Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

La Conférence des Etats parties à la Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvages menacées d'extinction (CITES) qui s'est tenue en juin à Harare (Zimbabwe) a été à l'origine d'une vive polémique entre la Confédération et Greenpeace Suisse. Critiquant l'attitude de la Suisse durant cette réunion, l'association écologiste s'en est ouvertement prise au chef de la délégation helvétique, Peter Dollinger, l'accusant de favoriser la disparition d'espèces menacées et exigeant en conséquence sa démission immédiate. Plus précisément, Greenpeace a reproché à la délégation suisse d'avoir non seulement émis des réserves à la protection de 18 espèces menacées, mais surtout d'avoir voté une levée partielle du moratoire sur le commerce de l'ivoire provenant des défenses d'éléphants. Faisant l'objet d'une campagne d'affichage dirigée contre lui, le haut fonctionnaire fédéral a alors décidé de porter plainte contre ses détracteurs. Ceux-ci n'ont toutefois pas désarmé puisqu'ils ont fait parvenir une pétition munie de 15'000 signatures aux autorités fédérales exigeant que la Suisse modifie sa politique en matière de protection des espèces. Saisie de l'affaire à deux reprises, la justice bernoise a pour sa part fait interdire la campagne d'affichage à l'encontre du haut fonctionnaire à titre de mesure provisionnelle.

Déjà occupée en août 1994 par des militants de Greenpeace, la décharge pour déchets spéciaux de Saint-Ursanne (JU) a continué d'être l'objet d'une vive polémique entre écologistes et autorités jurassiennes. Suite à une nouvelle occupation du site par Greenpeace qui devait durer trois semaines, les deux parties ont signé une convention prévoyant de soumettre les études et concepts de la décharge à des experts neutres. Désignés par l'OFEFP et le canton du Jura, ces derniers ont conclu dans un premier temps que si la décharge ne présentait aucun danger immédiat majeur, sa sécurité à long terme ne pouvait toutefois être garantie. Des travaux supplémentaires devaient révéler, en fin d'année, l'existence d'un lien hydraulique entre la décharge et la nappe phréatique alimentant plusieurs communes de la région en eau potable.