, il ne résoudrait aucun problème, car il ne contribuerait en rien à freiner la croissance de la mobilité que l'on peut observer en Suisse et en Europe. Les Verts se sont ainsi attirés de nombreuses critiques et d'aucuns ont estimé leur position contradictoire, compte tenu du fait qu'ils ont toujours défendu le transfert du trafic de la route au rail.